MET扩增是EGFR-TKI耐药的重要机制，也是原发性NSCLC预后不良的标志物。已有多种方法被用于MET扩增检测，然而，作为金标准的FISH检测受多种因素影响。相较之下，NGS具有高通量、便捷、客观的优点。本研究旨在探索NGS是否可以作为识别MET扩增状态的替代方法，并报道中国最大的奥希替尼耐药NSCLC患者的突变谱，相关结果已于2024年10月发表于Front Oncol杂志（IF=3.5），本文对此进行简要解读和分享，希望能为医务工作者提供新的科研和临床参考，造福更多肺癌患者。
背景
肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因。非小细胞肺癌（NSCLC）约占所有肺癌的85%，尽管过去几十年做出了巨大努力，但其5年生存率仅为20%。表皮生长因子受体(EGFR)-酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）的发展是NSCLC靶向治疗的重要里程碑。然而，大多数NSCLC患者最终都会出现耐药性。因此，有必要全面探讨优选ESFG-TKIs奥希替尼的耐药机制。
间充质上皮转化（MET）基因位于7号染色体（7q31）上，编码酪氨酸激酶受体或肝细胞生长因子受体（HGFR）。HGFR及其配体HGF是细胞存活、增殖、运动和迁移的重要调节因子。已发现MET通路失调，如MET扩增、MET 14号外显子跳跃突变和MET过表达与肺癌的发生有关。1-6%的新发NSCLC可检出MET扩增，被认为是预后不良的标志物。此外，越来越多的证据表明，除了EGFR本身突变外，MET扩增是对EGFR-TKIs获得性耐药的关键驱动因素，尤其是对第三代EGFR-TKIs耐药的患者。因此，准确检测MET扩增对于此类患者诊疗管理至关重要。
迄今为止，各种技术，包括荧光原位杂交（FISH），实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR）和二代测序（NGS），已经开发用于检测MET拷贝数（GCN）。多倍体（7号染色体整体的多个拷贝）和MET扩增（仅MET基因的多个拷贝）都会导致MET GCN增益。FISH是检测MET扩增状态的金标准，但由于依赖观察者的主观性，其应用从根本上受到了限制。NGS在临床实践中越来越多地应用于MET GCN的检测，它不仅可进行MET扩增的全面分析，还可以提供许多FISH无法检测到但具有很高临床意义的其他遗传改变。已有几项研究探索了NGS和FISH在MET扩增检测方面的一致性。然而，FISH和NGS之间的一致性不超过70%。此外，MET扩增的定义也没有达成共识，根据不同的NGS平台，临界值在GCN 2.3-10之间。此外，与多倍体相比，MET扩增被认为是真正的致癌驱动因素。因此，有必要寻找一种标准化的NGS方法来有效地定义MET扩增。
本研究旨在探索NGS是否可以作为识别MET扩增状态的替代方法，并报道中国最大的奥希替尼耐药NSCLC患者的突变谱，以揭示耐药的潜在机制。为此，研究者首先在96例NSCLC患者中，以FISH结果为金标准，基于MET和位于7号染色体上的其他基因的GCN，构建了MET扩增鉴定的最优模型。然后描述了317例奥希替尼耐药患者的基因突变谱，并探讨了基因突变与MET扩增状态的关系。图1为本研究的实验流程图。
结果
本研究共纳入317例NSCLC患者，中位年龄为60岁（32 ~ 84岁）。男性135例（42.6%），绝大多数（94.2%）为晚期肺癌。肺腺癌306例（96.8%），鳞状细胞癌9例（2.8%），腺鳞癌1例（0.3%）。现在96例患者行FISH检测MET扩增情况，其中MET扩增14例（14.6%），多倍体16例（16.7%），阴性66例（68.8%）。表1总结了317例NSCLC患者的临床特征。组间比较结果表明，MET扩增患者与一般患者的临床特征差异无统计学意义（表2）。
