哥萨克（Cossack）一词源于突厥语，含义是“自由自在的人”。
哥萨克不是一个民族，他们是具有相同价值观和文化传统的一群人。这群人，现在主要指生活在乌克兰境内的各民族。
17世纪中叶，哥萨克在第聂伯河沿岸地区的各定居点处于波兰-立陶宛联邦的统治之下。
1648年，史称“大叛乱”的哥萨克起义爆发。
起义源自于不公。
波兰-立陶宛联邦高官的仆从抢夺了哥萨克军官博赫丹．赫梅尔尼茨基的庄园土地，他向联邦王宫申诉，然而王宫不仅对此置之不理，他更被有权势的人送入监狱。他随即越狱，直奔第聂伯河下游的札波罗热。
赫梅尔尼茨基在扎波罗热成为统领，发动哥萨克起义。各地哥萨克随即响应，造反的乌克兰农民袭击天主教徒和波兰贵族。
然而要战胜波兰军队并非易事，当时哥萨克多是步兵，与后世多为骑兵的印象不同。为了确保胜利，赫梅尔尼茨基与克里米亚可汗结成同盟，得到可汗骑兵的帮助，赫梅尔尼茨基藉此大败联邦军队，并进逼华沙。
然而，赫梅尔尼茨基并未被突如其来的胜利冲昏头脑。他停下军队，开始思考如何建立永久基业。
1649年，赫梅尔尼茨基向联邦宣布自己为基辅罗斯继承者、罗斯唯一统治者。为保护罗斯民族的权益，他在被称为乌克兰的一大片土地上，建立了“哥萨克酋长国”。暂时无力抗衡的联邦被迫给予承认，并暗蓄实力。
赫梅尔尼茨基明白这只是一时的缓兵之计，双方都在准备下一场战斗。
为了应对联邦攻击，哥萨克国采取“将自身问题国际化”的外交战略。赫梅尔尼茨基先后尝试融入鄂图曼帝国体系、与摩尔达维亚公国联盟，但均未获成功。
1653年，在克里米亚鞑靼人第三次背叛哥萨克后，赫梅尔尼茨基明白了他再也无法依靠克里米亚汗国来进行反联邦斗争了。
赫梅尔尼茨基决定与俄罗斯交易。1654年，赫梅尔尼茨基与莫斯科沙皇国的使节签署了《佩列亚斯拉夫协议》，哥萨克国成为莫斯科的保护国。
然而此举却永久打开了俄罗斯日后对乌克兰的干预之门，并使哥萨克国走上覆亡之路。
后来的俄罗斯民族主义史家声称《佩列亚斯拉夫协议》是罗斯民族的“重新统一”。事实上，当时的约定是，认可哥萨克国独立的内政与外交，双方基于共同的东正教信仰，由沙皇提供庇护，并接受哥萨克的贡税，同时哥萨克提供军事义务。并非如同后世的俄罗斯视角，是一个族群融合事件。最明显的例子是，双方沟通时需要翻译才能互相理解，显示双方并非同一民族。
双方磋商时更凸显彼此的认知落差与文化差异。赫梅尔尼茨基认为协议是规范双方义务的契约，他们承诺效忠和军事义务，沙皇则提供保护。然而沙皇认为哥萨克人只是他的“臣民”，他提供一定的权利与待遇，但不负有义务，他只是重新接管“祖传”的基辅等领地而已。
这份协议建立起哥萨克-莫斯科军事同盟。双方军队向联邦展开攻势，势如破竹，而北欧强权瑞典帝国亦随后入侵，逼迫当时波兰国王下台，几乎摧毁联邦。此时莫斯科不愿意联邦被瑞典摧毁，导致自身直接面对瑞典的威胁，故他们单独与联邦签订和约。
哥萨克人忽然发现被莫斯科抛下，得单独面对联邦军队；而更不幸的是，赫梅尔尼茨基于此时骤逝，哥萨克国混乱的继承制度导致内部分裂和强权介入，令哥萨克国走上不归之路。
赫梅尔尼茨基去世后，他的儿子尤里·赫梅尔尼茨基被任命为继任者。但是，很不幸，他既年轻又无经验，更明显的是，他没什么魅力，也没有像他父亲一样的领导才能。
1657年，博赫丹·赫梅尔尼茨基的顾问伊凡·维霍夫斯基当选酋长，取代了尤里。扎波罗热哥萨克首领亚基夫·巴拉巴什和马丁·普什卡尔随即发动起义，起义最终被镇压，但维霍夫斯基的实力也被削弱。他决定与莫斯科公国断绝关系，在1658年9月16日与波兰签署哈蒂亚希条约。
