1932年10月15日，陈独秀在上海被公共租界巡捕房逮捕，随后移交南京国民政府。这是陈独秀一生中第五次被捕入狱。
逮捕陈独秀后，国民党对外大肆宣传，说是捕到了“久缉未获之共产党领袖”。实际上，此时陈独秀在政治上的真实身份是“中国共产党左派反对派”（又称“中国共产党布尔什维克列宁派”或“托派”）的中央书记，距离他被中共中央政治局开除党籍已近3年。
1933年4月20日，国民党法庭对陈独秀等人进行审判，并进行辩论。检察官指控陈独秀等托派领导人与中共一样，“极力宣传共产主义，一面则对于国民党政府冷嘲热讽，肆意攻击，综其要旨......推翻国民政府，由无产阶级专政”；指控陈独秀等人“组织以危害民国为目的之团体或集会，又以文字为叛国之宣传”，触犯了《危害民国紧急治罪法》。
在法庭上，陈独秀完全放弃了当时中国最有名的大律师章士钊费煞苦心为其进行的无罪辩护。他从法理和历史事实上，阐述了何为“国”，何为“国民”，雄辩地论证了何为“叛国”和“危害民国”。他指出，国家是“土地、人民、主权之总和”；卖国于外敌，毁坏民权之内政，才是“叛国”、“危害民国”的实质。“若认为在野党反抗不忠于国家或侵害民权之政府党，而主张推翻其政权，即属'叛国'，则古今中外的革命政党，无不曾经'叛国'。孙中山等曾推倒满清、推倒北洋政府，如谓推倒政府就是危害国家，那么孙中山岂非已叛国两次”！
并且，陈独秀矛头一转，在法庭上猛烈抨击国民党政府“以党部替代议会，以训政代替民权，以刺刀削去了人民的自由权利......试问谁为‘危害民国’？”
最后，陈独秀激昂地宣称：“今者国民党政府因予始终尽瘁革命之故，而加以逮捕，并令其检察官向法院控予以‘危害民国’及‘叛国’之罪，予不但绝对不能承认，而且政府之所控者，恰恰与予所思所行相反”；“若于强权之外，复假所谓法律以人入罪，诬予以‘叛国’及‘危害民国’，则予一分钟呼吸未停，亦必高声抗议。”
虽然陈独秀在法庭上慷慨陈词，自辩义正言辞，但他还是被国民党政府法庭判处有期徒刑13年。对此，他立即大声抗议：“我是叛国民党，不是叛国！”并提出上诉。最终，国民政府最高法院终审判决陈独秀“以文字为叛国之宣传”罪，处有期徒刑8年。
陈独秀，原名陈庆同，字仲甫，号实庵，是20世纪初中国新文化运动的倡导者、发起者和主要旗手，中国共产党的主要创始人和早期主要领导人。
1879年10月9日，陈独秀出生于安徽省安庆府城内。光绪二十二年（1896年），17岁的陈独秀通过院试成为秀才，但后来屡次参加乡试均落榜，未能考中举人，后三次赴日留学。
在第二次留学日本期间，光绪二十九年（1903年3月31日）晚上，陈独秀、张继、邹容3人强行剪去湖北陆军学生监督姚昱的辫子，姚向清政府驻日公使控告。于是，陈、张、邹等因此被日本政府强行遣送回国。
陈独秀回到国内后，先后在安庆创办了白话文的《爱国新报》和《安徽俗话报》，目的是“让安徽人通达时事、长点见识”；后在上海和章士钊等人出版《国民日日报》，积极进行排满反清的宣传活动。辛亥革命后，陈独秀又积极进行倒袁和拒俄活动。1913年，陈独秀追随柏文蔚参加反袁世凯的“二次革命”，在芜湖一度遭安徽军阀逮捕，后获释。这是陈独秀的第一次被捕入狱。
1914年春，反袁运动失败后，陈独秀再度赴日，协助章士钊办《甲寅》杂志，担任助理编辑，并第一次使用笔名“独秀”发表文章《爱国心与自觉心》。
1915年夏，陈独秀回到上海，9月15日创办《青年杂志》，自任总编辑和主要撰稿人，次年更名为《新青年》。这就是新文化运动的开始。
