在建设工程施工合同纠纷中，当事人在执行程序中签订和解协议但未在两年内申请执行，是否已过执行时效的问题，法院的观点通常集中在和解协议的性质、执行时效的中断以及当事人的实际行为等方面。
和解协议对执行时效的影响
和解协议的签订通常被视为当事人之间就原债务的履行达成新的共识，可能构成执行时效的中断。在【（2022）粤1403民初198号】案例中，法院认为双方签订的和解协议是双方当事人真实意思表示，合法有效，双方应按合同履行。这表明和解协议可以视为双方对原债务履行条件的重新约定，可能对执行时效产生影响。
执行时效的中断与重新计算
执行时效可能会因为当事人的某些行为而中断，并从中断时起重新计算。在【（2022）川01民终16271号】案例中，二审法院认为正洪公司向强讯公司主张权利的诉讼时效期间自双方签订协议之日起至诉讼时效届满日止，正洪公司在诉讼时效届满前向强讯公司主张权利，构成诉讼时效再次中断。
当事人的实际行为
当事人在和解协议签订后的实际行为也可能影响执行时效的判断。如果当事人在和解协议签订后继续履行协议，可能会被视为执行时效中断的事由。在【（2023）京01民终11383号】案例中，法院认为某工程公司在收到某建设公司开具的工程款发票后长时间未支付剩余工程款，且在诉讼中主张时效抗辩，但考虑到某工程公司未积极履行结算义务，法院未支持其时效抗辩。
建设工程施工合同纠纷中，当事人签订和解协议后未在两年内申请执行，是否已过执行时效，需要综合考虑和解协议的内容、当事人的实际行为以及是否构成执行时效中断的情形。如果和解协议构成对原债务履行条件的重新约定，且当事人在一定期限内依据和解协议主张权利，可能会被认定为执行时效中断，从而不影响申请执行的权利。
