17世纪蒙古人再次皈依藏传佛教，这极大地改变了蒙古和西藏的政治形态。
蒙古各部首领争相支持这个宗教，以此来强化他们自己的合法性，而格鲁派高僧则借助蒙古的军事援助在西藏建立了神权政体。清朝统治者不得不与蒙古诸汗争夺地区盟主权，他们也转而借助藏传佛教以强化自身统治的合法性。因而，清廷支持藏传佛教的历史与它通过战争成功地控制所有蒙古人——他们对大清构成最大的潜在威胁——的过程是密切相连的。
毫无疑问，草原游牧民族在最早阶段就知道了佛教。非汉族统治者把佛教当作“对抗汉族统治阶级的国教——儒教的哲学”，或者正如契丹帝国的创始人所声称的那样，他们信奉佛教是因为“佛教不是汉人的宗教”。
甚至在1260年元朝建立之前，蒙哥汗在哈拉和林的宫廷里就有一位西藏“国师”，宣政院掌管着360名僧人。1260年八思巴被任命为国师，这使西藏的萨迦派在忽必烈的宫廷里获得了主导地位，并拥有了在大元帝国的宗教权威。
西藏的绘画影响了汉人的佛教绘画、雕刻和陶器，其范围不仅仅限于华北，而且远及南宋的都城杭州。
明朝于14世纪90年代重建了与西藏的关系。永乐皇帝登基后不久，就邀请噶玛派的首领访问南京，并于1406年封他为国师。此次及以后与西藏宗教界的交往，使明朝皇帝得与西藏宗教力量合作，为贸易通道——内亚地区的马匹经这条通道供应明朝军队——提供保护。
早期的明朝政府出资修建了十二座庙宇，并把藏传佛教的办事处纳入西宁地方行政体系。积极维护与西藏宗教上层关系的传统在嘉靖朝（1522—1566年）中断了，当时蒙古人取代汉人成为安多地区的主导力量，并在俺答汗的统治下，开始侵扰汉人的边疆地区。
元朝与西藏的互动建立在宗教统治和世俗统治之间的理想关系即“喇嘛—保护者”模式的基础上。可汗承认宗教领袖的最高宗教领导权，后者反过来承认忽必烈是宗教信仰的保护者。对世俗统治者而言，宗教领袖既是一位教父、一位“崇拜对象”，又是一位“保护对象”。
皇帝的作用就是保护（必要时动用军队）喇嘛教，通过各种手段（包括出版和研究佛经）推广喇嘛教信仰。这对全国都有益处，因为佛会反过来保佑国家免遭自然灾害、外敌入侵和国内动乱。
在元朝的影响下，西藏一直由萨迦派高僧间接统治着。“喇嘛为政权首脑的原则在西藏政治理论中首次确立下来，一种重要的新文化模式出现了。”依靠外来保护是西藏喇嘛奉行的政治策略，他们会利用保护者的军队加强他们在弱小而权力分散的西藏政治体制中的权威。西藏贫瘠的土地和与世隔绝的环境，不容易使宗教领袖们获得与外部统治者结盟所带来的各式成果。
16世纪末，寻求扩大政治权力的蒙古各部领袖们转向藏传佛教，复兴了“喇嘛—保护者”关系。1578年，东蒙古统治者俺答汗会见了形成于14世纪的格鲁派首领索南嘉措（1543—1588年）。传统的萨满教已在蒙古各部落中得到复兴。俺答汗皈依格鲁派，可被解释为他试图在与名义上的大汗（土门汗）的斗争中扩张自己的权力。俺答汗把索南嘉措当作“精神导师和庇护者”，授予他“达赖喇嘛”称号。作为交换，达赖喇嘛承认俺答汗为“信仰的保护者”。
自此以后，每一位雄心勃勃的蒙古领袖实际上都在竭力利用西藏宗教界上层人士的承认来巩固自己的政治权力。索南嘉措1588年逝世之前，曾预言他将在蒙古转世。他的继承者四世达赖喇嘛云丹嘉措（1588—1617年）是俺答汗的四世孙。
鉴于“呼毕勒罕”（蒙古语为khubilgan，即成为活佛前的转世灵童）的政治潜力，一些蒙古婴儿先后被确认为可转世喇嘛的呼毕勒罕，这些喇嘛都是16世纪末叶被索南嘉措派往蒙古地区的。
1585年，土谢图汗国的阿巴岱汗皈依喇嘛教后，该汗国（统治喀尔喀蒙古部族的三个汗国之一）首次支持了萨迦派的喇嘛。一世哲布尊丹巴（在藏语中，哲布尊丹巴意为“宝圣”）扎纳巴扎尔（1635—1723年）乃土谢图汗的妻子所生。他出生时的种种迹象使喇嘛们确认他是多罗那他的转世灵童。
多罗那他是萨迦派中某一支派的喇嘛，曾到蒙古传教，在蒙古修建了一座寺庙。虽然这位年轻的王子扎纳巴扎尔于1639年获得了“萨迦派旗手”的称号，但他在位于安多地区的格鲁派的衮本寺（藏语称衮本贤巴林，汉语称塔尔寺）学习，受到了扎什伦布寺的班禅额尔德尼（字面意思为至尊班禅）和拉萨的达赖喇嘛的祝圣。
正是五世达赖喇嘛阿旺洛桑嘉措（1617—1682年）授予这位年轻的喇以哲布尊丹巴呼图克图的称号。1651年返回家乡后，这位“活佛”成为喀尔喀蒙古的重要宗教人士，被称为“圣光明者”（蒙语Bogdo，博克多；或Öndör Gegen，温都尔格根）。他使格鲁派在蒙古北部地区获得了成功，而且是“佛教艺术和文化复兴的源泉和动力”。
哲布尊丹巴在库伦（今乌兰巴托）的府第成为蒙古北部地区最重要的宗教中心，也是宗教经典的一个重要印刷中心。更为重要的是，在清朝政府看来，这位活佛的极高声望——这使他在喀尔喀与俄国以及与清朝谈判时发挥了积极作用——和他的生平事迹，正是他有资格作出喀尔喀归顺清廷的决定的原因。
安多地区和康区的厄鲁特及和硕特蒙古贵族在元朝就信奉了佛教。由于元朝政府支持萨迦派，所以该派控制了那个时期修建的所有寺庙。17世纪，和硕特统治者固始汗成为格鲁派的信徒，在信奉萨满教的百姓当中推广这种宗教信仰。当格鲁派的喇嘛进入该地区时，许多原为萨迦派的寺庙转而效忠格鲁派，直到20世纪50年代，萨迦派和噶举派的寺庙才在安多地区复兴。
和硕特和准噶尔贵族争相修建格鲁派寺庙，把牧场和沙比纳尔（Shabinar，即牧民）赠予这些寺庙。塔尔寺是准噶尔首领巴图尔洪台吉在格鲁派创始人宗喀巴（1357—1419年）的出生地修建的。土尔扈特汗的领地与和硕特人的领地有重合，因而两者合作，围绕和硕特统治者拜巴噶斯的养子建立了一个强有力的僧侣组织。这个养子名叫咱雅班第达，于1639年从西藏完成学业返回家乡，成为西蒙古人中最重要的宗教领袖。咱雅班第达的寺庙和沙比纳尔都被准噶尔首领噶尔丹摧毁，但噶尔丹及其继承人继续修建新寺院，并赏给寺院牧场和沙比纳尔。
