重点文献解析:
背景
软式内镜与可复用医疗设备是 MDROs 传播的一个主要环节。然而，即使采用标准的十二指肠镜微生物监测结果显示阴性，但仍有报道称 ERCP 后出现了几次 MDROs 感染，这凸显了常规基于微生物培养的方法在鉴定这些微生物方面的局限性。NGS 已经成为医院环境监测的一种变革性工具，提供了快速和精确识别微生物的方法。
目的
这项研究通过 NGS 证明其在受污染的 ERCP 十二指肠镜为暴发来源方面的有效性，强调了通过基因检测方法在加强医疗保健环境感染控制方面的作用。
方法
在荷兰北部格罗宁根大学医学中心（UMCG）消化内科和肝病科的内镜中心每年大约实施 500 例 ERCP。在整个暴发期间使用的是奥林巴斯 TJF-Q180V 十二指肠镜进行的 ERCP。
病例：使用 NGS 对产 ESBL 分离株进行测序分型，并存储在医学微生物学和感染预防部门。2020 年 7 月，检测到两种编码密切相关的弗氏柠檬酸杆菌的 blaCTX-M-15 分离株：一个儿童患者（患者 1）导致血流感染（BSI），另一个消化内科的成人患者（患者 2）导致尿路感染（图 1）。
患者记录显示，两例患者均于 2020 年 6 月（间隔 9 天）使用同一条十二指肠镜（十二指肠镜 294）行 ERCP 检查。今年 7 月，另一名来自肝病科的患者（患者 3）在使用同一条十二指肠镜行 ERCP 检查两天后出现 BSI（肺炎克雷伯菌 blaSHV-12）。
流行病学调查：在使用十二指肠镜 294 行 ERCP 的患者中发现产生 ESBL 弗氏柠檬酸杆菌和肺炎克雷伯菌后，停用十二指肠镜 294，并开始进行双向流行病学调查。该调查包括识别所有潜在的暴露患者（可能的和已证实的病例），并对疑似污染的十二指肠镜进行深入检查。
案件调查：
患者在 2020-01-23 接受十二指肠镜 ERCP 检查 (最后一次阴性监测十二指肠镜培养)，直到十二指肠镜从内镜中心撤出。检查这些患者的医院记录，包括他们的微生物检测结果，以评估该设备产 ESBL 微生物相关感染/定植的流行率和模式。
此外，使用 ESwab®（COPAN 诊断，CA，美国）从接受十二指肠镜 294 行 ERCP 检查后出院的患者（n = 39）中获得咽和直肠拭子标本。为患者提供了明确的自取样指导，重点是及时转运并在转运过程中严格遵守温度条件（4-25℃）。为消除其他来源的潜在污染，还对在此期间接受另一种十二指肠镜进行 ERCP 的住院患者进行了筛选。
回顾性检查了暴发期间流行的菌株与 2018 年至 2020 年该院检测菌株异同。通过对所有 21 株产 ESBL 弗氏柠檬酸杆菌和所有 75 株产 ESBL 肺炎克雷伯菌的 NGS 数据进行分析。
图 1 ERCP 手术及患者感染及定植的时间线。（* 该患者自 2019 年 10 月以来已知存在 blaSHV-12 肺炎克雷伯菌；ERCP、内镜逆行胰胆管造影、ESBL、广谱 β-内酰胺酶；P1 患者 1、P2 患者 2、P3 患者 3、P4 患者 4、P5 患者 5、P6 患者 6）。
十二指肠镜检查：
2019 年 3 月该中心引入的十二指肠镜 294 因被怀疑为暴发来源，于 2020 年 7 月退出临床使用。最后一次微生物培养监测是在 2020 年 1 月，结果为阴性。在 2020 年 7 月 10 日至 28 日的不同时间内，按照国家要求从十二指肠镜中采集顺行和逆行培养标本。在不同的时间（2020-08-04，2020-08-06，2020-08-10）从十二指肠镜中采集微生物培养标本，通过拭子与无菌纱布在移动钳取样。2020 年 08 月 10 日，使用镜中镜检查十二指肠镜内部。
2020 年 12 月 10 日，由医疗器械技术人员、内镜技术人员、奥林巴斯微生物学家和感染防控人员组成的专家团队对十二指肠镜 294 进行了彻底的损毁式调查（图 2）。
结果
