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【Nature子刊】中山大学姚书忠团队：揭示宫颈癌治疗新的临床标志物
中山大学附属第一医院姚书忠团队在期刊《Cell Death & Disease》上发表了题为“HNRNPC mediates lymphatic metastasis of cervical cancer through m6A-dependent alternative splicing of FOXM1”的研究论文。研究结果表明，HNRNPC介导的依赖性选择性剪接m6A对CCa淋巴转移至关重要，可能为晚期CCa患者提供新的临床标志物和治疗策略。
HNRNPC是CCa患者LNM和预后的潜在且有前途的生物标志物。从机制上讲，HNRNPC通过FOXM1 pre-RNA 的“m6A开关”调节AS，来介导转移和增殖。基于这些发现，抑制FOXM1的AS，可能成为CCa LNM的一个显著治疗决策。
HNRNPC是CCa患者LNM和预后的潜在且有前途的生物标志物。从机制上讲，HNRNPC通过FOXM1 pre-RNA 的“m6A开关”调节AS，来介导转移和增殖。基于这些发现，抑制FOXM1的AS，可能成为CCa LNM的一个显著治疗决策。
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显著抑制肝癌转移！华中科技大学黄文杰团队：发现靶向肝癌转移的新策略
华中科技大学黄文杰研究团队在期刊《Cell Death&Disease》上发表了研究论文，题为“GPR56 facilitates hepatocellular carcinoma metastasis by promoting the TGF-β signaling pathway”，本研究揭示了GPR56在人类肝癌病例中的表达水平显著升高，且升高的GPR56水平与不良预后相关。GPR56通过与TGFBR1相互作用调控TGF-β通路，从而促进HCC转移。同时，GPR56受TGF-β信号的典型级联调节，从而建立正反馈回路。此外，联合应用TGFBR1抑制剂GAL和GPR56抑制剂DHM显著抑制肝癌转移。靶向该信号通路的干预有望有效阻止GPR56介导的肝癌转移。
本研究中，研究人员观察到GAL对高表达GPR56的HCC没有表现出显著的疗效。结合GAL的作用机制，研究人员推测这可能与GPR56诱导的TGFBR1激活有关，表明GPR56和GAL之间存在潜在的竞争相互作用。因此，研究人员使用小分子抑制剂DHM选择性地靶向GPR56。动物实验中，在GPR56高表达的HCC中，DHM和GAL联合治疗确实显示出比单药治疗更好的疗效，显著抑制HCC的转移。这些发现揭示了一种靶向GPR56诱导的HCC转移的新策略。
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【CTM】西安交通大学赵茜茜/马红兵团队发文：食管鳞癌的潜在治疗靶点
西安交通大学赵茜茜/马红兵研究团队在期刊《Clinical And Translational Medicine》上发表了研究论文，题为“N6-methyladenosine-mediated upregulation of LNCAROD confers radioresistance in esophageal squamous cell carcinoma through stabilizing PARP1”，本研究中，研究人员发现LNCAROD是一种新的mettl3介导的lncRNA，可以增强ESCC细胞的辐射抗性，并被YTHDC1转录后稳定。LNCAROD通过促进PARP1- npm1相互作用，阻止PARP1蛋白的泛素-蛋白酶体降解，从而促进同源重组介导的DNA双链断裂修复，增强食管鳞癌细胞的辐射抗性。在裸鼠ESCC模型中沉默LNCAROD会减缓肿瘤生长并增加放射敏感性。
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【Nature子刊】中国科学院李鑫团队：创新开发AI跨物种基础模型
GeneCompass仍有改进的潜力。该模型仅包含来自两个物种的信息：人类和小鼠。当尝试纳入来自其他物种的数据时，团队怀疑，物种特异性基因表达模式，可能会抵消扩大数据量的好处。除了当前的先验知识外，还应探索其他基本信息，例如，增强子和蛋白质序列。此外，除了单细胞水平的转录数据外，大量的表观基因组学、蛋白质组学和代谢组学数据，将为基因调控提供更丰富的见解。将多模态信息整合到模型中的有效策略，是未来研究的关键途径。
GeneCompass在多项下游任务中表现出良好的性能。随着不断发展和使用率的增加，它有望在优化细胞命运预测和揭示关键调控因素方面提供巨大价值。这可以为其临床应用开辟新的途径，例如，疾病靶点基因发现、肿瘤药物筛选和药物毒性预测。未来，团队预计，大型基础模型和湿实验的融合，将为生命科学研究创造一种新的范式，促进各个领域的进步。
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Nature Communications | 张赫团队揭示长非编码RNA与编码基因协同调控肿瘤发生新机制
同济大学生命科学与技术学院张赫团队在Nature Communications上发表了题为“Prohibitin 2 orchestrates transcription of long noncoding RNA and coding gene to accelerate tumorigenesis”的最新研究论文，首次发现Prohibitin-2（PHB2）作为穿梭因子，调控了CANT2 lncRNA和编码基因CCBE1的异常协同转录，加速恶性黑色素瘤的发生发展，阐明了肿瘤表观遗传调控新模式。
首先，该研究对黑色素瘤细胞进行ATAC-seq和RNA-seq分析，发现chr6p22.3位点处于开放染色质状态，并由此转录出一个新转录本，进一步分析转录本的编码能力和亚细胞定位后，明确其为核内lncRNA，并将其命名为CANT2。该研究发现黑色素瘤细胞中CANT2 lncRNA的启动子染色质可及性程度高，这为PHB2创造了理想结合环境，PHB2随后招募组蛋白甲基转移酶MLL2到CANT2启动子，增加H3K4三甲基化水平，激活致癌lncRNA CANT2的转录激活，显著促进肿瘤生长和转移。
该研究接下来对CANT2 lncRNA敲除后的差异表达基因进行筛选，并结合分析ChIRP-MS数据，发现PHB2进一步与激活的CANT2转录本结合，定位到抑癌基因CCBE1的启动子区域。在此过程中，PHB2招募组蛋白去乙酰化酶HDAC1，降低CCBE1启动子区域的H3K27乙酰化水平，抑制CCBE1转录，显著促进黑色素瘤发生发展。
当敲降PHB2后，PHB2与CANT2 lncRNA和编码基因CCBE1启动子的结合水平分别下降，两种组蛋白修饰因子MLL2和HDAC1结合也同步下降，显著改变CANT2和CCBE1启动子区组蛋白修饰水平，使CANT2和CCBE1的转录水平同时变化。此外，通过构建靶向CCBE1启动子的enChIP体系，该研究发现PHB2与CANT2均通过与CCBE1启动子直接结合来发挥作用。这些数据表明PHB2是新发现的具有协同调控lncRNA-基因转录的关键穿梭因子，为肿瘤潜在治疗提供了新的靶点选择。
综上所述，该研究揭示了穿梭因子PHB2协同调控lncRNA和编码基因的新机制，为肿瘤发病机理提供了有趣的“一石二鸟”模型，同时PHB2这一特性也为未来发现更多类似疾病调控穿梭因子，并针对这类穿梭因子设计靶向药物提供了新路径。
第364期 END
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