努尔哈赤和舒尔哈齐这一对难兄难弟，同父同母，父亲塔克世为建州左卫指挥使，母亲喜塔腊氏为建州右卫都指挥使王杲（《清史稿·后妃传》作“都督阿古”，二名同一人）的长女。
努尔哈赤十一岁、舒尔哈齐五岁时，生母去世，家事由继母那拉氏主持。继母为人刻薄，对塔克世吹枕边风，使塔克世与二子分居，且给的财产很少。无奈，舒尔哈齐便跟随哥哥离开家，寄居在外祖父王杲门下。
万历二年（1574），明朝辽东总兵李成梁率军攻陷王杲的古勒寨，努尔哈赤和舒尔哈齐双双被俘，被充作幼丁，随军征战。每次作战，明军都让女真俘虏打头阵玩命冲杀。几仗下来，大部分女真俘虏兵都战死，只有努尔哈赤兄弟侥幸活下来，并且练就健壮的体魄和一身精湛的武艺。
祖、父死于兵乱后，努尔哈赤携舒尔哈齐偷偷离开李成梁部，走上了复仇与统一之路。
舒尔哈齐成了兄长努尔哈赤的得力助手和主要战将。舒尔哈齐帮助努尔哈赤不但灭掉了杀父仇人、图伦城主尼堪外兰的势力，还征服了浑河部、董鄂部、苏克苏浒河部、哲陈部、完颜部、朱舍里部、讷殷部，统一了建州女真。
难兄难弟，情意甚笃。各部贝勒拜见他们时，两兄弟同时受贺，分南北落座。金梁《满洲秘档》“太祖责弟”条曰：“太祖弟舒尔哈齐贝勒为太祖同母弟也，笃念手足之情，待遇优厚，服御玩好，悉拟宸居。”
《满洲秘档》“太祖责弟”条继续说：“然尤不自餍足，临阵退缩，时有怨言。上乃责之曰：弟之所以资生，一丝一缕，罔不出自国人，即罔不出自我，而弟反有怨我之意何也？舒尔哈齐终不悟，出语人曰：大丈夫岂惜一死，而以资生所出羁束我哉？遂出奔他部居焉。”
在长期的征战中，舒尔哈齐的军功越来越多，声望越来越高，成了威望和受礼与努尔哈赤不分伯仲的二号人物。他不情愿与哥哥原有的平等关系被君臣有别的政治地位打破，甚至有取而代之的欲望和野心。
很快，以李成梁为代表的明方统治集团掌握了舒尔哈齐的政治欲望，对其积极培植，并予以最大支持，除了授予其同努尔哈赤同品级的官职外，还让李成梁之子李如柏娶舒尔哈齐的女儿为妾，故而有了“奴酋女婿作镇守，未知辽东落谁手”的歌谣，证明舒尔哈齐与明朝在辽东的军政代理人李成梁的关系非同一般。
舒尔哈齐主动进行部落之间的政治联姻。万历二十四年，他娶了乌拉部贝勒布占泰的妹妹为福晋，第二年他又将自己十二岁的长女额实泰嫁给了舅哥布占泰。
万历三十五年三月，蜚悠城一小部落不堪临近乌拉部的奴役，想依附努尔哈赤。努尔哈赤派舒尔哈齐为统帅，领兵三千，前往蜚悠城收编该部。舒尔哈齐行至半途，却要找借口退兵，遭随行的褚英、代善反对才作罢。收编成功，归途又遭布占泰派遣大将博克多率万众大军拦截，两军在乌碣岩对阵，舒尔哈齐率本部退在一边观战，留下褚英、代善等英勇奋战，打败了乌拉骑兵。
归来，努尔哈赤准备将舒尔哈齐手下二将常书、纳齐布以临阵脱逃的罪名处死，舒尔哈齐不但不认错，反而说：“诛二臣与杀我同。”最后，努尔哈赤为避免公开冲突，做出让步，只罚了常书一百两黄金，夺了纳齐布所属人马，并且剥夺了舒尔哈齐的兵权，不再派他领兵外征。
舒尔哈齐不甘心变成一个有名无实的二老爷，于是，他与长子阿尔通阿、三子扎萨克图商议，“吾岂以衣食受羁于人哉”（《清史稿·舒尔哈齐传》），图谋另立门户，与努尔哈赤分庭抗礼。这就有了舒尔哈齐率诸子和亲信部众移居临近明朝军事重镇铁岭的黑扯木，开辟根据地一事。李成梁看到这一分化女真的大好机会，立即上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领。这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官。
努尔哈赤责令舒尔哈齐放弃自立为王，劝说无效，于是采取强硬措施，于万历三十七年诛杀舒尔哈齐的儿子阿尔通阿、扎萨克图，将舒尔哈齐下狱。
《满洲秘档》“太祖责弟”条记载：“上怒，籍收舒尔哈齐家产，杀族子阿萨布，焚杀蒙古大臣乌勒昆，使舒尔哈齐离群索居，俾知愧悔，舒尔哈齐果愧悔来归，上以所籍收之产返之。然舒尔哈齐仍怀缺望，越二年，辛亥八月十九日，遂抑郁而卒。”
努尔哈赤没有杀舒尔哈齐，也没有放舒尔哈齐。万历三十九年八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。
舒尔哈齐死于自己对权势的欲望与野心，也死于努尔哈赤对功臣的猜忌与无情。
