PC | ZAT5和BLH2/4调节拟南芥种皮粘液中的同聚半乳糖醛酸去甲基酯化

学术   2024-09-21 22:16   浙江  
20247月,青岛农业大学孔英珍课题组和中国农业科学院烟草所龚达平课题组The Plant Cell发表了题为The transcription factors ZAT5 and BLH2/4 regulate homogalacturonan demethylesterification in Arabidopsis seed coat mucilage的研究论文,揭示了ZAT5BLH2BLH4组成的转录调控模块精细调节种皮粘液中同聚半乳糖醛酸的去甲酯化过程的分子机制。












植物的初生细胞壁是由纤维素、半纤维素和果胶以及少量蛋白质组成的动态结构。果胶是植物初生细胞壁中丰富的高度复杂的多糖,已被证明在控制细胞伸长、细胞粘附和细胞壁孔隙度方面发挥作用。同聚半乳糖醛酸(HG)是果胶中最丰富的果胶多糖,在高尔基体中初合成并以高度甲酯化的形式沉积到细胞壁中,只有在果胶甲酯化酶(PMEs)的催化下部分去甲酯化(DM)后才能正常发挥其功能。然而,目前关于控制果胶去甲基酯化的精确分子机制仍未得到充分研究。

# 思维导图

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1.ZAT5在发育种子中的表达谱

作者使用实时定量PCRqPCR)来研究ZAT54 DPA(开花后的天数)发育种子中以及71013 DPA后种皮中的表达(图1A)。在这4个时间点均检测到ZAT5转录本。ZAT5的表达水平在7-10 DPA之间达到最高水平。为了检测ZAT5的组织特异性表达,在发育中的种子外皮表皮细胞以及在1013 DPA阶段从种皮表皮细胞释放的粘液中检测到了强GUS信号(图1B-1E)。进一步将GUS信号定位在1013 DAP发育种子的部分。结果显示两个阶段的合点区种皮、种皮表皮细胞、胚和外胚乳中均存在清晰的信号(图1F1G)。为更精细确定ZAT5的表达,作者进行了原位杂交测定。ZAT5710 DPA时在种皮表皮细胞中强烈表达,在13 DPA时表达更多。在1013 DPA时,还在胚和外胚乳中检测到ZAT5转录本(图1H),表明ZAT5在发育中的种子中广泛表达。

1. 发育种子中ZAT5的表达谱分析。

(A) qPCR分析。(B-G) ProZAT5:GUS转基因拟南芥组织不同阶段的GUS活性组织化学分析。(H) 原位杂交。


2.zat5突变体表现出粘液缺陷表型

ZAT5属于C2H2型锌指蛋白(ZFP)家族的C1-2i亚类,该家族是植物中最大的TF家族之一。亚细胞定位结果显示ZAT5-GFP融合信号主要在细胞核中被观察到,表明ZAT5是核蛋白(图S4)。为了确定ZAT5是否影响种皮粘液形成,作者获得了的两个独立纯合突变等位基因(SAIL_13_H11SALK_048250),二者的ZAT5编码区均包含T-DNA插入,并将这两个纯合系命名为zat5-1zat5-2。利用RT-PCR来鉴定突变体,三对引物均未获得扩增(图2B),因此,zat5-1zat5-2是无效突变体。

使用钌红(RR)染色检测zat5-1zat5-2突变体的种子粘液表型。当种子在水中不摇动的情况下染色时,突变体和野生型(WT)没有明显差异。然而,在水中以200 rpm摇动种子2小时后,zat5-1zat5-2种子粘液的染色晕圈与WT相比更薄,体积也显著减小(图2C2D)。通过用ProZAT5:ZAT5构建体转化zat5可以改善粘液变薄这一表型,表明粘液缺陷可能是由ZAT5突变引起的。作者进一步将zat5突变体(母本)和WT(父本)杂交以产生F1种子,观察其表现与zat5突变体的粘液表型相似。为进一步研究zat5粘液缺陷是否是由种皮分化异常引起的,使用扫描电子显微镜观察种皮表面,zat5WT种皮的形态没有观察到明显的差异(图S6)。

S4. ZAT5烟草细胞中的亚细胞定位。

2. zat5突变体具有缺陷的AM(粘性粘液)表型。
(A) zat5-1zat5-2T-DNA插入位点。(B) RT-PCR(C) RR染色后的粘液表型。(D) AM层的相对体积。
S6. WTzat5干种子的SEM分析。

作者接着用高效液相色谱(HPLC)测定发现,zat5突变体和WT种子粘液具有相似的单糖组成,并且用水或EDTA溶解的材料中存在的总糖没有显着差异(表1)。这些结果表明ZAT5对种子产生粘液多糖的量和组成没有明显影响

