明朝皇帝对藏传佛教的热衷实际上就开始于明太祖朱元璋，史载洪武年间（1368—1398）就“有西番僧星吉坚藏（Seng ge rgyal mtshan）为右觉义”，星吉坚藏是明代建立的五大国寺之一鸡鸣寺的僧人。
明太祖本人对元末来华的西天僧 板的达撒哈咱实里（俱生吉祥）表现出了异乎寻常的热情，不但封其为“善世禅师”，“俾总天下释教”，而且多次赐以诗文，访其于钟山。西天僧作为元末宫廷传授秘密大喜乐法的同谋曾与西番僧一样声名狼藉，一般士人对二者并不能加以严格的区分，朱元璋亲近西天僧至少说明他并不排斥藏传密教。
明成祖是首位不但优待番僧，而且“兼崇其教”的明代皇帝，著名的“八大法王”中就有七位是由永乐皇帝亲自封赏的。他在位期间曾发生过两件对于明朝历史和西藏历史来说都具有深远意义的大事，一是邀请五世哈立麻上师来朝，并令其于永乐五年（1407）二月庚寅“率僧于灵谷寺建普度大斋，资福太祖高皇帝、孝慈高皇后”；一是于永乐年间镌刻了西藏历史上第一部西藏文大藏经的木刻版，即后人所谓的“永乐版甘珠尔”。哈立麻上师主持的这场荐福普度大斋是明成祖为改变其篡位者形象而导演的一场成功的政治“秀”，是他为导入藏传佛教以强化皇帝权力而作的一场宣言式的国家级仪轨。
而通过这场被后人称为“南京奇迹”的典礼的举行，藏传佛教也终于从元末以来受人诅咒的困境中走出，重又堂而皇之地在中原汉地开始广泛传播。而永乐版甘珠尔的镌刻及其于汉、藏、蒙古三地的流通，不但使西藏人首次拥有了他们自己文字的大藏经刻版，而且也推动了藏传佛教于西番、汉地以及蒙古地区的传播。
明成祖之后的明朝中期诸位皇帝也都对藏传佛教十分热衷，明宣宗（1425—1435年在位）时，朝廷取消了明初番僧居京和进入宫廷内的禁令，番僧入居京师者骤然大增，番僧于宫内做佛事也已司空见惯。念梵咒、学番经、跳步叱成为明朝宫廷中的日常功课。明宫城内还修建有一座番经厂，专门刊印藏传佛教的经典和仪轨，以满足京城内外广大修习藏传佛教者之需要。
在所有明朝皇帝中最信仰藏传佛教的无疑要数明武宗（1505—1521年在位），他自号领占班丹（Rin chen dpal ldan），自封为“大庆法王”，据称佛经梵语无不通晓。他一生最为人诟病者莫过于在宫中建豹房和派遣盛大的使团赴西藏迎请活佛这两件事情。
豹房初建于正德三年（1508）八月，最初由“善阴道秘戏”的色目人于永以善西天舞者以进，其间行为很容易让人想起元末宫廷中上演的秘密大喜乐法。其后，西番僧复成为在豹房内演法的主角，令武宗沉溺其中而不能自拔。
迎请活佛的事则发生在正德十年（1515），武宗派司设太监刘允率庞大的驿队往迎传说能知三生之活佛，即八世哈立麻上师不动金刚（Mi bskyod rdo rje，1507—1554）。整个迎活佛的过程是一场劳命伤财的闹剧，也是明朝历代皇帝崇佛的一个高潮。朝廷为此花费巨万计，内库黄金为之匮，但不仅没有如愿请到活佛，而且整个使团遭到袭击，死伤大半。等刘允丧败回京，武宗早已登遐矣。
显而易见，曾经发生在元末宫廷内的那些一度臭名昭著的来自西番的秘密修法在明代不但没有绝迹，相反变本加厉，屡见不鲜。明朝初年就有女僧诱引大家闺秀“奉西僧行金天之法”的传说，到了明朝中期的隆庆（1567—1572）、万历（1573—1620）年间，民间修习“欢喜佛”“双修法”等竟又成为习以为常的事情，这样的记载多见于明人的笔记小说中。
而这样的现象也再次引起了汉族士人的反感和批评，藏传佛教于明宫廷内外越来越流行，明代士人对它的贬低和攻击也相应地越来越激烈。不管他们是过分强调明廷对番僧的优待和对番教的推崇背后的政治目的，还是将番教演绎为“蛊惑圣主之心”的秘密法，或者直接将其斥责为异端、鬼教或者喇嘛教这一藏传佛教最著名的蔑称等，其实质均在于否认藏传佛教作为佛教传统之一个分支的宗教和文化意义，从而将西番民族固定在化外远夷的位置上。
在明代前期的北京，曾有一个先以撒哈咱实里、智光国师为首，后以大慈法王释迦也失和大智法王班丹扎释为首的西域僧团的存在，其中既有来自印度和西番的僧人，但更多的是皈依了藏传密教的汉地僧众，他们修习和传播藏传密教，大量翻译藏传密教仪轨，形成了京城中一个非常有特色的宗教团体。大译师 莎南屹囉應當，就是这个西域僧团中的一员，这个僧团中的很多汉人弟子都拥有梵文或者藏文的法名，就像智光法名雅纳啰释迷一样。
根据其汉译文的品质来推断，莎南屹囉應當很可能是一位修习藏传密教的汉人弟子，莎南屹啰，译言福幢，或即是这位汉人译师的法名。尽管我们通常认为，以哈立麻派为主的噶举派上师从元后期开始就已经渐渐超越萨思迦派，成为更得蒙元和明朝统治者欢迎的藏传佛教宗派，但从我们今天所能见到的汉译藏传密教文献来看，萨思迦派所传的道果法在明朝初年依然是占据主导地位的藏传密法。
撒哈咱实里、智光国师等人或都是萨思迦派的传人。而莎南屹啰则主要翻译了萨思迦派诸上师，特别是萨思迦三世祖葛剌思巴监藏的作品。由此可见，虽然政治上明代推翻了元朝，但在宗教上明朝基本上没有打断元朝以来藏传密教于中原汉地传播的进程。
