医院一级分配紧扣的是国家政策、等级医院相关要求，医院在经营发展中的具体目标等因素，围绕使命和愿景设定合理的战略目标，如果科室或是每个员工都去扣住一级分配的原则来领取绩效工资，就会有欠科学和公平，我们需要以运行效率更高、成本更低、更公允的态度去设计科室的二级分配，这样才能使绩效工资起到纠错、改证、激励的作用。
从一级分配而言，那些付出多、技术含量高、劳动强度大、风险系数高的岗位，理应比常见科室得到更高的报酬，那么对科室而言，并不是每一个员工在科室不同的岗位所承担的风险和责任都 能用平均数体现的，只有用加减法合理的拉开差距，才能实现合理的绩效分配。
现在一般医院的操作都是医院绩效办针对临床科室，设计考核指标，根据完成情况，实现一次分配到科室；由科室完成二次分配到个人，完成个性化激励。因此，二级分配医护个体需要关注的是科室层面的绩效调整，而不是关注全院战略目标。不能一级分配相关政策抵达科室层面后，一级分配的人均绩效变动不大，或是没有变动。
举例来说：同样一台阑尾炎手术。有的医生半小时完成，有的需要1.5小时。我们不能草率地说，半小时完成的就一定好，手术时间长，付出多可能是因为患者基准情况不一样，出血量、并发症也不同。患者满意度也会因非医疗因素而有显著差别。分配中的一个工作量所包含的强度和难易度自然也应该不一样，当然，对技术上不够熟练造成的手术时间拖延二级分配要给予适当的减免，并进一步的培训提高。
医院绩效办、医务处针对每一个医疗行为设定科室内考核指标，从信息收集、分析到执行，都是宏观的，不具体的。若将这样的考核放到科室，临床医生更清楚一台高效、安全、优质手术所包含的各种变量，其讨论结果会更可靠，准确度也更高，更利于发挥绩效的识别作用。有专家认为：“从理论上来说，就是对完全责任主体考核结果；对不完全责任主体考核过程。科室可算作完全责任主体。科室二级分配指标既要体现效率又要体现公平，目的是调动工作积极性，而不是创收积极性。”
绩效引导医疗行为，做好科室二级绩效分配与考核，是建立健全现代科室管理制度的重要一环。科室领导应该是引导组织全员共同融入其中，每个人完成一点点任务，通过共同努力就能达成战略目标，而不是少数人完成战略任务的全部，所以绩效覆盖从科长到一线医生、护士，这里要考虑的是每个人都有责任，不是每个人责任相等，二级分配就是要做好这个不等式，让员工从大于小于号中找到差距，感到公平，以更好的状态投入到下一轮的工作中。
科室具体绩效考核指标的确立要科学、全面，指标相关数据的可得性、及时性和准确性，这样才能引导医务人员提高技术水平，依靠技术和劳动获得阳光收入，并实行科室优化收入结构，形成有效激励和约束，这才是我们想要的科室二级分配制度。
