1251年，蒙哥一登上大汗位，便令忽必烈以皇弟之亲，总理漠南汉地军国事务。
早从青年时代起，忽必烈就热心于学习汉文化，倾心于儒术，“思大有为于天下”。1242年，他延请燕京庆寿寺的禅学大师海云前往漠北论道。
海云率云中南堂寺的青年僧人子聪同行。忽必烈见海云问佛法大要，海云回答说：“宜稽古审得失，举贤错枉，以尊主庇民为务。佛法之要，孰大于此。”邢州人子聪，于书无所不读，论天下事如指诸掌。海云南还后，子聪则留侍藩邸。
还有云中人赵璧，以通蒙语而为忽必烈所倚重，时就马上为忽必烈讲说《大学衍义》。忽必烈又令蒙古生徒十名，从赵璧受儒书。赵璧乃以蒙语译《论语》、《大学》、《中庸》、《孟子》诸经而教授之。赵璧为聘亡金状元王鹗至漠北，为忽必烈讲解《孝经》、《书》、《易》诸书及儒家治国平天下之道，以及古今事物之变。
交城人张德辉也受召讨论儒术治道。子聪的同学张文谦也被荐充藩府书记。著名理学家姚枢、窦默也被罗致到忽必烈的周围。这些都说明，早在他出任汉地之前，忽必烈已同汉人儒士有了多方面的联系，他对儒术也有某种程度的了解。
忽必烈依靠汉人儒士整饬河南、陕西政治的行动，招致了一部分蒙古守旧贵族的忌刻和不满。
有人向蒙哥进谗说：忽必烈得“中土”人心，图谋难测。和藩府有关系的汉人官僚私行扣克本应解缴行尚书省的财赋以私奉藩府的事例，也引起了蒙哥的警觉。蒙哥本人，“自谓遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”，这同忽必烈积极学习汉文化，采行汉法的主张是完全对立的。
在当时，蒙古统治者学习汉文化，改行汉法，不但是落后的征服者想要把对汉地的统治稳定下来之所必需，而且也只有这样做才有利于北部中国社会生产的恢复、有利于蒙古族本身社会的发展。因此，这无疑是一个进步的表现。
在这个问题上，蒙哥的态度是保守的、消极的；而忽必烈则是进步的、积极的。政治路线上的不同，更加剧了兄弟之间的猜忌和矛盾。
1257年，蒙哥以藩府诸臣多擅权为奸利的罪名，派遣了亲信阿兰答儿、脱因、囊加台、刘太平等前来理算（检查核算）陕西、河南等处钱谷，置局关中，大行钩考（检核）。
受审查的主要是忽必烈所创设的经略司、宣抚司等机构的大小官员，列为罪状一百四十二条，把几乎所有藩府臣僚都罗织在内。蒙哥下令解除了忽必烈对漠南汉地的统军权。忽必烈忧惧非常，计无所出。姚枢献策他把家属送至蒙哥处，作久居之计，以示诚信，争取蒙哥的谅解。
其年，蒙哥正准备亲征南宋，渡漠而南，至于河西。忽必烈依计尽携家口入觐。蒙哥听到忽必烈来觐的报告后，仍不肯相信，认为忽必烈此来必有阴谋，乃命令他将家属辎重留下来，单身入觐，以防不测。
兄弟相见，蒙哥才疑心稍释，决定不对忽必烈进行追究，并停止了对陕西与河南的钩考，但仍尽数撤销了所设的机构。忽必烈则以疗养足疾为由，回到家中闲居。