1 从经过水处理的WTzat5-1zat5-2种子中获得的NM层和AM层的单糖组成

3.zat5粘液中果胶甲酯化和PME活性发生改变

作者为了确定zat5种子粘液中的果胶DM水平是否存在差异,发现相较于WT种子,zat5-1zat5-2用碱处理粘液时释放的甲醇量明显降低(图3A)。作者紧接着用单克隆抗体(mAb)对成熟种子进行免疫标记,JIM7标记强度zat5粘液比WT低得多(图3C)。JIM5zat5的标记强度低于WT,特别是在射线结构之间的区域(图3D)。zat5粘液的CCRC-M38标记强度比WT稍强(图3E)。我们还使用相同的mAb通过酶联免疫吸附测定(ELISA)来量化AMHG的状态。与WT粘液相比,zat5-2粘液观察到CCRC-M38的结合更强,而JIM5JIM7的结合更弱。zat5粘液中高度和中度甲基酯化的HG减少,未甲基酯化的HG增加。

由于HG甲基酯化程度是被PME影响的,作者接着检测了zat5突变体中HG DM水平的降低是否和PME活性相关。与WT相比,两个zat5突变体的710 DPA种皮中的PME活性均有所增加(图3B)。因此,ZAT5可能通过抑制PME活性来调节种子粘液果胶的DM

3. zat5降低了种子黏液中HGDM

4.ZAT5下调PME5HMS/PME6PME12PME16

作者通过RNA-seq来确定ZAT5如何影响种子粘液果胶的DM,并且结合之前的研究表明PME56121658在不同发育阶段的种皮中差异表达。为更准确地量化基因表达水平,将解剖的种皮通过qPCR进一步测定了PME56121658的表达水平。与WT相比,这5个基因在zat5和过表达ZAT5的种子中分别显著上调和下调(图4A)。这与之前的在zat5突变体中,果胶DM的减少是由于PME活性增加所导致的相一致(图3)。这些结果表明,ZAT5可以负向调节PME56121658的表达

接着,通过双荧光素酶(LUC)活性测定来确定上述五个基因是否是ZAT5的直接靶标。与对照相比,pGreenII 62-sk-ZAT5(过表达)和pGreenII 0800-LUCPME5HMS/PME6PME12PME16启动子的共转染显著阻碍了LUC活性(图4B4C)。ZAT5参与后,LUC活性降低了至少2-5倍,说明ZAT5有较强的抑制活性。相反,在瞬时表达分析中未发现ZAT5PME58启动子结合会改变LUC活性。这些结果表明,ZAT5抑制PME5HMS/PME6PME12PME16的表达,而不是PME58RNA-seq分析和qPCR结果证明PME58zat5突变体中表达增加(图4A),ZAT5可能间接调节PME58的表达。

4. ZAT5直接靶向PME5HMS/PME6PME12PME16

(A) PME基因在野生型和转基因植株7~10 DPA种皮中的相对表达量。(B) 双荧光素酶实验中使用的载体。(C) 相对LUC/REN比值。

5.ZAT5在体内和体外识别TGATCA元件

作者用酵母单杂交(Y1H)确定ZAT5PME5HMS/PME6PME12PME16的启动子区域结合(图5A)。通过EMSA实验来鉴定预测的TGATCA元件,麦芽糖结合蛋白MBP标记的ZAT5MBP-ZAT5TGATCA重复序列结合,但不识别突变的探针(图5B)。接着,选择PME5HMS/PME6PME12PME16中几个与TGATCA基序相似的序列进行EMSA验证(图5C),结果显示MBP-ZAT5直接结合PME5 (TGATGA)HMS/PME6 (TGATCA)PME12 (TGATCA)PME16 (TGAaTaCA) 的启动子序列(图5D-5G),相比之下,MBP-ZAT5无法识别这些PME基因中TGATCA基序的突变版本。

通过染色质免疫沉淀ChIP实验以确定ZAT5是否在体内直接调控PME基因。在PME基因启动子上设计了5对引物,使其能够被ChIP-qPCR检测到(图5H)。结果显示PME启动子中的所有片段均显著富集MYC抗体(图5I-5L),表明ZAT5在植物中是与这些序列结合的。结合PME基因的表达在zat5突变体中上调,但在过表达ZAT5的植物中下调(图4A)。作者合理推测PME5HMS/PME6PME12PME16的表达通过ZAT5与其启动子中的TGATCA元件的结合而受到抑制。