陈独秀在《青年杂志》创刊号上发表文章《敬告青年》，宣扬青年该有的六种精神，“一、自主的而非奴隶的；二、进步的而非保守的；三、进取的而非退隐的；四、世界的而非锁国的；五、实利的而非虚文的；六、科学的而非想象的”。后来进一步提出“拥护那德莫克拉西（Democracy）和赛因斯（Science）两位先生”，德先生（民主）和赛先生（科学）成为新文化运动的标志性口号。
1917年1月，蔡元培就任北京大学校长，随即聘任陈独秀为北京大学文科学长。陈独秀和《新青年》杂志在这里如鱼得水，钱玄同、刘半农、胡适、鲁迅、周作人、李大钊等人都成为《新青年》的编辑，这一时期中国的著名思想家、文学家们也纷纷在该刊物上发表文章。《新青年》杂志和北京大学成为新文化运动的主要阵地。而这一时期，也成为中国历史上仅次于春秋时代的“百家争鸣、百花齐放”的黄金时代。
陈独秀倡导的新文化运动反对孔教、提倡白话，一直受到来自保守派的很多批评，新文化运动的诸位主将，包括陈独秀、胡适、鲁迅等人，都承担了来自社会和政府各种压力。就陈独秀个人而言，最主要的流言蜚语是关于他嫖娼的事。嫖娼在当时社会屡见不鲜，蔡元培就任校长之前，北京大学有“探艳团”之恶名，蔡元培在北大组织“进德会”，提倡戒赌借嫖等，但也用了几句话对此进行解释，他说：“嫖、赌、娶妾等事，本校进德会所戒也，......。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限”。
1917年十月革命后，苏俄政府曾发表声明，废除沙俄在华一切不平等条约，还明确表示：中东铁路将“归还给中国，不受任何报酬”。陈独秀等热血青年，就是在苏俄政府声明的影响下，逐步接受了共产主义思想。但是，这个曾激起陈独秀等无数中国人感激苏俄政府，因而促使他们由向往西方民主主义倒向苏维埃的表示，列宁、斯大林以及后续苏俄的所有领导人，始终都没有落实。
1919年五四运动爆发。6月11日，陈独秀在北京城南新世界游艺场散发《北京市民宣言》时被捕。他得到社会各界人士的关注与帮助，9月16日保释出狱。这是他的第二次被捕入狱。
陈独秀出狱后，于1920年2月前往上海，开始宣传共产主义思想。1920年4月，共产国际远东局成员维金斯基（吴廷康）来华找到李大钊，李大钊介绍他们认识陈独秀，陈独秀全面接触到了更激进的马克思主义版本——列宁主义。在此期间，陈独秀为中国共产党的建立，做了充分的理论准备，他论证了中国革命的社会主义前途，指出了党的奋斗方向；阐述了劳动阶级的伟大作用和历史使命，提出了在中国建立无产阶级政党的主张；强调了无产阶级掌握国家政权，建立无产阶级专政的重要性......
当然，当时的陈独秀还根本分不清西方“殖民主义”与苏俄宣扬的“国际主义”的分别，也不知道像中国这样落后的大国，很难实行所谓“洁身自好”政策。这为陈独秀以后和共产国际分道扬镳埋下了伏笔。
1920年8月，陈独秀、李汉俊、李达、陈望道、俞秀松等人建立上海共产主义小组，这就是中国共产党的前身。
1920年5月毛泽东来上海拜访陈独秀，此后在陈独秀的指导下在湖南建党。毛泽东虽然在以后也批评过陈独秀的错误，但他对陈独秀还是非常敬重的，他在1936年7月接受斯诺采访时，仍称陈独秀为“模范”，称他是“五四运动”的总司令，说陈独秀对自己的影响“也许比其他任何人的影响都大”。
1921年7月，中国共产党第一次全国代表大会在上海召开。陈独秀此时受陈炯民之邀在广州担任广东省教育委员会委员长，由于种种原因，未能亲身参加会议。但与会代表还是一致推选陈独秀担任党的中央局书记。
此后，在中国共产党二大、三大上，陈独秀均被推选为中央执行委员会委员长，在四大、五大上，均被推选为中央总书记。
然而，在此期间，中国共产党实际上是共产国际的远东支部，无条件接受其领导。
