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文章标题：Transcriptional and post-transcriptional regulation of CARMN and its anti-tumor function in cervical cancer through autophagic flux blockade and MAPK cascade inhibition
中文标题：通过自噬通量阻断和MAPK级联抑制对宫颈癌中CARMN及其抗肿瘤功能进行转录和转录后调控
发表期刊：J Exp Clin Cancer Res.
发表时间：2024年11月
影响因子：11.4
研究背景
研究方法
使用转录组测序和WGCNA网络分析了30个CC、宫颈上皮内瘤变（CIN）和正常（NOR）的组织，以建立与NOR-CIN-CC过渡相关的基因模块。使用机器学习诊断模型来研究lncRNA在这一转变中的作用。通过分子生物学实验阐明了CARMN在CC中的潜在机制，重点研究了其对CC异常表达的转录和转录后调控。
使用RNA-seq测定了组织（每组n = 10）的转录组表达谱。通过WGCNA共鉴定出34个模块，其中20个模块与NOR-CIN-CC转变显著相关。Blue模块与CC进展的相关性最强。通过特征基因邻接分析将Blue和lightyellow模块聚类在一起，并对这两个模块的基因进行了功能富集分析。为了进一步研究9种候选lncRNA在CC进展中的相对贡献，使用10种机器学习模型来评估这些lncRNA在不同CC组中的相对重要性。通过AUC比较，在10个模型中，Lightgbm、KNN和XGBOOST的诊断性能最好。在这三种模型中，CARMN在正常、CIN1和CIN2组中的重要性始终排在前三名，表明CARMN可以作为CC进展的生物标志物。
为了研究CARMN在CC中的作用，使用慢病毒载体构建了稳定高表达的CARMN细胞。CARMN过表达可降低CC细胞的增殖能力、迁移和侵袭能力。但过表达CARMN的CC细胞凋亡率的绝对增加并不明显（小于2%）。因此，推测CARMN可能不会显著促进CC细胞的凋亡。此外，通过反义寡核苷酸（ASO）处理实现了CARMN的敲低。在HeLa中，与NC组相比，CARMN敲低的细胞增殖率上调，迁移和侵袭能力增强。此外，敲低CARMN可降低CC细胞的凋亡率。
文章小结
本研究确定了CARMN通过抑制Akt-mTOR和MAPK信号通路在CC进展中发挥抗癌作用。rs12517403和YBX1/DHX9复合体是影响其在CC细胞中转录和稳定性的关键机制。CARMN是一种有前景的CC诊断和治疗靶点的生物标志物。（对文章数据库和分析方法感兴趣或需要生信分析服务的老师，欢迎关注小星一起交流）
