化疗的副作用成了替代疗法和补充疗法包括中医攻击化疗的口实。
化疗之所以有副作用，是出于化疗的原理。化疗杀死快速生长的细胞，肿瘤细胞都属于快速生长的细胞，因此能够被化疗药物杀死。但人体内不仅仅肿瘤细胞生长快速，有些健康细胞也属于快速生长的细胞，因此也有可能被化疗药物杀死，健康细胞被杀死后就会出现一些问题，这就是化疗的副作用。
化疗药物有很多种，有可能导致很多种副作用。副作用因人而异，也会因治疗而异。有很多因素影响化疗的效果及其副作用的出现，包括其他治疗、年龄、健康情况和生活习惯等，因此有些患者化疗后副作用很少，有些患者化疗后副作用则很多。化疗的副作用大部分是短期的，少数长期存在，个别则不会消失。
会被化疗损伤的细胞包括骨髓中的造血细胞、头发毛囊、口腔细胞、消化道和生殖系统，有些化疗药物会损伤心脏、膀胱、肾脏、肺和神经系统。
化疗过程中一个重要措施是定期查血，这是因为化疗药物很可能损伤造血细胞，红细胞减少引起贫血，导致患者很容易疲劳，还会出现头晕、虚弱等症状。白细胞减少导致免疫功能下降，容易被感染和生病。治疗前免疫功能不好的患者要采取预防感染的措施。
有些化疗药物会损害心脏细胞，导致心肌病或者心律失常，有些药物则会增加心肌梗死的危险。如果治疗前心脏功能良好的患者通常不用担心。
化疗药物对神经系统的影响会使人出现记忆问题或者难以集中精力，严重者会出现焦虑和压力。这种情况在治疗结束后往往会消失，个别情况会迁延很久。
化疗药物还可能引起手和脚疼痛、麻木、虚弱，肌肉会感到疲倦、痒痒和颤抖。有可能导致动作缓慢，还可能出现平衡和协调问题。
化疗后经常出现的问题是口疮和口干，导致病人咀嚼和吞咽困难，也更容易出血和感染，食物的味道会变化，变得很难吃。恶心也很常见，以至引起呕吐，这种情况可以服用抗呕吐的药物。有些病人会拉稀，有些病人则会便秘。还会出现食欲低下和饱胀感，因此化疗病人体重下降是很常见的，这种情况下更应该多喝水、吃健康食物。
化疗病人的一个特点是头发掉没了，有的人化疗几周后头发就掉得差不多了，有的人第一次化疗后就掉很多头发，不光是头发，眉毛、睫毛也会掉。不过都是暂时的，化疗结束之后，几周之内头发就会长出来。
皮肤会干燥、痒痒、红肿，也会对阳光敏感，医生会开一些外用软膏。手指甲和脚趾甲会变黄或者褐色、生长缓慢、易碎，因此要注意预防感染。
化疗药物会影响激素，女性激素变化会出现潮热、更年期提前、暂时性或永久性不育、因为阴道干燥而性交不适或疼痛、增加阴部感染的危险，孕妇进行化疗的话有可能导致胎儿出生缺陷。男人相对来说副作用少多了，可能因为精子数量减少或者精子损伤而暂时性或永久性不育。
因为要将化疗药物排出体外，肾脏和膀胱就可能受到损伤，出现排尿减少、浮肿、头痛、排尿疼痛、尿频，因此要多喝水。有些药会使尿变红色或者黄色，这倒不必担心。
有些化疗药物会导致钙流失，那些更年期之后或者更年期提前的女性患者患肿瘤相关性骨质疏松。因为化疗药物和雌激素下降的联合作用，乳腺癌患者更容易患骨质疏松。
