IF 14.7,王继刚、冯玉林团队:迷迭香酸如何调节免疫减轻糖尿病肾病引起的肾损伤?

文摘   2024-12-08 13:17   美国  


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中国中医科学院中药研究所/

南方医科大学药学院王继刚研究员团队、

江西中医药大学冯玉林教授团队

2024年1月11日

Acta Pharm Sin BIF=14.7)

发表中医学临床研究结果

Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of rosmarinic acid on diabetic nephropathy-induced kidney injury by modulating

单细胞转录组学揭示迷迭香酸通过调节减轻糖尿病肾病引起的肾脏损伤


原文链接 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211383524000054


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引用格式:

Chen J, Zhang Q, Guo J, Gu D, Liu J, Luo P, Bai Y, Chen J, Zhang X, Nie S, Chen C, Feng Y, Wang J. Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of rosmarinic acid on diabetic nephropathy-induced kidney injury by modulating oxidative stress and inflammation. Acta Pharm Sin B. 2024 Apr;14(4):1661-1676. doi: 10.1016/j.apsb.2024.01.003. Epub 2024 Jan 11. PMID: 38572101; PMCID: PMC10985035.

【研究结果及亮

  • 迷迭香酸(RA)的免疫调节作用:研究发现,迷迭香酸能够改善糖尿病肾病(DN)小鼠的免疫功能障碍,特别是对NK细胞的细胞毒性和炎症反应有显著的改善作用。

  • 细胞间交流的调节:RA治疗能够减少DN状态下肾脏上皮细胞和免疫细胞之间的增强交流,重塑细胞间微环境,减少病理状态下的细胞间通讯紊乱。

  • 特定细胞类型的交流变化:在DN小鼠中,M1型巨噬细胞、NK细胞和T细胞亚型之间的交流增强,而RA治疗能够逆转这一现象,减少这些细胞间的通讯。

  • 配体-受体对的通讯调节:RA治疗影响了特定配体-受体对的通讯概率,这些通讯在免疫抑制和促炎反应中起着关键作用,表明RA可能通过调节这些通讯对来抑制DN中的炎症反应。

  • 免疫抑制的缓解:研究结果暗示RA可能通过下调通讯概率来缓解DN中的免疫抑制,改善免疫功能。

研究介绍

图形摘要

糖尿病肾病(DN)是糖尿病的一种严重并发症,其特征是肾脏结构和功能发生变化。天然产物迷迭香酸 (RA) 已证明对肾损伤或功能障碍具有治疗作用,包括抗炎和抗氧化应激。在这项研究中,我们在单细胞水平上表征了肾脏对 DN 诱导的损伤和 RA 治疗的细胞反应的异质性。

迷迭香酸(RA)是一种天然酚酸,以其通过有效清除ROS来减少氧化应激的能力而闻名,多项研究报道通过调节NF-κB和MAPK通路表现出抗炎特性。此外,一些报告表明RA 可以缓解DN的发病机制,然而,RA治疗DN的具体机制仍然知之甚少,尤其是在单细胞水平上。

在这项研究中,我们在单细胞水平上表征了肾脏对 DN诱导的损伤和RA治疗的细胞反应的异质性。

实验部分(简要)

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  1. 动物实验:

    使用8周龄的C57BLKS/J和C57BL/6雄性小鼠,分为对照组、模型组和RA治疗组,每组两只小鼠。

    对小鼠进行为期39天的给药处理,包括对照组、给予MET(二甲双胍)的模型组以及给予RA的治疗组。

    定期测量小鼠体重,并收集血液和尿液样本进行生理指标分析。

  2. 生化和组织学分析:

    评估血液中的尿素氮(BUN)、肌酐(CRE)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)和丙氨酸氨基转移酶(ALT)等指标。

    对肾脏组织进行H&E染色和Masson三色染色,以观察组织形态和结构变化,评估炎症和损伤程度。

  3. 单细胞分离:

    使用肾脏解离试剂盒和gentleMACS Dissociator解离肾脏样本,通过70微米滤网过滤并离心,获得单细胞悬液。

  4. 单细胞文库构建和测序:

    使用Chromium Next GEM Single Cell 3 Kit v3.1构建单细胞测序文库,进行逆转录、cDNA扩增和PCR。

    对文库进行测序,使用Illumina NovaSeq 6000测序仪进行150bp配对末端测序。

  5. 数据质量控制和处理:

    使用fastp软件过滤低质量读段和接头污染。

    使用Cell Ranger软件将高质量读段与小鼠参考基因组(mm10)比对,生成细胞-基因表达矩阵。

    使用Seurat软件进行第二轮质量控制和下游分析,包括数据标准化、缩放和整合。

  6. 细胞类型注释:

    结合典型细胞标记和特定于簇的表达基因来验证每个簇的身份。

  7. 差异表达基因(DEG)和基因功能富集分析:使用Seurat的FindMarkers功能识别DEGs,并进行基因本体(GO)富集分析。

  8. 基因调控网络分析:

    使用pySCENIC方法分析转录因子活性和基因调控网络。

  9. 细胞间交流分析:

    使用CellChat工具基于配体-受体相互作用进行细胞间交流分析。

  10. 蛋白质组学检测和数据分析:

    对蛋白质组数据进行过滤、归一化和缺失值插补,使用limma包识别差异表达蛋白(DEPs),并进行功能富集分析。

  11. Western blot分析:

    提取蛋白样品,使用SDS-PAGE凝胶分离,然后转移到PVDF膜上,使用特定抗体进行检测。

  12. 统计分析:

    数据表示为至少三次独立实验的平均值±标准误差,使用T检验和单因素方差分析(One-way ANOVA)进行统计分析。



研究结果

      1、单细胞分析揭示细胞异质性响应:

      通过单细胞转录组分析,研究者发现在糖尿病肾病(DKD)诱导的肾脏损伤中,不同细胞类型表现出异质性响应,特别是在近曲小管S1段和足细胞上,这些细胞在RA治疗后显示出损伤减轻的迹象。(图2)

      2、RA对肾脏损伤的改善作用:

      RA显著改善了DKD诱导的肾小管上皮细胞损伤,特别是在近曲小管S1段和足细胞上,同时减轻了巨噬细胞的炎症反应和自然杀伤细胞的氧化应激

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图 2.分析差异基因表达和细胞对 RA 治疗的异质性反应。(A) 日志热图2(倍数变化)在 13 种细胞类型中拯救基因(左图:DKD vs.正常;右:DKD_RA vs.DKD)。热图旁边的基因符号代表与炎症和氧化应激相关的基因。(B) DKD 组中上调基因的表达水平,在细胞类型之间表现出显着的变异性。在特定细胞类型中显著上调的矩形标记基因。(C) 显示拯救基因通路富集的点图。(D) 识别细胞类型对氧化应激模块评分的反应分布。(E) 识别细胞类型中炎症模块评分的分布。


图 3.RA 治疗可缓解 DN 诱导的 PT S1 细胞损伤。(A) PT 细胞中 DEGs 的功能富集。(B) PT 细胞的重新聚集(分裂为 PT S1、S2 和 S3)。(C) 每种亚型中特定表达基因的平均表达热图。(D) 显示典型标记表达式的小提琴图。(E) 正常、DKD 和 DKD_RA 中三种亚型的细胞组成。(F) 每种亚型中损伤标志基因的表达水平。(G) 炎症模块评分在每种亚型中的分布。(H) 正常组、DKD 组和 DKD_RA 组的损伤评分分布。(I) 正常组、DKD 组和 DKD_RA 组损伤基因的蛋白质含量。(J) S1 中基因平均表达的热图。上图代表与伤口修复相关的基因;下图显示了参与氧化应激的基因。(K) 正常组、DKD 组和 DKD_RA 组内 PT S1 中 TF 活性的热图。


图 4.RA 治疗可改善 DN 小鼠的足细胞损伤。(A) 其他上皮段的重新聚集,揭示了 9 种亚型:DLH、DCT1、DCT2、ALH、CD-PC、A-IC、B-IC、CD-Trans 和 Podo。(B) 代表典型标志物表达水平的小提琴图。(C) 正常、DKD 和 DKD_RA 中另一个上皮段的细胞组成。(D) 投射 UMAP 的损伤基因的表达。(E) 炎症和损伤模块评分在另一个上皮段的分布。顶部面板代表炎症模块评分;底部面板显示 INJURY MODULE 评分。(F) 气泡图显示了 DKD 与正常和 DKD_RA 与 DKD 中 Podo 亚型中上调基因的富集途径(G) 显示与细胞趋化性、氧化应激和损伤基因相关的基因表达水平的热图。(H) 气泡图描述了 DKD 中上调蛋白和 DKD_RA 中下调蛋白的富集途径。

      总的来说,我们观察到 DKD 组这些上皮节段对损伤的异质性反应,迷迭香酸能够通过调节细胞趋化性和氧化应激来改善 Podo 的损伤。


      3、迷迭香酸缓解炎症并减少巨噬细胞的募集:

     结果表明,迷迭香酸(RA)可以减少 S100a4+Mφ的募集逆转DKD中促炎基因和 ROS 相关基因的高表达水平,并减轻Cd86+Mφ和 S100a4+Mφ亚型的炎症。  

      4、迷迭香酸改善DN小鼠的免疫功能障碍:

      我们的研究揭示了DN小鼠中NK细胞的募集,这增强了细胞毒性和炎症反应,而迷迭香酸改善了 DN诱导的免疫功能障碍重塑了 NK 细胞的免疫过程。

      5、迷迭香酸调节糖尿病肾病小鼠肾脏细胞间交流:

      DN状态下,特定肾脏上皮细胞和免疫细胞之间的交流增强,而RA处理能够减少这种交流,重塑细胞间微环境。

      特别是,RA处理降低了M1型巨噬细胞、NK细胞和T细胞亚型之间的交流,这些细胞在DN中显示出增强的通讯。

      此外,RA处理还影响了特定配体-受体对的通讯概率,这些配体-受体对在免疫抑制和促炎反应中起着关键作用。研究结果表明,RA可能通过调节这些细胞间的通讯来抑制DN中的炎症反应,从而改善由DN引起的免疫功能障碍。

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      研究发现,迷迭香酸(RA)治疗能够减少S100a4+Mφ巨噬细胞的招募,逆转糖尿病肾病(DKD)中促炎和与活性氧(ROS)相关基因的高表达水平,并在Cd86+Mφ和S100a4+Mφ亚型中减轻炎症。具体来说,RA治疗能够降低与炎症相关的信号通路活性,包括Il2 Stat5信号、Il6 Jak Stat3信号和TNF-α信号,并且能够改善与炎症相关的转录因子的活性,从而减轻Cd86+Mφ和S100a4+Mφ亚型中的炎症反应。这些结果表明,RA治疗可能通过调节巨噬细胞的功能来改善DKD中的炎症状态。


图 5.RA 治疗可减轻炎症并减少 S100a4 巨噬细胞的募集。(A) 巨噬细胞的重新聚集,分为 4 个亚型,即 Gpx3+Mφ、Cd86+Mφ、S100a4+Mφ 和 Cd163+Mφ。(B) 显示亚型特异性基因表达的点图。(C) 气泡图显示 DKD 中每种巨噬细胞亚型中差异表达基因的通路富集.正常和 DKD_RA  DKD。(D) Cd86+M φ 和 S100a4+M φ中活性氧、缺氧和炎症相关基因的表达水平。(E) 正常组、DKD 组和 DKD_RA 组内 S100a4+M φ TF 活性的热图。(F) 正常、DKD 和 DKD_RA 中炎症基因的蛋白质含量。(G) 促炎因子 IL-1β 和 NF-κ B 蛋白的蛋白质印迹和定量统计。∗P 值 <0.05。


图 6.RA 治疗可改善 DN 小鼠的免疫功能障碍。(A) UMAP 可视化显示 T 淋巴细胞、B 淋巴细胞和 NK 细胞的重新聚集,揭示了 8 种亚型,即 T_C1、T_C2、T_C3、T_C4、B_C1、B_C2、B_C3 和 NK。(B) 显示前 3 个亚型特异性标记物的表达水平的热图。上图小提琴图显示了 T 淋巴细胞、B 淋巴细胞和 NK 细胞的经典标志物的表达水平。(C) 正常组、DKD 组和 DKD_RA 组亚型的细胞组成。(D) 细胞毒性模块评分在 8 种亚型中的分布。(E) 炎症反应模块评分在 8 个亚型中的分布。(F) NK 细胞中细胞毒性模块和炎症反应模块的表达。上图代表细胞毒性模块评分,下图代表 NK 细胞的炎症反应。颜色表示实验组(正常、DKD 和 DKD_RA)。(G) DKD_RA 中 NK 细胞上调和下调基因的通路富集DKD 的。

图 7.RA 介导了 DN 小鼠肾脏中的细胞间串扰。(A) 弦索图说明了 S100a4+Mφ 与正常细胞、DKD 和 DKD_RA 细胞类型之间的差异相互作用。(B) 波形图显示了 NK 细胞与正常、DKD 和 DKD_RA 中其他细胞类型之间的差异相互作用。(C) 气泡图显示了 S100a4+Mφ、Cd86+Mφ 和 NK 细胞以及其他免疫细胞之间配体-受体对的通讯概率。顶部面板表示 Normal、DKD 和 DKD_RA 组。



结论

      我们的研究结果表明,迷迭香酸(RA)能够减轻糖尿病肾病(DN)引起的免疫功能障碍并重塑NK细胞的免疫过程。

      通过评估不同细胞类型和亚型之间的细胞通讯,我们发现RA处理能够减少细胞间的交流,特别是在M1型巨噬细胞、NK细胞和T细胞亚型之间。

      此外,RA处理还影响了特定配体-受体对的通讯概率,这些通讯在DN中的免疫抑制和促炎反应中起着关键作用。因此,RA可能通过下调这些通讯概率来缓解免疫抑制,并抑制DN中的炎症反应。

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