陈云对党的思想路线的贡献，一般都停留于“不唯上，不唯书，只唯实”的说法上。
在延安的时候，陈云学习并仔细研究了大量的哲学与毛泽东的著作，他深入联系土地革命战争时期的经验与教训，进行了认真思考。在这一学习过程中，陈云说：“在延安，毛主席起草的文件、电报，我都看过，最后得出一个结论，就是要实事求是。”在此基础上，陈云提出了九个字，也就是：“不唯上，不唯书，只唯实。”意思是，不要一味轻信书本知识，也不是一味盲从领导的指示，而是要根据实际情况来决定我们的工作方针，即实践是检验真理的唯一标准。1990年1月24日，陈云同志和浙江省党政军领导谈话时，把“不唯上、不唯书、只唯实，交换、比较、反复”十五个字，作为条幅，赠送给时任浙江省委书记李泽民。
进入改革开放以后，陈云对党的思想路线的贡献依然进行中。邓力群回忆录披露了两则：
1982年12月16日，中央书记处研究室张云声其人，不赞同发展以雇工经营为特征的私人企业，写了一篇《到处出现雇工剥削引起的思考》，供领导同志参考。万里看了不高兴，邓力群将这个材料送给陈云同志。陈云是支持进行生产关系改革的，但他看了以后说，党内有不同意见，是党兴旺发达的标志，如果党内鸦雀无声，党就处于危险的状态。
半个月后，1982年12月31号，陈云在中共中央政治局会议讨论1983年的中共中央一号文件《关于当前农村经济政策的若干问题》时，发言说，“我过去说过，不怕人家讲错话，就怕人家不说话。讲错话不要紧，要是开起会来大家都不说话，那就天下不妙。有同志提不同意见，党组织应该允许，这是党的事业兴旺发展的好现象。”
邓力群说，“这段话讲得很好，现在陈云的这个讲话稿还保存着。”
