肿瘤表型与基因型相关性探讨——2024 年USCAP乳腺肿瘤基因检测进展（一）

许多胚系突变与乳腺癌发病机制有关，尽管有一些研究表明BRCA1/2突变患者预防性乳房切除术标本中存在隐匿性非典型性病变，但关于其它基因与乳腺癌风险增加和遗传性乳腺癌患者病变分布相关的数据非常有限。

我们选取2015-2023年因BRCA1/2、PALB2、CHEK2、ATM、CDH1、PTEN、BARD1胚系突变或未发现遗传异常家族史而接受双侧预防性乳房切除术的患者207名，不包含术前活检证实既往或当前患有浸润性乳腺癌或原位癌的患者。

SMARCA2和SMARCA4基因分别编码BRM和BRG1，是SWI/SNF染色质重塑复合体的催化亚基。SWI/SNF基因的遗传改变与各种癌症类型对免疫治疗反应好有关。我们试图确定灭活SMARCA2或SMARCA4基因改变对乳腺癌（BC）肿瘤微环境和免疫相关基因表达的影响。

我们研究了4187例先前接受过靶向基因测序的原发性乳腺癌（BCs）样本，以及来自癌症基因组图谱（TCGA）的1094例原发性乳腺癌样本，以识别SMARCA2或SMARCA4中的失活性和伴随性基因改变。根据国际TIL工作组的标准，对肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行了量化。雌激素受体（ER）和HER2状态根据ASCO/CAP指南判读。将ER+/HER2-的CAMA1和ER-/HER2+的HCC1954 乳腺癌细胞系用靶向SMARCA2或SMARCA4基因的短干扰RNA（siRNA）或对照siRNA进行转染。通过定量逆转录聚合酶链式反应（qRT-PCR）评估SMARCA2/4基因的瞬时沉默和干扰素刺激基因的表达。

RHOA基因编码的蛋白是小GTP酶Rho家族的成员之一，在肌动蛋白细胞骨架重组中起关键作用。RHOA基因改变是弥漫性胃癌（DGC）的已知驱动因素，其特征是失黏附性生长。本研究中我们尝试探讨RHOA基因改变与乳腺小叶癌的相关性，因后者标志性特征亦为失黏附。

我们先检索了肿瘤/非肿瘤病例，查询出的4182例原发性乳腺癌（pBC）和4757例转移性乳腺癌（mBC）靶向测序数据，用来对比分析RHOA基因是否存在致病性/可疑致病性基因改变。根据WHO建议的诊断标准评估具有RHOA基因改变的乳腺癌的组织病理学特征。调取病理资料对这些病例的ER/HER2进行二次判读。将RHOA基因改变的乳腺癌病例与缺乏此类改变者进行对比分析。

腺样囊性癌（AdCC）是一种罕见的涎腺型乳腺癌，约占乳腺肿瘤的0.1%~3.5%，常为三阴型。乳腺AdCC常伴有MYB癌基因与NFIB转录因子的融合，主要见于经典型AdCC。然而，该肿瘤一些亚型的驱动基因仍难以捉摸。

我们通过回顾性研究共纳入了13例乳腺AdCC，这些患者于2002年至2023年在常州第一人民医院病理科诊断。每位患者的临床特征、治疗方法和随访数据均来源于本院病历，或者电话随访获得。样本的免疫组化（IHC）和荧光原位杂交（FISH）分析是根据厂家的建议进行，同时还进行了包括556个基因组二代测序（NGS）分析。然后在 Illumina HiSeq NGS平台上对RNA进行测序。所有统计分析均采用SPSS V.25.0完成。

通过免疫组织化学（IHC）和先进的RNA转录组技术区分出乳腺癌（Breast cancer，BC）表型亚型以满足个体化治疗。随着二代测序（NGS）技术的出现，BC的巨大基因组变异性越来越明确，可用于寻找新的药物靶点，特别是在治疗选择仍有限的晚期病例中。

