7.7/Q1,西安交大团队采用TCGA、TIMER、HPA等多个数据库,综合分析了LCN2在肺腺癌中的作用机制

文摘   2025-01-04 18:27   陕西  

文章标题:Bioinformatics and experimental approach identify lipocalin 2 as a diagnostic and prognostic indicator for lung adenocarcinoma

中文标题:生物信息学和实验方法确定脂质运载蛋白2作为肺腺癌的诊断和预后指标

发表期刊International Journal of Biological Macromolecules

发表时间2024年6月

影响因子7.7/Q1     

 

研究背景
肺癌是目前全球发病率最高的恶心肿瘤之一。一旦罹患肺癌,患者生存率将大幅降低,转以后的生存率甚至不足5%。已有研究表明,有效筛查高危人群可以将肺癌患者的存活率提高十到五十倍。但是,目前肺癌的诊断主要依靠病理学分析和图像诊断,存在获取样本难、侵入性强等问题。血清作为临床上最常用的测试样本,可以完美避免上述难点。然而,目前血清标志物的敏感性和特异性研究相对较少,缺乏充分性和可靠性。因此,及早发现有效的血清生物标志物对于癌症研究具有重大意义。­­
研究思路
首先在TCGA、TIMER和HPA数据库中检测LUAD中LCN2的表达,并利用KM绘图仪、TCGA和GEO数据库研究LCN2与预后的关系。其次采用GO、KEGG和蛋白相互作用网络分析,探讨LCN2的潜在机制。之后在TCGA和TIMER数据库中研究LCN2与癌症免疫浸润的相关性,并采用定量逆转录PCR、蛋白质印记和酶联免疫吸附法检测细胞和血清中LCN2的表达水平。最后采用CCK-8、划痕实验和transwell实验,证实了LCN2对LUAD细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
研究结果   
1.LUAD在数据库中的LCN2表达
TIMER数据库显示,与正常组织相比,LCN2在胆管癌、肺腺癌、结肠癌、食管癌、肾乳头状细胞癌、肝癌、直肠癌、甲状腺癌和子宫内膜样肿瘤中表达上调(均P < 0.05)。在TCGA数据库中验证了LUAD的LCN2 mRNA表达。来自HPA数据库的免疫组化(IHC)数据显示,LUAD组织中的LCN2蛋白水平显著上调。
2.TCGA数据库中LCN2表达与LUAD临床特征的相关性
LCN2表达水平在III - IV期、T3 - T4期、N1 - N3期和M1期显著高于对照组。多变量逻辑回归分析表明,高LCN2表达与淋巴结转移相关(N1 - N3与N0相比,OR = 2.347,P < 0.001)。    
3.LCN2共表达基因的功能富集分析
共表达基因的GO和KEGG分析表明,LCN2影响细胞内信号转导,主要位于核膜和细胞突起膜,主要参与丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路。KEGG通路分析显示TNF信号通路的富集。蛋白质参与与细胞增殖和分化相关的JAK - STAT、TNF、NF - κB、HIF-1和PI3K-Akt信号通路。
4. LCN2表达与肿瘤浸润免疫细胞的关系    
LCN2高表达组有更多的CD8 + T细胞、T细胞滤泡辅助(Tfh)1、调节性T细胞(Tregs)、巨噬细胞M1和中性粒细胞,而γδT细胞、巨噬细胞M2、静止肥大细胞和嗜酸性粒细胞较少。
5.LUAD血清样本中LCN2表达的验证    
本研究共招募了140名参与者(98名LUAD患者和42名健康对照者),研究表明,LUAD患者的血清LCN2水平显著高于健康对照组(P<0.001)。
文章小结
这篇文章在肿瘤免疫方向展现出了丰富的研究潜力和创新价值,从临床对肺腺癌有效诊断和预后标志物的高需求问题入手,选题具有重要的现实意义。通过选择LCN2这一关键分子进行深入研究,为肺腺癌的诊断和治疗提供了新的视角。今天为大家分享的文章纯公共数据挖掘+统计分析,就发到了一区!如果你也想在临床方向发高分文章,不妨试试这个省钱省事又省力的思路吧!

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