瑜伽的修行法则主要是针对欲界众生，尤其是这个星球的人类，他们的身体是由六种生命元素所组成，六种元素中，骨头、骨髓、体液来自父亲，肉体、皮肤和血液来自母亲。无上瑜伽修行道有一个殊胜之处，它不仅可以运用不同的禅修方法证得法报化三身的佛果，还可以在人的普通状态下证得清净的根，例如在死亡时、中阴身和转生时。
再者，如前所述，密续的意义在无上瑜伽修行中发挥得跟精深，这可以从三个密续层来了解：
（一）根密续——这是基础；
（二）道密续——方法；
（三）果密续——成果。
这三层密续最后都是从净光根本心生起。不妨这样理解其意义：萨迦派传统所说的根密续是指一切的根本，即住处坛城和住处本尊。所有一切法都是从这个根本生起。根据这项解释，根的所有现象都是它自身特性的显现；道 的所有现象都是证悟的显现；果的所有现象都是潜在形式的显现。同样地在宁玛派的著作中也发现‘根与果不一不异’这样的陈述，因为所有果的现象都是 根本因潜在形式的显现与完成，我们可以透过这样的叙述来理解：“清净身与清净智慧既不 能合亦不能分”，一个觉者的身体与智慧代表着双身，即法身与色身。
当我们研读弥勒的《大乘最上要义论》（Uttdrdtdntra）时我们要谨记，心的染污是偶然的， 心的正面品质是自然呈现的。但这并不意味所有正面的品质和心的证悟早已在心中呈 现。而是它们都潜存在净光根本心之中。因此，审慎而精确的了解这些表象和相关的概念 是很重要的。否则就会像外道‘数论派“（Samkhya）一样执持谬见，主张芽是种子的化现。龙树在其针对《密集金刚本续》圆满次第的论述《圆满次第五支论》（Pancakrama）提到。
密集金刚
行者在修幻观时，视一切法是同一个样子，这意指行者在圆满次第时能够生起微细幻 身（ illusory body）开展他的知觉直到包括一切相，视它们为净光根本心的化现与戏论。视一切众生为净光根本心的化现或戏论是合理的，因为最终众生都是从这个根本心所生起， 因此它是根源，然而我们会问，应如何了解整个宇宙包括自然环境它们也是由净光根本心的 化现与戏论？当然我们不必用唯识学派（Cittamatra）的观点，认为万方都是唯识所变现。唯识学派视一切外相为自心的反映，而且他们也否定原子形构的外在世界。
龙树的《圆满次第五支论》所采的观点有点不同。外在的现象应视为是根本心的化现，而 不是在心的本质之中。当一个人明显的经验了净光根本心，粗的心识和能量就会消减退却， 不再作用。微细心以净光的形式出现，它很类似直接证入空性的经验和状态。
无上瑜伽说明了运用净光根本心——它在死亡时会自然显现——的各种方法。我们可以运用 根本心入道。显教视死亡时的最微细意识是中庸的，既非清净亦非不清净，但在无上瑜伽中 却有运用这最后意识的方法，因此它不是中庸的，而是清净的状态。
和心的污染状态相比，此一清净状态具有更大的力量，因为它有正当的基础支持，既合乎理 性也不会错误。再者，心的清净状态在死亡时和净光自然发生时会产生而且延长；相对地，心的污染状态在死亡时和净光自然发生时并不会显现。
噶举派传统的大手印和大圆满派的立断（breakthrough）的见解归于同一点：净光根本 心的经验。宁玛派九乘中，大圆满是无上乘，因为大圆满的修行是运用根本的清净见而不 是前八乘所用的普通心意识。如果是这样，我们如何解释，为什么这些不同学派的修法包 括大手印、大圆满、无上瑜伽会有共同的净光根本心？
多烙吉米登巴尼玛已经对这个问题解答了，他说的确，无上瑜伽非常强调净光根本心的探究与开展，大圆满教法也一样，只是名称不同而已。而无上瑜伽开展根本心的方法是渐进 的，从生起次第逐步修到圆满次第，最后证悟净光。相对的，大圆满教法证悟净光不是渐进的，而是从一开始就运用本觉直接契入净光心。
密乘解析之钥
我们必须经常记得，当研读无上瑜伽密续时，即便是一个单字也会有好几种不同层次的解释， 就像在般若经中也有两种意义的解释：显明意和隐喻意。事实上，在密续的情况，解读的 程序更深广、复杂。
在密续的一个单字或语词可以有四种不同的意义，这就是所谓的四知解义：（一）文字义；（二）普遍义；（三）隐藏义（四）究竟义。
首先，文字义是指叙述的外显意义，可以依照文字的惯例和语句的文法结构来了解。第二个 普遍意义，是指外三密有关修法的共同意义，此处所谓的普遍有共同之意。第三个隐藏义有三种形式：
1：隐藏的方法，籍以入道。
2：隐藏的相，例如：白色是相心、红色是增上心和 黑色是近成就心。
3：隐藏的世俗谛即幻身。
虽然这些在无上瑜伽密续的经典中是很重 要的主题，但在外三密中它们并不明显，而是隐藏的状态。第四是究竟义，究竟在此是指净 光和圆融，那是无上瑜伽修行的最终目标。
密乘也提到另一个诠释学上的设计，可以帮助我们了解无上瑜伽的经典，也就是六参数，它们是三组对照的定义解释经文的意义：
（一）说明与定义参数；
（二）意欲与无意参数；
（三） 字义与非字义参数。
以这种多层探究的方式理解密乘经典和教法，当上师对弟子传授时有两 种情况，一种是上师同时对多位弟子传授，一种是上师对弟子一对一传授。
确认密乘修行是真正佛教徒证悟佛性的一个方式，密乘的论述中提出一个根据，就是以修行 的程序做基础，以修行的程序来说明密乘修行的优越。各种不同的密法中有其微细的差异性和复杂性，主要是反映行者身心状况和性向的差异，这就是为什么大部分的密法修行以前行开始，主要是要使初学者成为具格的行者。
行者也有许多不同的类型，最上乘的行者如珍宝一般。用这么复杂的方式向初学者解释密乘的目的，是要让他们了解二谛的真理，这里所说的二谛与显教所说的二谛不同，它是指无上瑜伽的胜义谛和世俗谛。
这种解释密乘经文的探究在《智金刚普集本续》（Jnanavajrasamuccayanmatantra）中有详细的讨论。
密续的另一个特色是几乎所有密续都是以两个音节开始：E 和 VAM，这两个音节包含了所 有密续的本体和精义。每一部密续都是有不同的音节所组成，最后都可以解析成母音和子音， 因此所有的音节都包含在 E-VAM 两个音节中。由于密续的所有精义可以浓缩成根、道、果 三个元素，同样的，所有根道果的意义也包含在 E-VAM 之中，所以 E-VAM 事实上含藏了 密续的整个精义。
月称以五次第解释了整个密宗道的修行要义，首先是生起次第，其次是圆满次第已如上述。不同的次第有不同的灌顶以配合能熟的要素。在生起次第的时候，行者要接受宝瓶灌顶以得 加持，行者在修‘幻身’的时候要接受第二灌密灌顶以得加持。修幻身包括了三种远离：身 远离、语远离和意远离。
行者在修‘光明’的时候要接受第三灌智慧灌顶以得加持，可以净化幻身进入光明。行者在修‘圆融’ 的时候要接受第四胜义灌顶以得到加持。
月称菩萨
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