1926年12月，中国共产党在汉口召开特别会议，陈独秀做政治报告，会议根据政治报告通过了相应的决议案。在这个决议案中，共产党把革命的领导权让给了国民党；放弃了无产阶级的同盟军——农民；放弃了对武装力量的领导权。这次会议是陈独秀右倾机会主义在党中央占统治地位的标志。
当然，这次会议的所有内容，其实是共产国际的指示，理所当然得到了苏联顾问鲍罗廷和共产国际代表维经斯基的赞同。
陈独秀的（实际上是共产国际的）右倾机会主义在党中央占统治地位后，大革命运动遭到失败。1927年7月4日，中共江苏省委书记、陈独秀大儿子陈延年被国民党逮捕处死。陈独秀悲痛欲绝，忍无可忍，提出辞职。7月12日，根据共产国际执行委员会的指示，中共中央进行改组。陈独秀从此离开了中共中央最高领导岗位。
1928年3月，共产国际做出了4月在莫斯科举行中共第六次全国代表大会的决定，决定中有一条就是陈独秀必须参加。但是，陈独秀拒绝到莫斯科去。虽然党中央为了执行莫斯科的指示，对他做了许多工作，除了瞿秋白亲自出面外，还通过与他关系亲近的人进行劝说，如王若飞、郑超麟等人。但他坚持认为“中国革命应该由中国人来领导”，这是他从自己亲身的痛苦教训中得出的一条最基本的原则。他绝不让步。他认为大革命及其后一系列暴动的失败，主要是莫斯科瞎指挥的结果。而他们所以错误，是由于外国人不了解中国情况。
1928年6月18日，中国共产党第六次全国代表大会在莫斯科召开。陈独秀没有当选中央委员。自此，陈独秀成为一名普通党员。
1929年，中东铁路事件爆发，张学良意图用武力收回中东铁路管理权，因此和苏联军队爆发战争。此事一出，国民党政府开始反苏，于是苏联借国产国际这个工具做出决议，指示各国共产党组织人民群众，开展“保卫苏联”的运动。当时党由于受共产国际领导，又与国民党政府敌对，忠实执行共产国际的指示。此事遭到陈独秀的强烈反对。他写信给党中央，结果他的信受到党中央批评，一些人甚至因为陈独秀为国民党说话而攻击他，说他是资产阶级代言人。
1929年11月15日，中共中央政治局会议作出“开除陈独秀党籍”的决定，并详细阐述了八条理由，包括陈独秀大肆宣扬“托派”理论，又在“中东路事件”中持有与中央精神相悖的观点，在关于大革命失败的原因与责任等一系列根本问题上，同中共六大政治路线、组织路线针锋相对。就这样，党的创始人陈独秀被他自己所创建的党开除了!
随后，陈独秀公开发表《告全党同志书》，对中央开除他的理由逐条进行辩解。他指出，中央开除他的理由，都是“勉强制造”的“无理的理由”，是“凭空加我以反革命的罪名”。“这一切都是表面的官样文章，其真正的原因是在于我在党内发表各种意见，批评他们继续执行盲动主义和破产政策，成为他们眼中钉之故”。
其实，陈独秀被“开除党籍”，主要是他拥护被斯大林打击的托洛茨基派，公开宣称“在托洛茨基和斯大林的争论中，不能因为斯大林派的造谣，便相信和列宁携手创建十月革命的托洛茨基同志真有反革命的事实。”
1931年5月，陈独秀出席中国各托派小组织的“统一大会”，被推选为“中国共产党左派反对派”（又称“中国共产党布尔什维克列宁派”）的中央书记。
布尔什维克列宁派，就是托洛茨基派，即与斯大林派相对立的所谓修正主义派。就笔者来看，托派与斯大林派在政治路线的主要不同是托派主张党内民主，工会应该是为了保护工人权益而存在；斯大林派则主张权力集中于一人，工会是为了方便党管理工人而存在。
陈独秀被开除党籍后，依然不停发声，抨击蒋介石的对日不抵抗政策，在国统区和蒋介石做斗争。蒋介石一直在追捕他，迫于无奈，他隐姓埋名迁居到上海贫民窟中，这也因此认识了他生命中最重要的女人潘兰珍。
