背
景
血型鉴定可以通过血清学或遗传学进行，其对于安全输血至关重要。基因分型主要集中在编码区，但非编码突变可能会影响基因调控，如ABO、FY和XG系统所示。为了揭示调控位点，该研究通过包括额外的表观遗传数据集来发现非编码突变体，扩展了最近开发的生物信息学流程。
方
法
分析多个数据集，包括具有红系转录因子（TFs）的ChIP-seq、组蛋白修饰（H3K27ac、H3K4me1）和染色质可及性（ATAC-seq）。研究了候选调控区的活性（萤光素酶测定）和TF结合（电泳迁移率变化测定，EMSA和质谱，MS）。
结
果
图1 表观遗传学数据分析流程图
表1 有关本研究中分析的实验数据的详细信息
图2 血型相关基因的转录因子TFChIP-seq峰重叠(±10 kbp)
图3 ABCB6内含子1的示例，其中四个TF的峰重叠、增强子的组蛋白标记以及开放染色质区域的 ATAC-seq
图4 通过萤光素酶测定对四个候选调控区的功能分析，其中四个TF共位于四个血型基因的内含子中
图5 通过萤光素酶测定对KEL启动子区域的详细表征
图6 EMSA显示了GATA1与KEL启动子中远端和中间GATA1基序的结合
图7 质谱检测分析显示KLF1和GATA1与突变基序的结合减少
结
论
这种结合生物信息学和实验的方法揭示了多个候选调控区域，并预测了TF共占用位点。KEL启动子的详细特征表明，KLF1调节KEL，并与两个GATA1位点一起是这里的主要功能驱动因素。
参
文
考
献
Wu PC, McGowan EC, Lee YQ, Ghosh S, Hansson J, Olsson ML. Epigenetic dissection of human blood group genes reveals regulatory elements and detailed characteristics of KEL and four other loci. Transfusion. 2024;64(6):1083-1096. doi:10.1111/trf.17840
感谢浙江省人民医院输血科来稿！
公众号｜输血人
本期编译｜杜垚强 陈秉宇
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