在条约中，哥萨克酋长国成为波兰立陶宛联邦第三个独立主体，处在波兰国王的君权之下，但拥有自己的军队、法院和国库。但这份条约从未实行，因为它不受乌克兰下层民众的欢迎，下层民众也发动了更多起义。最终维霍夫斯基辞职，逃到波兰。
尤里则在莫斯科支持下，再次出任哥萨克国酋长。
但是沙皇要的只是哥萨克臣民的屈服，并未给予尤里当年他父亲所争取的权利。因此尤里再度与联邦接触，然而哥萨克每转变一次阵营加入联邦，就会换来更差的待遇。
哥萨克无力独自抗衡联邦和莫斯科，尤里无奈出家。
1667年联邦与莫斯科签署安德鲁索沃停战协议，将哥萨克国沿着第聂伯河一分为二，右岸归属波兰，左岸归属沙皇。乌克兰因此失去整体统一性，左右两岸的分裂最终对乌克兰人的身份认同与文化产生巨大影响。
当时，乌克兰内部浮现两种认同。
一种来自基辅修士，以基辅洞穴修道院掌院因肯诺季．吉泽尔为首，他们出自对天主教波兰国王的畏惧、渴望由东正教沙皇保护的欲望，鼓吹依附沙皇。
与此同时，他们写下了奠定日后俄罗斯民族神话的著作《关于斯拉夫-罗斯民族起源、神佑之城基辅的早期王公及神圣而虔诚的基辅及全罗斯大公、开国君主弗拉基米尔生平的诸编年史简编或略要》，主张基辅是莫斯科沙皇的首都、莫斯科式东正教的诞生地，而莫斯科沙皇国与哥萨克国能结合在一起，是因为都属于斯拉夫-罗斯民族。
另一种认同则出现在哥萨克精英阶层。他们与无法想象没有东正教沙皇的教士阶层不同，认为自己不需要沙皇，哥萨克祖国才是哥萨克人共同忠诚的对象。1667年后，第聂伯河两岸的哥萨克人，都将这个祖国称之为“乌克兰”。
伊凡．马泽帕（1639–1709）是最后一个尝试统一左右两岸的哥萨克统领。他曾在彼得大帝与其姊的政争中坚定支持彼得，此后沙皇视其为忠仆，予以极大信赖。
但是莫斯科在建设圣彼得堡时，造成大量哥萨克人如蚊蝇般死在沟壑之中；后又推动行政和税收改革，意图将哥萨克国转型为帝国的普通省份。而在1708年与瑞典争夺波罗的海霸权的“大北方战争”中，因为不敌瑞典军队，莫斯科采取坚壁清野战术，不仅未能给予哥萨克人保护，甚至要求哥萨克人焚毁家园。
哥萨克军团长们认定彼得已违反盟约，马泽帕迫于大军压境与属下压力，投向瑞典。
沙皇闻知此讯后，瞬即派大军攻下哥萨克国首都巴图林，并加以屠城。此举吓坏了煽动马泽帕的哥萨克军团长们，他们大量倒戈至莫斯科。马泽帕不仅遭到孤立，还在拥护沙皇的基辅修士口中，从民族英雄变成十恶不赦的罪人。
1709年，瑞典和莫斯科沙皇国在波尔塔瓦决战，争夺波罗的海霸权，并决定哥萨克国的命运。莫斯科击败瑞典取得霸权，并将莫斯科沙皇国改称为俄罗斯帝国，马泽帕也流亡摩尔达维亚。
哥萨克国遭到毁灭打击，不仅被取消酋长一职，更被置于“小俄罗斯管理委员会”进行管理。
而随马泽帕流亡的哥萨克人则以一份名为《共识与条件》的文件，主张哥萨克与莫斯科人是完全不同的族群。
1721年大北方战争结束后，在叶卡捷琳娜二世女皇治下，哥萨克国残余的国中之国地位完全被废除。哥萨克国在20年内被划为三个省，全面引入俄国行政体制，由小俄罗斯总督统治，哥萨克军团纳入俄国常备军，并在此地实行农奴制。
俄罗斯帝国采取渐进同化和分裂哥萨克人阶层的策略，让东正教士和成为土地贵族的哥萨克军官成为支持者。
而乌克兰人民则迎来了“再一次农奴化”，失去了土地，也失去了哥萨克起义的成果：自由。