潘兰珍并不是上海本地人，因逃荒来到上海，家里无依无靠，未成年的她就开始在工厂上班，经常遭受工头的骚扰和欺负。后来，她离开工厂躲到贫民窟，在这里，她认识了陈独秀。
陈独秀搬来贫民窟时，只告诉别人他姓李，其余的大家对他一无所知。陈独秀独自一人居住时，每天做的最多的事情就是读书和写字，潘兰珍和他隔窗相望，有时会主动帮陈独秀做些家务事。
一个是穷困潦倒身体状况不佳但对革命依然充满热情的老书生，一个是受尽凌辱心地善良对生活依然积极乐观的女孩子。她照顾他的身体和生活，他教她认字读书看报，两人由相识而逐渐相爱，一个二十三岁的小姑娘和一个五十二岁的老头最终走到了一起，并且婚后琴瑟和谐，鸾凤和鸣，两人互相依靠，度过了一段极其美好的时光。
对于陈独秀之前的事情，潘兰珍从来不问，她只管着好好赚钱并照顾陈独秀的生活。
1932年10月15日，恰逢潘兰珍外出几天，陈独秀被闯进来的人带走，坐上了去往南京的火车。潘兰珍回来后，从报纸上看到国民党逮捕陈独秀的消息和照片时，她才恍然大悟，惊讶地说：“这不就是我家的老头子吗？”原来这个姓“李”的老头子竟然还是“匪帮”的首领。
潘兰珍本可趁机远遁，但是令人意料不到的是，她竟是一个女丈夫，逆流而上。她只身跑到南京，在监狱外租房子住，洗涮缝补，做点零工，适时去监狱照顾陈独秀，甚至留宿，与陈独秀共渡难关。
有一次，监狱长听闻潘兰珍陪陈独秀过夜，碍于陈独秀这个大人物的脸面，不好意思对陈独秀当面训斥，就提审陈独秀的同监难友濮德志，嘱咐他转告陈独秀：“居然和潘兰珍在牢房里有‘房事’行为。传出去我们也要坐牢了。”陈独秀听濮德志转述后大怒，凛然变色：“孔子曰：‘食色，性也。’这是人性。我不是人吗！？”
陈独秀曾赋诗《感好妻子潘兰珍》：夫妻老少却深情，入狱奔忙救不停；共苦同甘真伉俪，浮萍至死目能暝。
有人说陈独秀是个“情种”，虽然其貌不扬，却总有女性追求她，而且从不忌讳违背常理，如与妻子不离婚的情况下，与妻妹结婚（当时还没有“重婚罪”）；生病时，又与护士有婚外情；晚年已经是“老头子”了，又和潘兰珍结成“老夫少妻”，且感情至深。陈独秀与妻子及情人都有过纯真而感人的情感，这也算是陈独秀的一大传奇。
1937年7月抗日战争全面爆发，8月23日陈独秀提前获释。陈果夫、陈立夫立即宴请他并传达蒋介石的旨意：聘请陈独秀出任劳动部部长之职。陈独秀当即拒绝：“他叫我当部长是假，叫我点缀门面是真。他杀了我们多少同志，包括我的两个儿子，把我关了许多年……这不是异想天开吗！但是，今天国共合作抗日，在抗日工作上，我可以和蒋先生合作。”
陈独秀向中国共产党表示支持抗日民族统一战线，之后中共中央更称只要陈承认当年的错误就可以恢复党籍。后来，在苏联共产党清洗托派的情势下，陈独秀于1938年中期被王明、康生等指控为“日特汉奸”。王明失势后，周恩来曾多次托人劝说陈独秀去延安，均被拒绝。陈独秀为此对好友说，党内的熟人都已经离去或逝去，现在对共产党已不熟悉。
出狱后，陈独秀来往的对象主要是中国托派成员。但是，陈独秀拥护国民党蒋介石领导全国抗战，拥护共产党的抗日民族统一战线政策，是违背托派传统路线的；托派认为，共产党不应该和国民党合作，而应该是组织全体民众武装起来参加抗战；对中共执行的民族统一战线，托派成员更是攻击为“彻底投降”。陈独秀斥责其他托派成员的主张是“极左派”，不屑一顾。
后来，陈独秀在报纸上发布声明：“我只注重我自己的独立思想，不迁就任何人的意见......我不代表任何人，我已不隶属于任何党派。”宣布和中国托派划清界限，和托派彻底决裂。
为此，代表年轻人的托派中最极端的极左派刘家良说：“陈独秀及其附和者对中国资产阶级存在着强烈的幻想......据我们观察：这个机会主义者（一个标准的机会主义者）是没有希望了。”
