金斯瑞生物科技公司开发了一款名为 YabXnization 的单克隆抗体异源化服务器平台,旨在将来自不同物种的抗体改造成更适用于人类或其他动物的抗体(人源化、犬源化和猫源化),平台开发者在《Computational and Structural Biotechnology Journal》发表的论文中声称,YabXnization 在人源化方面取得了 90% 的成功率,在犬源化/猫源化方面取得了 62.5% 的成功率。
然而,pubpeer 平台的 Pachylasma giganteum 对论文中声称的成功率提出了质疑。争议的焦点在于开发者对“一个数量级以内”的定义与科学计数法的理解存在偏差。金斯瑞开发者定义的“成功”标准是:改造后的抗体结合亲和力损失与相应嵌合抗体相比,均在一个数量级以内。按照“常规的理解”也就是10^1倍,只要不超过10倍就是改造成功。
评论者指出,在一个人源化测试案例 (mAb5) 中,改造后的抗体结合亲和力从改造前的 1.11E-10 下降到 4.46E-09,下降了 39.18 倍。根据科学计数法,一个数量级的差异意味着 10 倍的变化。 因此,mAb5 的亲和力损失超过了一个数量级,应被判定为“失败”,而文章定义为成功;同时指出 mAb4 被正确地归类为“失败”,因为其亲和力下降了 15.8 倍(10 倍或更多 = 一个数量级),这与开发者自己定义的“成功”标准相矛盾。如果按照科学计数法对“一个数量级以内”进行严格定义,则人源化的实际成功率应为 70%,而犬源化/猫源化的实际成功率应为 50%。
金斯瑞开发者在回复评论时承认了对“一个数量级以内”的描述在数学上意味着 10 倍,但是在研究中,他们是根据最终用户的实际应用需求,根据指数的差异进行统计的。
评论者 Tettigidea lateralis 也对这种解释提出了质疑,认为如果“一个数量级”的定义不按照数学解释,则无法形成任何决策的依据,最终的决策似乎是由操作者决定的。
参考资料:
Hao X, Liu D, Fan L. YabXnization platform: A monoclonal antibody heterologization server based on rational design and artificial intelligence-assisted computation[J]. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2024, 23: 3222-3231
https://pubpeer.com/publications/C3F402554A13F80E4300016CA7324F