江阴梅花书院，曾经是江阴历史上存续时间最长的书院，现在却不为人知。
清朝中后期，随着经济社会的繁荣，特别是东部地区掀起了书院风。这些书院大都由官方举办，或有官方背景，当然也有一些民间举办的书院。这些书院的功能主要包括藏书、读书、讲学、著书、刻书和祭祀等。这些功能体现了书院在古代教育、学术研究和社会文化中的重要地位。
清朝后期，江阴有大家所熟知的南菁书院、澄江书院、暨阳书院、礼延书院等，其中澄江、暨阳、礼延可视为一脉，除此之外，江阴实际上还有一个不大为人所知的书院，它在江阴历史上存在了两百多年（自清顺治六年1649年至咸丰十年（1860)，可以说是江阴历史上连续存续时间最长的书院，它就是“梅花书院”。
江阴梅花书院的建立，跟清初江阴抗清有关。
1645年8月，江阴抗清81天后，城破被屠，组织抗清的重要人物黄毓祺潜出城外，伺机再起。1647年正月，黄毓祺组织船只千艘，由舟山海上起兵，但路上遇到飓风，船只大多被摧毁。黄毓祺逃往常熟、泰州。次年在通州被擒，下海陵狱。黄毓祺在狱中备受拷掠，狱吏问他“若欲何为？”答曰：“求一死耳！”。后囚于广陵狱。1649年，黄毓祺死于金陵狱，当局仍戮其尸，时年七十有一。
谋反是灭族大罪，江阴屠城不远，又发生黄毓祺案，江阴的老百姓怕受株连，再遭一次清廷的清算，因而人心惶惶。据祝纯嘏撰《孤忠后录》记载：“诸生汤林、徐时化、韩、方、沈五姓，泣跪县庭竟日，令不能决。”
小小县令面对这么大的事情，自然也无计可施。后来有两个人出面竭力化解了危机，“得邀宽宥，不复穷治”。一个是江阴前朝官员曹玑，曹家甚至因此而家道中落，估计花了不少钱。另一个是时任苏松学政的苏铨。
苏铨，字次公，直隶（今河北）交河人。崇祯十年（1637年）进士。是清朝驻节江阴的第二任学政。他曾是明朝官员，且清初的学政地位并不很高，能够不避嫌疑，出面调停，使江阴百姓不受黄毓祺案牵连，确实是不容易，江阴士绅认为苏铨之力居多，为了感谢他，在江阴君山建了梅花书院。书院一开始其实相当于生祠，江阴人定期去祭祀他。赵曦明集《江上孤忠录》中也有“邑人感激，建梅花书院以尸祝之。”的记载。
讲到梅花书院，最有名的当数建于清雍正十二年（1734年）的扬州梅花书院，但江阴的梅花书院要比它早近100年。有趣的是，清代的一些书籍如《清代名人轶事》《郎潜纪闻》在讲到扬州梅花书院时还要附注一下“按：江阴亦有梅花书院，在君山顶”。今扬州梅花书院还在，而江阴的梅花书院却已不为人知了。
《自怡轩楹联剩话》卷一记载，江阴梅花书院在君山。上有楼，名“一层楼”。山顶为无梁殿，登高一望，山高城卑，想见守者之难。殿联云：“列嶂俯孤城，每为登临思往事；大江流浩气，始知钟毓有英才。”联为嘉庆年间的江苏学政姚文田所书。
姚文田还为江阴写了“忠义之邦”四字。当时，主持君山梅花书院的诸生何春煦，将这四个字摹勒后，悬挂于书院“仰止堂”内。道光二十三年（1843年）江阴修城时，知县金咸请邑人张锡龄将二十多年前姚文田书写的“忠义之邦”四字摹刻于石，嵌入南门城垣。
江阴梅花书院墙上还镌有元代书法家、画家赵孟頫画的《东坡笠屐图》，道光十七年（1837年）出任江苏学政的祁寓藻曾有两首绝句记其事《君山梅花书院壁镌东坡笠屐小像松雪笔也题二绝句》：
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