生信一区，解读生物信息分析最前沿文献和思路，提供专业的生信分析服务，今天分享的文章亮点是GEO数据库＋RNA-seq：探究小Cajal与膀胱癌细胞的关联，感兴趣的老师可以点点关注
文章标题：Small Cajal Body-Specific RNA12 PromotesCarcinogenesis through Modulating Extracellular Matrix Signaling in Bladder Cancer
中文标题：小Cajal体特异性RNA12通过调节膀胱癌细胞外基质信号传导促进癌变
发表期刊：Cancers
发表时间：2024年1月
影响因子：4.5
研究背景
小Cajal体特异性RNA (scaRNAs)是小核仁RNA (snoRNAs)的一个特定子集，最近在多种生理和病理过程中成为关键的贡献者。然而，它们在致癌作用中的明确作用在很大程度上仍然难以捉摸。
研究思路
采用TCGA、GEO和GTEx数据集分析SCARNA12在BLCA中的表达及其临床病理意义。采用qPCR和原位杂交技术验证SCARNA12在BLCA细胞系和组织中的表达。通过RNA测序(RNA-seq)结合生物信息学分析，揭示SCARNA12和T24细胞系不同表达的BLCA患者在SCARNA12敲低后基因表达模式和功能通路的变化。然后使用单细胞质量细胞术(CyTOF)评估受SCARNA12影响的肿瘤相关细胞簇。
结果分析
3. 基于CyTOF数据的ECM相关细胞簇富集于BLCA并高表达SCARNA12
为了进一步证实RNA-seq分析的结果，作者利用单细胞质量细胞术(CyTOF)技术在单细胞水平上评估细胞外基质相关簇与SCARNA12表达之间的相关性。从转录组队列中纳入了20例BLCA患者，包括10例SCARNA12高表达的BLCA患者和10例SCARNA12低表达的BLCA患者，用于随后的CyTOF分析。每个样本共提取5000个单细胞，使用t分布随机邻居嵌入(t-SNE)算法进行分析，并根据BLCA样本中单细胞之间不同的蛋白表达模式生成t-SNE图谱。此外，使用表型算法将高维单细胞数据划分为不同的簇，每个簇都具有标记物表达模式。
文章小结
研究发现了BLCA中SCARNA12的异常改变，并阐明了其在BLCA细胞内调节生物学能力的致癌作用。（对文章数据库和分析方法感兴趣或需要生信分析服务的老师，欢迎关注小鱼一起交流）
