无上瑜伽的修行主要是针对由六大（地、水、火、风、空、识）所组成的有情众生，即使是 道的次第也是以死亡、中阴、转生为基础。由于人体的特殊结构，人类在这个星球上很自然的经历死亡、中阴与转生。死亡是所有粗糙的意识和能量最后消解进入最微细的状态，此时他将经历死亡净光，从净光的状态接着会呈现微细身，此即所谓的中阴身，当中阴身再度 呈现粗糙身变成形相时，就转化成另一个新的生命。
由于我们是以通过一般经验的方式自然通过这几种状态，龙树和提婆在密续论著与指导要义 中说明了利用死亡、中阴与转生的技巧，行者可以利用这些自然状态做更高的提升。一般人 历经这些状态时无法控制，行者可以控制并加以运用以成就佛果三身——法身、报身、化身 ——这三者分别与死亡、中阴、转生有类似的特质，因此在无上瑜伽中死亡、中阴与转生称 为三身的基础。
无上瑜伽道解释，所有生起次第的修行必须包括佛果三身的禅修。但在宁玛派却有不同的 用语，三身的修行他们称做三禅定：真如等持、现位等持和因位等持。在瑜伽部和无上瑜 伽部的生起次第共法中，对此通常解释为：空三摩地、无相三摩地和无愿三摩地。这与宁玛派的说法是不同的。
简言之，三身的修法就是将死亡、中阴与转生的过程导入道的修行。例如，你可以把死亡 做为修法身之道，在禅定的状态中观想整个死亡的过程，在观想时让粗心和粗气的作用一并 消解退却，死亡的过程就是从身体元素的分解开始，有八个阶段，从四大分解开始，先是地 大分解，然后是水大、火大、风大，紧接着会经历四个阶段：白景相心、红增上心、黑近成 就心和死亡净光。
在修生起次第时，这些分解过程的经验仅止于行者观想的层次，但在圆满次第时，行者在证悟上更进一层，他可以对这些过程进行更深的实证，最后在禅定中真正体验分解的过程，尤其是死亡净光的经验，就如同他们在真正死亡时会经历的过程一般。
现代一些科学家们已经开始着手研究死亡过程和可能发生的经验，如果他们能够专心研究那些经验死亡过程比较慢的人，他们会发现一些特殊的结果，因为这些分解的特征会比较明显。这个缓慢的过程最好是自然的发生，譬如，观察研究一个久病的人。
一个有证量的行者能够认知死亡的过程，并运用它来证道，在死亡时刻能够保持觉照不被业力淹没。这种能力就是靠平常修行的成果。普通人停留净光阶段顶多不过三天，但修行人可以停留几个礼拜。停留在净光状态的外在现象，在医学临床上可能已判定死亡。但是身体却没有腐烂。
我有一个医生朋友，他想对修行人在历经死亡过程时做实验，为此他留下一个很特别的仪器给我，但讽刺的是，为了实验，我必须等待一个修行人的死亡。
在修生起次第时，行者在观想层次经历净光时，要同时观空。这就是法身的修行，是净化死亡的要素。
生起次第有关自生本尊的解释有许多不同的生起方法，不同的生起次第成就法，也有不同的本尊呈现。所有这些都很重要，但最重要的修行它的深义和广义，如此你可以开展本觉与佛慢合一。
如我们已经讨论过的，行者首先要来着出一种能力见到清晰的本尊相，在此基础上开发出佛慢，视自身为本尊。
如同一个普通人在经历死亡净光后进入中阴身的状态，行者修生起次第禅观空以后，呈现一个微细身，但还是在观想层次，这就是报身的修法，是净化中阴身的要素。
接着，一般人从中阴身回到粗糙身准备转生，这时修生起次第的行者要观想从报身中出现化身。这就是化身的修行，是净化转生的要素。
严谨的行者在修法时会时常返照自心以及证悟的程度。你必须小心观照保持你的修行是处于自在状态，不受内心的昏沉或掉举所影响，以一种忍耐又和谐的态度去实修。禅定的最大障碍是来自于无关的思想干扰造成散乱，这包括许多不同的心理状态，例如内心的散乱和不同形式的掉举，其中最大的障碍是内心的掉举，此时一般会建议行者利用方法放松心情，例如转移禅观对象，让心从紧张转为放松。一个有力的方法是返照轮回是苦，可以缓和掉举的情绪。
为了开展强而稳定的心一境性，你必须净化禅观对象，若无净化，则尽管你或许也能将你的心从外在对象中撒出，但你仍无法达到心一境性。净化有两种形态：一是认知对象的净化，一是知觉意识的净化，即主观经验本身的净化。阻碍我们净心的因素是昏沉，当你注意到自己昏沉时，你需要运用技巧升起觉照。因此当你修止时，你必须观照你内心的状态，你的情绪、脾气等等，判别一下它们是太紧张还是太松散，然后你可以判断应该用什么方式使它不松不紧而达到心一境性的状态。
在无上瑜伽的修行中，由于你修法的殊胜对象——化为本尊的自身——也由于你专注在殊胜的脉轮，使得你能够完成气脉的启动。我个人知道有一些修行人他们已经体证了这些奥秘的经验，他们告诉我这些。我也教他们如何修行，他们告诉我经验，这是不错的交易，不是吗？
当你能以专一的心观想本尊在你内心一段时间，它能阻止你平常的观念和见解升起，引导你产生佛慢。经过这些阶段的修法，保持空性的觉照以强化最初心是很重要的。以这样严肃的态度修法，你可以清晰而鲜明的呈现整个坛城以及在坛城内的本尊，就好象以肉眼活生生的看到一样。这表示你已经达到生起次第的第一个层次。
念咒以后就是结行阶段，一个密乘行者即使在日常生活中也会时时注意结合方便与智慧的修行，因此修法后的简段也很重要。密乘也谈及一些修法后的瑜伽，像是睡瑜伽、保持适当饮食以及清洗瑜伽等等。对一个严谨的密乘行者，一些特殊的修法即使是在大小便时也可以修行。大师们说修行要有进步，除了正行的修法之外，还要靠修法后的补强。
在修法后阶段，你可以明确判断你的修法是否有成，假使你发觉在修法前后你的思想观念、生活方式、习惯都没有改变，虽然你修行多年，但很明显这不是好现象。
譬如服药，并不是吃它们的味道、颜色或数量的多寡，重要的是它对我们的身体是否有益。假使你服药多年却不见效果，你就没有理由继续服用。
不管你的修行有多艰辛或短暂，毕竟它必须对你的转化有帮助，也就是说对你带来更好的改变。
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