同时，陈独秀拒绝了胡适的邀请去美国，也拒绝了国民党出资要他出面组织第三党的建议。
此后，陈独秀先后住在武汉、重庆。在重庆住院时，周恩来曾资助他100银元，但被他拒绝。实际上当时他和夫人潘兰珍仅靠他微薄稿费收入支撑，最后更被赶出医院。
晚年，陈独秀长期隐居在四川江津，以教书为生，保持低调。1942年5月27日，由于误服中药中毒，陈独秀在贫困交加中逝世于江津县石墙院小山村寓所。
陈独秀晚年，看到斯大林专政下的许多恶事，彻底否定了自己多年来信仰的专政学说，重新评估欧美等国推动人类文明进化的价值，并写下了不少文章和书信。逝世后，被他的学生何之瑜编为《陈独秀最后论文与书信》一书，并被胡适改名为《陈独秀最后对于民主政治的见解（论文与书信）》，推荐给出版社公开出版，并写序指出：陈独秀的这些独立见解“实在是他大觉大悟的见解”，他“从苦痛经验中悟得近代民主政治的基本内容”。
作为政客，甚至作为革命家，陈独秀都是失败者。他被人称为“终身反对派”，他一生反对清王朝、反对北洋军阀、反对国民党政权、反对斯大林、反对第三国际、反对服从斯大林第三国际的中共，最终反对列宁—托洛茨基主义的无产阶级专政。
但作为真正追求民主和自由的斗士，陈独秀先生让人敬佩，在中国近代史上，绝对是高山仰止般的存在。
然而，陈独秀不仅仅是个革命家和民主斗士，他还是个伟大的学者。
除了闹革命，终其一生，陈独秀都在研究文字学。汉字因为是象形文字，难学难认，陈独秀认为“实是教育普及的大障碍”，他主张汉字拼音化，并在1928年完成了《中国拼音文字草案》，但因其“共匪首领”的身份，未能出版，手稿还在战乱中丢失。
此后，陈独秀更是把主要精力放在探索汉字的规律上，帮助人们如何较方便地掌握汉字，写了很多通俗的“汉字入门”书。他前后著有《中国古代有复声母说》、《连语类编》、《古音阴阳入互用立表》、《干支为字母说》、《甲戌随笔》等等文字学专著。特别是晚年写就的《小学识字教本》，成为文字学（小学即为文字学）的巨著，其内容汇集毕生研究音韵文字学之成果，致力于寻找汉字的规律，以解决汉字难学、难认、难记、难写的问题。
陈独秀在进行公开的政治斗争和学术研究之外，还进行了一些隐蔽的文学创作活动，以宣扬他的爱国主义精神和不屈的风骨与情操。这其中的代表作是他在狱中秘密创作的《金粉泪》五十六首组诗。
《金粉泪》是一组七言绝句，全都是感叹时事、忧国忧民的诗篇。“金粉泪”这个题目的意思是，南京是“六朝古都”繁华胜地，如今成了国民党政府的首都；国民党达官贵人们不顾国家民族的存亡，在六朝金粉之地花天酒地纸醉金迷，而他们统治下的人民却在痛苦呻吟。对此，蒙冤在南京监狱服刑的陈独秀感慨万千，愤然将这组诗命名为“金粉泪”。20世纪末，陈独秀的《金粉泪》手稿被评为国家一级文物。
陈独秀对古代诗词极有研究，但写《金粉泪》时信手拈来、天马行空，有时颇不守规矩。如讽刺张学良、张群等人意志沦丧、复古倒退行为（在日军侵略正盛时竟然发起“武汉射骑会”）的《金粉泪》第六首：
抽水马桶少不了，洋房汽车没有不行；此外摩登齐破坏，长袍骑射庆升平。
第二句中的“没有”是两个小字连在一起，陈独秀其实是用安徽方言写了一个字，读“miu”，虽然是七言诗，但看起来总是让人觉得怪怪的。
诗如其人，诸如《金粉泪》的这些怪诗，都反映了陈独秀那天马行空、独来独往、自由奔放、放荡不羁的性格。
如果不抱党派偏见，也不以成败论英雄，应该承认，陈独秀是中国近代史上最伟大的爱国者、伟大的革命家、伟大的民主主义者、伟大的启蒙思想家和学者。
壮哉，独秀先生！
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