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文章标题：Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA sequencing reveals the alterations in epithelial cells during nodular formation in benign prostatic hyperplasia
中文标题：整合空间转录组学和单细胞 RNA 测序揭示了良性前列腺增生结节形成过程中上皮细胞的改变
发表期刊：Journal of Translational Medicine
发表时间：2024年4月
影响因子：6.1
研究背景
良性前列腺增生（良性前列腺增生）是一种非常普遍的疾病，约25%的男性在其一生中会受到影响。增殖性结节形成是良性前列腺增生的特征性病理特征，是前列腺体积增大和随后的下尿路症状（LUTS）的主要原因。目前对于具体机制在很大程度上还是未知的，目前的技术局限阻碍了良性前列腺增生患者的体内研究，上皮细胞中发生的改变及其在增殖结节形成过程中的功能尚不清楚。
研究思路
首先对所研究疾病的患者和样本进行采集并在数据库下载人相关前列腺scRNA-seq数据，随后使用Visium平台（10×基因组学）进行空间转录组分析，并使用HiSeq X10（Illumina）进行测序；对基质矩阵进行标化降维聚类等一系列分析，计算细胞特征基因集分数；为了获得细胞群在空间区域中的分布，使用整合的scRNA-seq数据集作参考，对其组织学结构进行细胞类型分解；使用R进行单细胞基因集富集分析并利用Monocle确定表现出潜在发育关系的细胞亚型的谱系分化。最后进行免疫荧光染色、组织化学染色和统计分析。
结果分析
3. 描绘了从LE到BE细胞以及从结节外BE细胞到结节内BE细胞的转变的伪时间细胞轨迹
此研究构建了LE2和BE5细胞亚群的伪时间细胞轨迹，以阐明BPH中从LE细胞过渡到BE细胞的进化动力学，进化树描绘了从LE2到BE5的轨迹，模拟了从LE到BE细胞的转化过程。LE2细胞分叉成命运1和命运2分支，其中命运1导致LE2细胞转变为BE5细胞，而命运2由持续的LE2细胞组成。
文章小结
研究旨在通过利用对细胞的准时间轨迹分析来阐明腺体和基质结节形成之间的相关性，运用空间转录组技术可以克服现在的技术限制，全面理解细胞之间功能的相互作用和结节形成关系。（对文章数据库和分析方法感兴趣或需要生信分析服务的老师，欢迎关注小鱼一起交流）
