引言：目前国内外诸多指南均推荐对晚期NSCLC常规进行ALK融合检测，主要的检测方法包括IHC、FISH或NGS。然而，由于ALK融合发生率低，且活检组织通常有限，有必要对比不同检测方法的优缺点。本研究作者在1246例NSCLC病例中比较了RNA NGS与IHC和FISH三种检测方法，证实RNA NGS更快且结果可靠。研究成果已于2024年6月发表于Cancers杂志（IF=4.5），本文对此进行简要解读和分享，希望能为医务工作者提供新的科研和临床参考，造福更多肺癌患者。
研究背景
目前国内外诸多指南均推荐对非小细胞肺癌（NSCLC）常规进行ALK融合检测，尤其是IIIB/IV期非鳞NSCLC，因为这与ALK酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗密切相关。因此，有必要在晚期非鳞NSCLC病例的基线阶段系统性进行ALK重排筛查。多年来，原位荧光杂交（FISH）分析一直是检测ALK重排的经典方法，但FISH是一种耗时长、需要专门设备和高度专业技术人员来开展和解释的技术方法。ALK:EML4融合通常表现为短断裂模式，可能导致FISH误判和假阴性结果，尽管使用ALK:EML4融合探针可以减少这种情况。
由于各种质量问题和肿瘤细胞比例过低，有些活检样本无法满足FISH分析的质量标准。随着高性能兔单克隆抗体的出现，免疫组织化学（IHC）已成为FISH的一种潜在替代方法。尽管IHC技术门槛比FISH更低，但仍需进行方法学的标准化和适当验证，否则IHC无法替代FISH的地位。
尽管IHC和FISH之间的一致率很高，但由于技术问题和不同ALK融合变体产生的ALK蛋白的多样性，日常实践中有时会产生二者不一致的结果。二代测序（NGS）可以在FISH阴性病例中检测到被误判的ALK融合，最近NGS已逐渐超越FISH成为主要的ALK重排检测方法。另一方面，NSCLC中存在许多可靶向治疗的靶点，如EGFR、ALK、ROS1、BRAF、RET、NTRK、MET、KRAS和HER2等。然而，在日常临床实践中，依次检测这些基因变异存在诸多困难，包括获取结果所需的周转时间（TAT）、假阴性结果和标本量不足。因此，本研究以ALK FISH结果为参考，旨在比较单中心大型非鳞NSCLC患者队列中使用IHC和RNA NGS进行ALK重排筛查的结果。
结果
本研究共纳入1246例NSCLC，所纳入患者的主要流行病学、临床和病理数据见表1。
表1、入组患者的基线特征
对1246例NSCLC患者进行了ALK IHC评估，结果显示其中51例（4%）有明确的阳性染色。1246例患者中有53例（4.2%）为FISH阳性。在这些FISH阳性病例中，有2例在IHC中观察到非特异性染色并被判定为IHC阴性，但通过RNA NGS检测到ALK 5' / 3'端表达不均衡。RNA NGS分析在1246例患者中识别出59例（4.7%）ALK变异（图1）。其中，59例RNA NGS检出的ALK阳性结果中53例（89.8%）得到了确认，包括通过FISH和IHC共同确认的51例，以及仅通过FISH确认的2例，这2例IHC为完全阴性（图2A）。此外，有5例为RNA NGS的假阳性结果，虽然检出ALK 5' / 3'端表达不均衡，但通过FISH和IHC检测确认均为ALK阴性，而1例为FISH阴性但在IHC下表现为非特异性染色（图2A）。在整个队列中，RNA NGS用于ALK检测的受试者工作特征（ROC）曲线的曲线下面积为0.995。根据Youden J法，IHC阳性的最佳截断值为H评分145。在该截断值条件下，与IHC相比，RNA NGS检测ALK变异的特异性为98.99%，敏感性为100%，阴性预测值（NPV）为100%，阳性预测值（PPV）为98.04%（图2B）。
图1、基于RNA NGS检测的ALK融合结果
图2、（A）使用NGS（ALK阳性表示为深蓝色；ALK 5′/3′-末端表达失衡表示为绿松石色）、ALK FISH（ALK阴性表示为灰色）和ALK IHC（ALK阳性表示为黑色；ALK阴性表示为灰色）进行ALK融合检测的结果概览。每列代表一名患者。IHC H评分如图最上方所示。（B）在1246例患者的整个队列中，通过NGS检测ALK变异的ROC曲线。
获取DNA和RNA NGS报告的TAT为4天，范围为3至8天。ALK IHC和ALK FISH报告总平均TAT为13天。具体而言，ALK IHC报告平均需要2天（范围为2至5天），而ALK FISH报告平均需要13天（范围为6至21天）。
结论
依据本研究结果，研究者建议停止使用IHC检测NSCLC中ALK重排状态，转而采用更快速的RNA NGS检测作为首选方法。然而，对于NGS结果不确定或肿瘤细胞比例过低的患者或组织活检样本，ALK FISH仍具有诊断价值。
本文主要参考Qian Zheng, et al. NGS and FISH for MET amplification detection in post EGFR-TKI resistant non-small cell lung cancer (NSCLC) patients: A prospective, multi-center study in China. 2024 ELCC Abstract #21P; Annals of Oncology (2024) 9 (suppl_3): 1-53. 10.1016/esmoop/esmoop102569。
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审批编号：CN-141962
过期日期：2025-1-29
排版编辑：肿瘤资讯-Rex