2021~2023年在我院前瞻性招募68名晚期BC患者的样本，按雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）、HER2和Ki67进行IHC分类。此外，通过PAM50测试（Prosigna）确定内在亚型，通过Oncomine综合分析panel（ThermoFisher）* NGS法确定基因组图谱，其中包括161个基因。变体分析采用Ion Reporter（*）方法，致病性分类基于ClinGen/CGC/VICC指南。可靶向的致病性或可能致病性（P/LP）基因，如PIK3CA、ERBB2、PTEN、AKT1等，被定义为已批准药物的药理学靶点或开放临床试验的可能靶点。

乳腺黏液表皮样癌（MEC）和汗腺瘤（HA）具有相同的细胞形态学和分子特征，并且在涎腺和皮肤汗腺也具有对应的组织学类型。所有这些都被证明经常含有CRTC1::MAML2基因重排，但在少数病例中CRTC3也是融合伴侣。MEC和HA可能表现出与其他肿瘤的形态学和免疫表型重叠，因此可能需要分子检测来协助确诊。包括荧光原位杂交（FISH）、RT-PCR和二代测序（NGS）在内的技术可能代价昂贵、耗时且无法广泛使用。我们研究针对CRTC1::MAML2融合断点的BaseScope ISH技术，检测其是否可以作为一种可靠的方法来帮助诊断MEC和HA。

乳腺叶状肿瘤（PT）是一种由上皮和间质成分组成的双相病变，分为良性、交界性和恶性三类。虽然不常见，但PTs可复发并进展到更高的级别，而恶性PTs可能表现为侵袭性，并且可能出现广泛转移。我们旨在研究PTs的基因组改变，并揭示与FDA批准的治疗方式相关的可能突变，因为这些突变可能赋予更高的治疗敏感性。

我们的研究队列由2011年至2021年诊断的14对原发性和复发/转移性乳腺叶状肿瘤组成。包含29例乳腺叶状肿瘤（良性10例，交界性13例，恶性6例）。肿瘤组织经福尔马林固定石蜡包埋后，从代表性的肿瘤蜡块上切取至少8张切片，使每个样品至少可获得50ng基因组DNA。每个样本进行了基于572个基因的核酸捕获测序分析，中位测序深度约为1053×。

乳腺血管肉瘤是一种罕见的血管肉瘤，约占15%。一般来说，大多数血管肉瘤具有复杂的核型。已知放疗后和慢性淋巴水肿相关的乳腺血管肉瘤表现出高水平MYC基因扩增，但其在原发性乳腺血管肉瘤中非常罕见。本文介绍了一组原发性乳腺血管肉瘤，以及其中三例肿瘤的分子特征。

检索该机构实验室信息系统（2013~2023年），经会诊或内部病例的病理回顾后，得到6例确诊的原发性乳腺血管肉瘤。临床信息收集自电子病历系统和会诊提供的信息。3例分别进行了全外显子组测序（WES）和转录组测序（WTS）。

6例患者符合纳入标准。该队列全部由女性患者组成（6/6）。年龄从37岁到69岁不等（平均年龄为44.8岁）。2例为空心针活检标本（2/6），3例为乳房切除标本（3/6），1例为乳房肿瘤切除标本（1/6）。3例测序病例结果如下：1例原发性乳腺血管肉瘤同时出现NSD1基因突变（c.1741 G>T p.E581*）和TP53 基因突变（c.839 G>C p.R280T），并且在无放疗史的情况下，同时出现了MYC基因扩增。从组织学上看，该肿瘤显示为细胞高度异型的实性结构以及局部的迷路样的管腔结构。第二例测序病例出现了TSC2基因点突变，组织学表现为分化良好的小至中等管径的迷路样管腔结构，细胞异型性轻微。第三例出现了KDR、KIT和PDGFRA基因的拷贝数增加，组织学上表现为高级别的迷路样管腔结构。其余三个病例有待进一步的分子分析。手术前病变范围为4.0cm到12.1cm不等（平均7.5 cm）。