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近年来,随着对非编码RNA(ncRNA)研究的深入,尤其是具有特殊共价闭合环状结构的环状RNA(circRNA),在疾病诊断和治疗中的潜力逐渐被认识。circRNA的稳定性高于线性RNA,使其成为疾病标志物的优势候选。在自身免疫性疾病中,circRNA通过与miRNA相互作用,参与调控基因表达,进而影响疾病的发展。m6A(N6-甲基腺苷)修饰是circRNA上常见的一种表观遗传修饰,通过影响circRNA的稳定性、剪接、翻译和降解等生物学功能,参与调控多种疾病的发生发展。然而,m6A修饰的circRNA在MG中的作用尚不清楚。
近日,Shuang Li等中国学者在 Molecular Neurobiology 杂志上发表了一篇题为 Exploring the Roles of m6A-Modified circRNAs in Myasthenia Gravis Based on Multi-Omics Analysis 的研究论文【1】。
本研究首次在MG患者中进行了表观转录组水平的m6A修饰circRNA的多组学分析,鉴定了与MG相关的m6A修饰circRNA,并探讨了它们与免疫细胞的关系。
研究结果为MG的发病机制提供了新的见解,并可能有助于发现MG的潜在生物标志物和治疗靶点。
(如需原文,请加微信healsana获取,备注20240717MN)
🔷 基因组来源分析:
这些差异表达的m6A修饰circRNA主要源自外显子序列,超过70%的上调和下调m6A修饰circRNA来自编码蛋白的基因。
🔷 功能富集分析:
对m6A修饰circRNA的来源基因进行功能富集分析,发现这些基因主要富集在与组蛋白H3-K4甲基化、组蛋白赖氨酸甲基化、肽酰赖氨酸甲基化等相关的生物学过程(BP)中。
🔷 m6A修饰circRNA-miRNA-基因网络构建:
基于差异m6A修饰的circRNA,构建了一个包含17个circRNA、30个miRNA和34个DEGs的调控网络。网络分析显示,hsa_circ_0084735和hsa_circ_0030997在调控网络中连接节点最多,可能在MG的发病机制中起关键作用。
🔷 候选m6A修饰circRNA的识别:
利用随机游走重启(RWR)算法,在circRNA-miRNA-基因网络中筛选出4个候选m6A修饰circRNA(hsa_circ_0084735, hsa_circ_0018652, hsa_circ_0025731, 和 hsa_circ_0030997)。
🔷 免疫细胞相关性分析:
分析了候选circRNA与免疫细胞之间的关系,发现这些circRNA的m6A修饰水平与不同类型的免疫细胞(如CD56dim自然杀伤细胞、活化T细胞、2型辅助T细胞、1型辅助T细胞、巨噬细胞、效应记忆CD4 T细胞和未成熟树突细胞)有不同程度的相关性。
🔷 MeRIP-qPCR验证:
通过甲基化RNA免疫沉淀-定量PCR(MeRIP-qPCR)技术验证了MG患者中hsa_circ_0084735和hsa_circ_0025731的m6A甲基化水平下调,而hsa_circ_0030997和hsa_circ_0018652在MG患者与对照组间没有显著差异。
本研究首次在MG患者中进行了m6A修饰circRNA的多组学分析,鉴定了与MG相关的m6A修饰circRNA,并探讨了它们与免疫细胞的关系。研究结果为MG的发病机制提供了新的见解,并可能有助于发现MG的潜在生物标志物和治疗靶点。
图 1. MG中m6A修饰circRNA的表达谱分析
图 2. circRNA的功能富集分析
图 3. 基于RNA测序数据构建的m6A修饰circRNA-miRNA-基因网络
图 4. 筛选候选m6A修饰circRNA
图 5. 免疫细胞与候选m6A修饰circRNA之间的相关性
图 6. 使用MeRIP-qPCR验证候选circRNA的m6A甲基化水平
本研究通过深入分析m6A修饰的circRNA在MG患者中的表达变化,研究揭示了这些分子可能在疾病发展中的重要作用,特别是在免疫细胞调节方面。
这些发现有助于开发新的生物标志物,以更早、更准确地识别和监测MG,同时也可能指导开发针对特定circRNA的靶向治疗策略,为患者提供更个性化的治疗方案。
进一步探索m6A修饰的circRNA在MG中的具体作用机制; 验证这些circRNA作为潜在生物标志物的临床价值; 研究针对这些circRNA的干预措施对MG治疗的潜在效果; 在更大的患者群体中复制和扩展这些发现,以增强研究结果的普适性和可靠性。
期待更多类似高质量研究,给患者带来更优的临床诊疗策略。
原文链接:
https://doi.org/10.1007/s12035-024-04352-9
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作者:Amber Wang,编辑:Jessica,微信号:Healsanq。助理:ChatGPT
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