IF=6.8,网络药理学+新型系统生物学实验管道揭示了罗汉松脂酚在前列腺癌中的抗转移潜力

文摘   2025-01-29 18:06   四川  

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文章标题:Novel systems biology experimental pipeline reveals matairesinol's antimetastatic potential in prostate cancer: an integrated approach of network pharmacology, bioinformatics, and experimental validation

中文标题:新型系统生物学实验管道揭示了罗汉松脂酚在前列腺癌中的抗转移潜力:网络药理学,生物信息学和实验验证的综合方法 

发表期刊:Brief Bioinform

发表时间:2024年7月

影响因子:6.8

    研究背景     

罗汉松脂酚(MAT)是一种植物木脂素,因其在乳腺癌和前列腺癌等激素敏感癌症中的抗癌特性而闻名,在转移性前列腺癌(mPC)的治疗中提出了一个有希望但尚未开发的途径。为了阐明其具体的治疗靶点和机制,作者采用了综合方法,将网络药理学(NP)、生物信息学、基于GeneMANIA的功能关联(GMFA)和实验验证相结合进行了研究。

研究方法

采用网络药理学(NP)、分子对接和分子动力学(MD)模拟来预测MAT对mPC的作用机制。此外,基于GMFA分析通过探索枢纽靶点的功能关联来丰富NP发现。体外验证证实MAT在PC3细胞中的抗癌和抗转移潜力。

结果分析
1.预测MAT对mPC的靶点

MAT靶点从Swiss Target Prediction、Pharmapper和Superpred数据库中检索,mPC靶点从GeneCards和DisGeNet数据库中鉴定。交叉分析揭示了MAT针对mPC的27个潜在治疗靶点(PTM-mPC)。基于交集基因构建PPI网络,通过CytoHubba插件进一步确定了11个枢纽基因——EGFR, AKT1, ERBB2, MET, IGF1, CASP3, HSP90AA1, HIF1A, MMP2, HGF, MMP9。  
2.分析了27个共同靶点的KEGG通路


利用DAVID,分析了27个共同靶点的KEGG通路。构建了一个“化合物-靶标-通路(C-T-P)”网络来可视化MAT、其靶标和相关通路。前列腺癌与8个基因密切相关,突出了MAT与癌症相关信号级联反应之间的潜在关联。   

3.使用UALCAN等公开数据集对PRAD(前列腺腺癌)患者的11个枢纽靶点进行基因表达分析。 
研究者构建了ceRNA网络,通过颜色区分,能够直观地看到T细胞、B细胞以及其他细胞类型。ISNE-1轴和细胞大小信息为分析细胞分布模式提供了额外的维度。通过单细胞RNA-Seq数据的分析,研究团队揭示了USP14基因在不同细胞类型中的表达模式,分析结果显示USP14在各种细胞类型中均有表达,但在表达水平上存在显著差异,这反映了USP14在不同细胞中的活性水平。

文章小结

研究结合了网药、分子对接、分子动力学模拟以及细胞实验研究了天然化合物罗汉松脂酚在前列腺癌中的潜在抗转移作用。(对文章数据库和分析方法感兴趣或需要生信分析服务的老师,欢迎关注小星一起交流)

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