1954年9月至1959年4月，第一届全国人大期间，最高人民法院院长是董必武，副院长有高克林、马锡五、张志让。
1956年，最高人民法院组织特别军事法庭，在沈阳和太原两地开庭，对侵华的45名日本战犯进行了审判。
1956年1月，参加审判日本战犯的检察院、法院、司法部三个单位的有关人员，都集中到香山卧佛寺，由最高人民法院副院长高克林负责案情工作，统一领导审判人员。
当时我国还没有颁布《刑法》和《刑事诉讼法》，还没有建立一套完整的法律体系。为此，特别军事法庭特地请来了著名的国际法专家梅汝璈等三人当顾问。
特别军事法庭起草了审判日本战犯的决定，提交全国人大常委会讨论，作为审判战犯的依据。
全国人大常委会决定的审判原则是：对于次要的或者悔罪表现较好的日本战争犯罪分子，可以从宽处理，免予起诉；对于罪行严重的日本战争犯罪分子，按照各犯罪分子所犯的罪行和在关押期间的表现分别从宽处刑；在日本投降后又在中国领土内犯有其他罪行的日本战争犯罪分子，对于他们所犯的罪行，合并论处。
特别法庭本计划把抚顺作为东北的审判点，但根据中央的指示，迁往了沈阳。
因为九一八事变在沈阳发生，日本在这里打响了侵华战争的第一枪，在沈阳审判日本战犯有更特殊的意义。
1956年6月，最高人民法院特别军事法庭分别在沈阳、太原两地开庭，开始了对日本战犯的审判。
第一批，8名战犯
1956年6月9日，特别军事法庭首先在沈阳开庭。
审判长：解放军军事法院副院长袁光
审判员：张向前、牛步东
首席检察官：王志平
检察官：权维才、田志洪、王宝祺
被告律师：徐平、王敏求、孙仆、邓毅、韩凤路等。
起诉书上所控告的8名被告人的犯罪事实，是根据920人的控诉、266人的检举、836人的证词，一件一件核实的。
这8名战犯是：
第177师团，中将师团长，铃木启久
第59师团，中将师团长，藤田茂
第39师团，中将师团长，佐佐真之助
第59师团第53旅团，少将旅团长，上坂胜
第59师团第54旅团，少将旅团长兼济南防卫司令官，长岛勤
第137师团第375联队，大佐联队长，船木健次郎
关东军第731部队第162支队，少佐支队长，榊原秀夫
第39师团第232联队，中尉俘虏监督军官兼情报宣抚主任，鹈野晋太郎
最后的判决如下：
铃木启久，20年
藤田茂、上坂胜，18年
佐佐真之助、长岛勤，16年
船木健次郎，14年
鹈野晋太郎、榊原秀夫，13年。
在大量人证、物证面前，八名被告人一一低头认罪。八名日本战犯依次在法庭上对自己的罪行作了忏悔，都表示愿意诚恳接受法庭的正义裁判。
第二批，太原庭9名
在沈阳审判的同时，特别军事法庭在太原审判了两个案件。
第一个是，富永顺太郎在侵华战争期间和战争结束以后的战争犯罪和特务间谍犯罪案。
第二个是，城野宏、相乐圭二、菊地修一、永富博之、任冈义一、大野泰治、笠实、神野久吉等8名日本军政人员的战争犯罪案。
这8名罪犯除积极参加日本侵华战争外，在日本宣布投降后，又在我国组织前日本军人参加反革命军队，参与反对中国人民的解放战争。
最后判决如下：
富永顺太郎，20年
城野宏，18年
相乐圭二、菊地修一、永富博之、任冈义一、大野泰治、笠实、神野久吉，分别被判处8到16年徒刑。
第三批，伪满洲国28名战犯
1956年7月，在沈阳审判武部六藏、古海忠之等28名伪满洲国战犯，这些战犯都曾在伪满洲国担任过各种不同的重要军政职务。
在审判他们时，还在抚顺战犯管理所里的溥仪，应特别法庭的要求出庭作证，当庭揭露了武部六藏等战犯的罪行。
在法庭上，溥仪详细供述了被告人武部六藏、古海忠之等操纵伪满洲国政府，奴役我国东北人民的罪行。
1956年7月20日，特别军事法庭对武部六藏、古海忠之等28名罪犯分别判处徒刑12到20年。其中，武部六藏判处徒刑20年，古海忠之判处徒刑18年。
其中，武部六藏因患有重病不能到庭，法庭特派审判员到被告人住地进行讯问，作为公诉人的检察官和被告人的辩护律师也一同前往。
结尾
在此期间，我国先后分3批释放了1017名罪行较轻和悔罪表现较好的日本战争犯罪分子。
这45名日本战犯是最后未释放的一批，他们是我国逮捕或由苏联政府移交给我国的。
1956年7月22日，特别军事法庭将身患重症的武部六藏予以假释回国。在我医护人员的陪送下，武部六藏从沈阳到天津，在一所医院里同日本东京来的妻子见了面，并一起重回故土。
至此，在我国关押的1062名日本战争罪犯全部处理完毕。
对于这些日本战争罪犯，按照全国人大常委会决定中所制定的原则，我国政府对他们从宽处理，没有一个被判处死刑和无期徒刑。
这充分体现了我国政府的宽大政策，以及中国人民不念旧恶、与人为善、以德服人的传统美德。
1959年，第59师团中将师团长藤田茂，和其他正在服刑的日本战犯，被我国政府特赦回国。
回日本后，藤田茂担任了中国归还者联络会（正统）会长，成为热心推动中日友好的社会活动家，整个后半生实践着自己促进中日友好和反对霸权的愿望。