通过FISH定义MET扩增状态的标准如图2A所示。以FISH结果为参考，基于MET和位于7号染色体上的其他基因（EGFR、BRAF、CDK6、PMS2、ABCB1和CYP3A4）的GCN，探索合适的模型来定义MET扩增状态。最优模型预测MET/CYP3A4≥1.12、MET/CDK6≥1.20、MET/ BRAF≥1.53的病例为MET扩增状态（图2B）。基于该定义，NGS和FISH的总体一致性为74.0%，而识别MET扩增、多倍体和MET阴性的敏感性/特异性分别为85.7%/93.9%、37.5%/85%和80.3%/73.3%（图2C）。该模型对MET扩增和阴性的识别灵敏度较强，分别为85.7%和80.3%；对多倍体的识别能力较弱，敏感性为37.5%。当将多倍体与MET阴性合并为一组时，NGS与FISH的总体一致性达到93.9%（图2D），提示多倍体可能是导致NGS与FISH在MET拷贝数状态检测上存在差异的关键因素。接下来，研究者探索了NGS和FISH之间的一致性是否可能由MET GCN水平影响。MET GCN在所有病例中的分布范围为1.2 ~ 16.7。25例NGS与FISH不一致病例的MET GCN主要分布在2 ~ 5之间，当MET GCN≥5时，NGS方法与FISH的一致性为100%（图2E）。总的来说，优化模型在识别MET扩增，特别是高水平扩增方面表现良好。
对所有患者进行靶向测序，图3A显示了对奥希替尼耐药的NSCLC患者突变谱。82.33%（317例中261例）的NSCLC患者共检测到66个突变基因和488个突变位点，其中最常见的突变基因为EGFR（59.94%），其次是TP53（43.85%）、NRG1（9.46%）、PIK3CA（6.31%）、ATM（5.36%）、APC（4.42%）、ARID1A（4.42%）、BRAF（4.10%）、NTRK1（4.10%）、POLE（4.10%）和KRAS（3.79%）。这些突变具有多种突变形式（错义突变、无义突变、移码突变和剪接突变）和突变类型（C→T、C→A、C→G、T→C、T→A和T→G），其中最常见的突变形式和类型分别是错义突变（424，62%）和C→T突变（260，41.1%）（图3B）。在EGFR突变患者中，95.79%的患者存在报道的热点突变，包括19号外显子缺失（48.42%）、L858R（46.84%）和T790M（17.89%）。此外，罕见突变位点如A750P（2.63%）、C797S（2.11%）、E709K（1.05%）占EGFR突变的20.59%（图3C）。大多数患者（65.8%）携带单个EGFR突变位点，相当数量的患者（26.3%）具有两个EGFR突变位点，少数患者（7.9%）具有两个以上的EGFR突变位点（图3D）。这些突变分析可能为奥希替尼耐药机制提供一些有价值的线索。
然后，研究者分别展示了MET扩增、多倍体和MET阴性NSCLC患者的突变景观（图4A），并探讨了基因突变与MET扩增状态之间的相关性。结果显示，EGFR L858R （50.0% vs. 68.8% vs. 25.8%, p = 0.004）、ARID1A（7.1% vs. 25.0% vs. 4.5%, p = 0.033）、ATM（21.4% vs. 0% vs. 3.0%, p = 0.045）；NARS（0% vs. 12.5% vs. 0%, p = 0.046）在MET扩增组、多倍体组和MET阴性组之间检出率差异有统计学意义。与MET阴性组相比，合并多倍体的NSCLC患者EGFR L858R（p = 0.002）、ARID1A（p = 0.025）和NRAS（p = 0.036）发生率较高，而EGFR del19发生率低（p = 0.041）。此外，其他突变与MET扩增状态之间未发现显著关联（图4B）。这些发现表明MET扩增状态和基因突变之间可能存在潜在的联系。
结论
本研究证明了NGS具有作为替代方法鉴定MET扩增的潜力。除了MET扩增外，基于DNA的NGS分析还可以提供其他有价值的数据，例如各种遗传改变，这可作为指导治疗策略的有效工具。
本文主要参考Xiao X, Xu R, Lu J, et al. The potential role of next-generation sequencing in identifying MET amplification and disclosing resistance mechanisms in NSCLC patients with osimertinib resistance. Front Oncol. 2024;14:1470827. Published 2024 Oct 21. doi:10.3389/fonc.2024.1470827。
审批编号CN-148155
过期日期2024.12.25
声明：本材料由阿斯利康提供支持，仅供医疗卫生专业人士参考
排版编辑：肿瘤资讯-Zika
