今天聊一个案例，经历了一审和二审，最终被法院判税务稽查局败诉。
这是为何？
一、案例
1.案件背景
罗某仁是广西某华有限公司（以下简称某华公司）的股东之一。2014年，罗某仁将其持有的某华公司49%的股权转让给北某远房地产有限公司（以下简称某远公司），转让价格为2583万元。股权转让后，罗某仁未申报缴纳个人所得税，第一稽查局对此立案调查。
2.一审法院判决
一审法院审理后认为：
股权转让收入的认定问题：罗某仁主张2583万元转让款中包含股权转让款和垫资两部分，但第一稽查局未充分考虑这一情况。
股权原值的认定问题：罗某仁提出其对某华公司的投资不仅包括注册资本，还存在其他投资及垫资。由于罗某仁无法提供完整、准确的成本凭证，且某华公司财务管理混乱，税务机关应采取核定方式合理确定股权原值。
税务处理决定的合法性：第一稽查局作出的1008号处理决定主要证据不足，应予撤销。
一审法院判决：
撤销第一稽查局作出的1008号处理决定。
撤销作出的12号复议决定。
责令第一稽查局重新作出处理决定。
3.上诉理由
第一稽查局和不服一审判决，提出上诉，主要理由包括：
股权转让收入的认定：上诉人认为2583万元转让款应全部认定为股权转让收入，罗某仁未能提供充分证据证明存在垫资部分。
股权原值的认定：上诉人认为罗某仁的股权原值仅为注册资本24.5万元，其他投资或垫资不属于股权原值范畴。
税务稽查程序合法性：上诉人认为税务稽查程序合法，罗某仁未能提供完整证据的责任不应由税务机关承担。
一审判决错误：上诉人认为一审判决混淆了股东出资与股东借款的法律关系，与税务稽查查明的事实不符。
4.二审法院判决
二审法院经审理后认为：
股权转让收入的认定：二审法院认可罗某仁主张的转让款中包含股权和债权两部分的观点，认为第一稽查局未充分核实该情况。
股权原值的认定：二审法院认为，罗某仁未能提供完整、准确的成本凭证，且某华公司财务管理混乱，税务机关应采取核定方式合理确定股权原值。
一审判决的合法性：二审法院认为一审判决认定事实清楚，适用法律正确，审判程序合法。
最终，二审法院判决：
驳回上诉，维持一审判决。
二、分析
上面的案例经过了两轮法院，焦点在于两个问题：
股权转让收入的构成以及股权原值的认定问题。
首先说第一点：股权转让收入
罗某仁主张转让款不完全是股权转让收入，里面还有债权部分。税务局提出的观点是你需要自己提供充分证据来证明，但法院的观点确是：税务局需要核查清楚。
其实这里就有点难为税务机关了，如果对方提供不了充分的证据，税务机关如何核查清楚呢？
其实在总局2014年67号公告：
第十一条符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入：
（一）申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的；
（二）未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（三）转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料；
（四）其他应核定股权转让收入的情形。
税务机关为何没有核定其股权转让收入呢？
原因就在于税务机关不认可其债权部分，全部当做股权转让收入。
理论上也是可以作为核定的一种方式，但是法院认为不合理。
因为纳税人已经提出有债权的异议了，税务机关没有理会这个因素。
第二点：股权转让原值
这里总局2014年67号公告
第十七条个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。
这里税务机关只认可了纳税人的注册资本，其他的没有认可。
而法院认为在罗某仁不能提供完整、准确的股权成本凭证的情形下，且检查小组查实的某华公司财务管理混乱的情况下，不能反映正确的股权成本，应由税务机关采取核定的方式合理核定其股权原值。
这里的关键词是合理。
所以仅认可注册资本的情况是不合理的。
综上两点的关键信息就两字：
合理。
在税务处理中，当纳税人因客观原因无法提供完整、准确的凭证时，税务机关应依法依规采取核定方式合理确定应纳税额，而不是只是简单的不认可，以确保税收公平与合法性，避免因证据不足导致纳税人权益受损或重复征税。
各位朋友怎么看？
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大欧，金税润达税务师事务所创始人，注册会计师、注册税务师，前世界500强企业税务专家，一线城市税务局工作10年，深耕税务18年，现专注于资本市场、股权交易税务筹划和重大税务争议解决。