5. ZAT5直接靶向PME5HMS/PME6PME12PME16

作者创制了PME5HMS/PME6PME12PME16T-DNA插入突变体。RT-qPCR鉴定出pme6是一种敲除突变体。对在水中摇动的种子进行RR染色显示,所有pme突变体似乎都具有较薄的粘液表型。测量了去粘液种子和种子粘液的体积表明,去粘液种子的相对体积没有显著差异,而pme突变体的AM层体积相对于WT有所减少(图6)。为了进一步观察突变体的粘液表型,我们将pme突变体(母本)和WT(父本)杂交以产生F1种子。F1种子和pme突变体的RR粘液表型相似(图6)。因此,每个pme突变体与WT的杂交表明pme粘液表型是种皮缺陷的结果。与WT相比,在pme5-1pme6pme12-1pme16突变体中,粘液的HG DM显著增加,并且710 DPA种皮中的PME活性降低(图3A3B)。与WT相比,JIM5JIM7免疫标记pme种子的强度分别在射线结构之间和外粘液外缘之间的区域增加,而CCRC-M38的标记强度沿着AM层的射线结构略有下降(图7),并且ELISA定量结果与免疫荧光结果一致。总的来说,这些果胶甲酯化酶参与种子粘液果胶去甲酯化。

作者创制一系列双突变体(zat5-1 pme5-1zat5-1 pme6zat5-1 pme12-1zat5-1 pme16),并观察了它们种子粘液的表型(图6)。这些双突变体中的粘液圈厚度与WT无显著差异。因此,zat5-1突变体中的PME5HMS/PME6PME12PME16各自的突变弥补了zat5粘液缺陷。总之,遗传证据表明,ZAT5通过直接抑制PME5HMS/PME6PME12PME16的表达来调节果胶去甲基酯化。

6. 遗传分析表明ZAT5调控PME561216

7. JIM5JIM7CCRC-M38单克隆抗体对pme5pme6pme12pme16种子进行免疫标记。

6.ZAT5BLH2BLH4发生相互作用

qPCR双荧光素酶活性数据显示ZAT5可能间接抑制PME58的表达结合先前的研究表明BLH2BLH4冗余地激活PME58表达以调控果胶去甲基酯化,促使作者探究ZAT5BLH2/4之间的关系。ZAT5的表达在blh2blh4blh2 blh4中显著增加。与WT相比,zat5突变体中BLH2BLH4的表达增加(图8A)。因此,ZAT5BLH2/4可能会抑制彼此的转录或阻止彼此正常发挥作用。

体外下拉实验(pull-down)表明,ZAT5BLH2存在物理相互作用(图8B)。体内免疫共沉淀(Co-IP)再次表明,ZAT5BLH2BLH4发生物理相互作用(图8C8D)。

为了确定ZAT5BLH2/4之间的相互作用是否影响了ZAT5PME5PME6PME12PME16的结合能力,作者进行了EMSA检测。ZAT5可以识别标记PME561216TGATCA基序的探针,BLH2则不能(图8E-8H)。通过添加GST-BLH2融合蛋白的剂量确实减少了ZAT5与这些探针的结合(图8E-8H)。同样,BLH2PME58的结合通过增加ZAT5的数量而被抑制(图8I)。这些结果表明,ZAT5BLH2/4相互抑制对方的活性,且呈剂量依赖型的。

为了进一步了解ZAT5BLH2/4在调节果胶DM过程中的关系,作者将zat5-1blh2 blh4杂交,得到zat5-1 blh2 blh4三重突变体(图9)。zat5-1blh2 blh4突变体种子的粘液层较WT明显减少,而zat5-1 blh2 blh4的种子粘液层与zat5-1相似,但较WT薄,较blh2 blh4厚(图9C9D)。此外,与WT相比,zat5-1 blh2 blh4三突变体的PME活性降低,HG DM增加。ZAT5突变可以部分恢复blh2 blh4突变体的表型缺陷。

该研究表明,ZAT5BLH2/4通过同一途径相互拮抗调控种子黏液中的果胶DM

8. ZAT5BLH2/4在调节下游基因表达方面具有相互拮抗作用
9. ZAT5BLH2/4相互拮抗调节果胶DM

(A) 野生型与突变体种子的粘液表型。(B) AM层相对粘液厚度。(C) 突变体与WT相比的相对PME活性。(D) 野生型突变体粘液中释放的甲醇含量。














ZAT5通过与PME561216TGATCA基序结合,直接抑制表达,并通过拮抗BLH2/4间接抑制PME58。这形成了果胶去甲基酯化的负调控。PME561216不太可能是BLH2/4的直接靶点,因为它们的启动子不包含TGATCA基序。这导致了果胶去甲基酯化的调控。BLH2/4通过直接结合PME58启动子来激活PME58,并通过抑制ZAT5活性间接调节PME561216的表达。ZAT5-BLH2/4相互作用通过调节各转录因子调控PMEs靶基因表达的能力,为控制种皮粘液中果胶甲基化程度提供了一种机制。综上所述,研究表明,ZAT5BLH2/4拮抗调节下游基因,控制拟南芥种皮中果胶甲基酯化水平
10. 拟南芥种皮HG去甲基酯化过程中ZAT5BLH2/4调控网络的模型。

期刊:The Plant Cell

投稿日期:2024.03.27
接收日期:2024.06.26
发表日期:2024.7.22
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评述/编辑:李敏慧
校对:王睿洋

原文链接(点击“阅读原文”)


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