自然呼吸，是十二段锦最为基础的呼吸方法。它是指练习者顺其自然地呼吸，并不因练功而刻意改变自己正常的呼吸方式，不需要用意念加以引导。
自然呼吸在各种功法练习中都是不可缺少的，它能够协调体内真气与外部动作，能够将人体污浊之气排出体外，将清新之气呼入体内。自然呼吸看似简单却具有重要的调节作用。第一式“冥心握固”、第二式“叩齿鸣鼓”和第十一式“摇身晃海”等式均采用自然呼吸。
现代人大多在办公室工作，由于坐姿限制，人们通常都采用浅呼吸。在正常的呼吸频率下，不能满足身体所需，体内的二氧化碳逐渐累积。再加上长时间用脑工作，更容易导致脑部供氧不足。白领们出现头晕、乏力、嗜睡等办公室综合征并不是什么新鲜事。
如何能改善这种状况呢?其实非常简单，在众多的呼吸方式中，腹式呼吸能够有效改善呼吸短浅的现象。腹式呼吸是指吸气腹部凸起，吐气时腹部收缩，腹式呼吸时横膈膜会上下移动。呼气时会把脏器挤到下方，吐气时横膈膜会比平时升高，因而可以进行深度呼吸，吐出较多易停滞在肺底部的二氧化碳。
腹式呼吸分为两种方式，顺腹式呼吸和逆腹式呼吸。
顺腹式呼吸，是指吸气时腹部隆起，呼气时腹部收缩，也是最常见的腹式呼吸方式。这种呼吸方法有利于深层次排出体内多余的废气，吸进自然的清新之气。古代练功口诀说:“缓缓吐来深深吸，后天引动先天气。”是说顺腹式呼吸能够通过后天呼吸之气引动“先天真气”，使得人体气机顺畅，神清气爽。十二段锦中第十一式“温煦脐轮”就采用顺腹式呼吸,
逆腹式呼吸，是指吸气时腹部向内收，而呼气时腹部向外隆起。按照古人的说法，这样吸气时，体内的“先天之气”从腹部上升到胸中，与人体从自然界吸取的“后天之气”在胸中交融。而呼气时，真气能够顺势降至丹田，废气则排出体外。按照中医理论，人体是先天与后天的完美结合体内先天真气与后天之气交融有利于心火与肾水相交，达到水火既济的效果。
十二段锦中有多式都采取逆腹式呼吸，比如第三式“微撼天柱”、第四式“掌抱昆仑”、第五式“摇转辘轳”、第六式“托天按顶”、第七式“俯身攀足”、第九式“前抚脘腹”、第十二式鼓漱吞津”等。
提肛呼吸是十二段锦中应用的另一种呼吸方式，对于刺激相关穴位，改善人体机能和治愈疾病方面有特殊功效。提肛呼吸是指在吸气时有意识地收提肛门及会阴部肌肉，呼气时则放松肛门及会阴部肌肉。前、后二阴为肾之窍，会阴穴又为任脉、督脉、冲脉的交汇处，因此提肛呼吸具有畅通任、督、冲三脉，以及补肾益气，强身健体的作用。刺激会阴穴也能够对多张疾病起到很好的防治作用，比如痔疮、前列腺疾病，以及泌尿系统疾病，等等。
十二段锦所有逆腹式呼吸的动作都要求配合提肛呼吸，二者结合能够使体内真气运行通畅，达到心肾相交、水火既济、强腰健体的作用。
十二段锦中还有一种特殊的呼吸方法，称之为“闭气”。闭气是指在吸气结束后屏住呼吸，根据动作的要求和个人状况决定闭气时间的长短。闭气是中华气功中经常使用的呼吸方式，尤其在硬气功中，并且经常伴有“哼、哈、嘿”发声助力。我们只需屏住呼吸即可。在吸气之后，闭住呼吸同时保持颈部、肩部、手臂、胸腹、臀部、大小腿，脚部等处于紧张状态。闭气能够加强动作对关节、肌肉、脏腑、神经、体液的锻炼强度也有利于吸进清气，排出浊气。
十二段锦第八式“背摩精门”一式前的搓手及收势中的第一动均采用闭气，此种呼吸方式能够利于体内气息阴阳交换、促进全身血液循环。
除了调息之外，十二段锦最重要的内容就是调心。练习时的意念活动，可以集中在特定的动作上，也可以集中在动作的过程上，主要包括动作的规格、要点、重点部位及呼吸。概括来说，十二段锦中的意念运用方法有冥心法、默数法、意守法、观想法。
冥心法有利于排出杂念，使人体宁心静气，气机自然启动。这种方法的重要性我们通过第一式“冥心握固”的名字就可以看出来。冥心法要求达到“冥灭心念、物我两忘”的境界。之所以把它放在第一式就是为了在刚刚进入练功状态时，通过冥心法让练习者忘记自己、忘记身边的一切人和事，与茫茫宇宙合和为一体，达到“天人合一”的境界。
默数法，就是指在安静状态下数自己的呼吸或动作次数的方法。现代人每天面对纷繁复杂的世界，很难做到心神宁静，而默数法为我们提供了能够迅速专注心神，宁心静气的方法。呼吸是最为自然的事情，生命中一呼一吸之间得以延续。将注意力集中在自己的呼吸上能够使躁动的心渐渐安静下来，达到收心入静的目的。十二段锦中的第二式“叩齿鸣鼓”即采用默数法。
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