一般而言，藏传佛教仪轨由三大部分组成，即加行、正行与后行。在行中，只摄“皈依”与“发心”。然而在其意义上讲，皈依是被认为由“外凡”转入“内凡”的阶段。所谓“外凡”，即外道凡夫，但不含贬义。所谓“内凡”，则是就已经皈依，发心学佛的行者而言。
藏传佛教的皈依与汉传佛教的皈依的明显不同之处，就是在皈依佛、法、僧三宝之上，更置一喇嘛（上师），归此四宝为“四皈依”。
西藏人说：“无喇嘛上人，如何得近佛？”可见喇嘛上师受到信仰者特别崇敬，具有很高的社会地位。
西藏僧人及信徒确信上师及善知识乃理解金刚持之必备条件，不依上师引导，不知有佛，不从上师教诲传承，则无法入佛、成佛。过去诸佛皆由上师教授，而得信解行证。上师乃救度众生之导师，而更在“三宝”之上。故皈依佛、法、僧三宝，尚需皈依金刚上师。因此“四皈依”成为藏传佛教之特色。
皈依应由一位心灵上帅在止式的仅轨中授予。在本质上，皈依是尊敬和信赖佛、法、僧的一种表达。
佛陀，藏语称为“桑杰”，即净化和圆满；佛法，藏语为“却”，是引导开悟的道理，僧伽，藏语为“根顿”，是佛法的继承者和弘扬者。皈依佛，是承认自己的潜能可以体验开悟的境界；皈依法，是承认由于自己过去所依赖拙劣的方法来处理自己的困惑未得解脱，迄今仍困在期望和恐惧的循环中；皈依僧，是承认信赖上师之指导、鼓舞、开示的重要。
在皈依“三宝”中，唯有佛被认定是究竟的皈依。例如病人求医，僧伽就是医生，药物就是“法宝”，按照医生的指示进行服药治疗，就是我们修行学法的过程，一旦病痊愈了，就不再需要任何药物和医生诊断治疗。同样的，一个人成了佛，就不再需要皈依“法”和“僧”了。
不论是在最初皈依仪轨下，或者是每天修持大礼拜来皈依的时间，在传承中均要求行者持着一份大愿心皈依，以尽形寿直到开悟，并且要奉献已力以助所有众生均达到究竟开悟，这就是菩萨的悲愿。皈依时，若发心革除自己的恶习，并且产生处处为众生着想的积极态度，那么不管行者的习气多重，“三宝”的慈悲与智慧，将引导这悲愿而使行者达到开悟的境界。
这一切的根本和基础即是要皈依佛、法、僧“三宝”，这可以称为“外皈依”。但从密乘的观点来看，若行者皈依上师即为所有加持力的根本；皈依本尊为一切开悟的根本，皈依空行母为所有善行的根本。这就是所谓的“内皈依”。更深入地说，只皈依自己的根本上师-能够认识此根本上师是佛、法、僧的化身，并集上师、本尊与空行母于此化身，并且具足他们所有的特性-这就是所谓“密皈依”。
藏传佛教特有的皈依形式，以噶举派较为典型，为六皈依，这是把皈依分为六类；三种是恭敬“三宝”，三种是恭敬三个根本。
上师是加持（藏语称为“吉拉”）的根本，是“三宝”的化身，尤其是佛陀的化身。本尊是诸佛的示现，以不同的形相具体地显现佛性，以便行者能够按照自己的根性去修持，而行者修持其身、口、意与本尊之身、口、意契合时，便显示本具的佛性。因此，本尊是成就（藏语称为“俄竹”）的根本。而勇父、空行母和护法是觉悟的众生，他们藉四种佛行实践以去除业障而达佛道，而这四种佛行是息、增、怀、诛，因此，他们被称为佛行（藏语称为“廷雷”）的根本。
在皈依的六项对象中，上师十分重要。佛陀在世时，曾预言未来末法时代，佛陀将化身为上师形象，现示给需要他的指引和保护的众生，因而，行者认上师为佛陀，便可以体验到同沾佛陀本身的法露。因而，也就有了简易的“四皈依”形式。第一项皈依金刚上师，表示行者深信上师是三根本的化身，因为他真实的形体与色身是上师，他的言语是空行与护法善行的表现，而他的心识是本尊的本性。如此，我们在“外皈依”于佛、法、僧，这项简短的皈依中，也包括了皈依“三宝”及“三根本”。
上师通常是指已开悟的师父，他已经完成了广泛的训练，已达到心灵体悟的高层次，并且依照一套有根本、完整的传承来传法。藏传佛教的上师能以大智慧、大悲心、无犹豫、无差别地对待众生来予以认可。皈依弟子可以清清净净地观察师父，看他是否具备上师的五个条件：
（1）五官庄严，声音洪亮，喜怒不是偶然的，而是正常的，不为一点小事而喜怒无常。（2）有禅定的功夫。（3）戒律清净。
（4）有菩提心（5）有真正根本的传承。
上师收皈依弟子也有五个条件：
（1）五官端正，声音嘹亮。（2）精进。
（3）有菩提心。（4）对师父有真正信心与供养心。（5）能承受师父所传授的法，是真正修行法门，不是普通的法门，知如理如法修行能即身成佛。
具备上述五个条件就是根器，师父如是观察弟子要观察一年多。一般人不一定明白师徒关系的本质，因此，了解什么为上师是必要的，了解弟子对师父的职责为何也是很重要的。
纵使行者有与生俱来的聪慧，能接触佛法，如若缺少上师的引导，仍然很难在修持上有所突破。这未开悟之心智若尚被无始以来累积的习气冲动指使着，若无上师超凡的洞察力和引导，是很难克服的。上师的宽大与悲心，给行者一个机会，改变其观察有情世界的习惯性方式。在上师的完全无私中，行者可以找到一面观察“真我”的镜子，如果了解这一情况，学习如何对治，那么修持就更有效益了。
因为师徒关系的特质，以虔诚态度来对待上师是极为重要的。在传统上，经过一段相互考验时期，师徒关系得以形成，并在修道的阶段上一直持续着。修持方法中的智慧与熟练，上师便给予各种密乘修持的灌顶，经由这些加持的直接传承，使行者能成功地修持。
密乘修持相当深奥、精妙，如果正确地修行，能即身成就，但若修持不正确，由于错误的动机、了解或行为，就会导致更大的困惑和苦难，因此，行者想直接修持达到开悟，那么一位上师的个别指导是绝对必要的。
行者通过皈依及教理的学习进入修密阶段，它要由上师作一次入密门的灌顶仪式，方可入密教道修行的步骤和次节。学密开始的第一步是“四加行”修法，密教行者视此为入密门的前导。
灌顶是修密行者必须举行的一种宗教仪式。从形式上说，藏传佛教的灌顶仪式和印度王室的传统有关。印度王子必须经过灌顶，才能确定他在王室中的地位，密教从印度传入西藏，亦将灌顶的仪式传入西藏，上师为弟子灌顶，亦常称为“法王灌顶”，受灌顶的传承弟子称为“法王子”，可见藏传佛教对传承的重视，而能获传承者的尊贵，亦由此而知了。
王子与法王子只是世间与出世间的分别，源头则是彼此相同，后者被赋予了.“法”的内涵。这种内涵，就是藏密的各级灌顶是依着次第来开发弟子本身具足的真如佛性即如来藏的。