案件调查：1 例患者（患者 4）自 2019 年 10 月起定植肺炎克雷伯菌 blaSHV-12，分别于 2020-01-28 和 2020-05-07 使用十二指肠镜 294 行 ERCP（图 1）。在接受筛查的 39 名患者中，有 37 名反馈了所要求的拭子，在这 37 例患者中，3 例 ESBLs 患者通过 cgMLST 发现与最初的病例相匹配：1 例弗氏柠檬酸杆菌 blaCTX-M-15（患者 5），2 例肺炎克雷伯菌 blaSHV-12（患者 4 和患者 6，图 3）。在 2018-01-01 至 2020-12-03 期间使用了 8 台 ERCP 十二指肠镜。值得注意的是，除疑似十二指肠镜外，在接受十二指肠镜 ERCP 治疗的患者中未发现与上述暴发相关的其他菌株（图 3）。
十二指肠镜检查：使用标准微生物培养方法均未在疑似十二指肠镜中检出任何微生物。拆卸过程中从钳举机中提取的样本显示肺炎克雷伯菌 blaSHV-1 阳性（图 4）。对其进行 NGS 检测，认为与患者 3、4 和 6（已证实病例）中检测到的菌株相同。此外，包括 O 型环（图 2e）在内的仪器通道端口（图 2f）发现被野生型肺炎克雷伯菌、阴沟肠杆菌和粪肠球菌污染。通过镜中镜观察到十二指肠镜 294 内部有严重的损伤和生物膜，用刷子从仪器通道中采集额外样品（图 2 g），但未显示出任何微生物的生长。
编按：
NGS 在 MDRO 暴发识别和管理中发挥了越来越重要的作用。
科研转化：对 NGS 在 MDRO 常规分型中的应用进行成本效益评估，以确定其在资源有限的环境中是否可行，并寻求优化策略。
工作转化：在对管腔类器械进行常规微生物监测而无法发现问题时，可增加 NGS 监测快速识别 MDRO，从而改进高风险设备的清洁和消毒流程。
https://doi.org/10.1186/s13756-024-01386-5
其他文献:
方法：对描述 nvHAP 和 HAP 自动监测的文献进行了系统检索，纳入标准涵盖了描述完全和半自动化监测的文章，而不限制患者的人口统计或医疗诊治相关设置。详细介绍了每项研究中的算法，并报告根据特定参考方法进行验证的自动化系统的性能特征。
结果：共纳入 12 项符合条件的研究，共同描述了 24 种不同的自动监测系统，23 项用于全自动系统，1 项用于半自动化系统。这些系统只在高收入国家使用，而且大多数都是在 2018 年之后发布的。这些算法通常包括影像学、白细胞计数、温度、抗生素应用和微生物学结果。经过验证的监测系统性能各不相同，对全自动系统的敏感性为 40-99%，特殊性为 58 和 98%，阳性预测值为 8-71%。验证通常是在小的、预先选定的患者群体中进行的。
编按：AI 在 nvHAP 监测中的应用，可以减轻工作量和提高工作效率。
https://doi.org/10.1186/s13756-024-01375-8
方法：对从 PubMed、Cochrane、Embase 等数据库检索到的研究进行了系统回顾。纳入了与抗生素使用相关因素的定量研究（即卫生专业人员开抗生素处方、长期护理机构工作人员或患者使用情况）。参与者是长期护理机构（LTCF）的住院医师、及其家人和/或护理人员。
结果：共纳入 57 篇文章。大多数研究采用了纵向设计（n = 34/57），调查了患者（n = 29/57）和/或 LTCF 相关的因素（n = 32/57），以及较少的处方因素（n = 8/57）。研究包括两种类型的结果：抗生素处方的总数量（= 45/57），不适当的抗生素处方（n = 10/57）。与高剂量抗生素处方相关的患者因素包括共病（n = 5/8）、感染史（n = 5/6）、潜在感染迹象（如发热 n = 4/6)、尿培养/试纸阳性（n = 3/4）、留置导尿管（n = 12/14）以及患者/家庭使用抗生素（n = 1/1）。在 LTCF 层面，抗生素处方的数量与工作人员流动率（n = 1/1）和下班后医生就诊率（n = 1/1）呈正相关，与 LTCF 现场协调医生呈负相关（n = 1/1）。在处方水平上，较高的抗生素处方与前一年的高抗生素处方率相关（n = 1/1）。
编按：如何规避人员的流动性，以增强工作人员能力水平，尚有一段很长的路要走。
https://doi.org/10.1186/s13756-024-01385-6
