得知准噶尔军攻下西藏之后，康熙先后对西藏两次用兵。
康熙五十七年六月，康熙诏命湖广总督额伦特和侍卫色楞各率领2000精锐八旗兵由青海入藏，同时以四川提督康泰率2000名绿营兵从打箭炉出发，计划在拉萨会师。清军总兵力6000人且分成三部两路，无法集中兵力，犯了兵家大忌，而大策凌敦多布则有6000人，还有万余藏军支持，在对任何一路清军的兵力上都占有绝对优势。
额伦特和色楞率领4000名八旗兵在那曲喀喇乌苏河会师。大策凌敦多布全歼了这支清军。额伦特、色楞、司九经、康海等清军高级将领全部战死，是为喀喇乌苏之战。
北路4000清军全军覆没后，大策零敦多布立即调转马头携大胜之势，火速南下，歼灭了康泰率领的2000清军。至此，三路清军6000人全军覆没在雪域高原。
康熙五十八年，康熙帝不顾大臣们让他“放弃西藏”的反对意见，力排众议，决定再次对西藏用兵。皇帝命皇十四子允禵为抚远大将军，统帅大军，驻节西宁，指挥进藏平叛的各路清军；命熟悉康藏边情的四川巡抚年羹尧为四川总督，开辟由四川进藏的路线，筹足粮饷，开设驿站；册封塔尔寺的格桑嘉措为新的六世达赖喇嘛，以更广泛地团结广大藏军和青海各部；四是以护送达赖喇嘛为名，进兵西藏。
彼时的西藏，宗教领袖的作用非常重要。大策凌敦多布进藏袭击拉藏汗，本来打的也是挟持格桑嘉措的主意。
清军第一次进藏遭到惨败，是因为大策凌敦多布得到了藏人的支持。事后证明，以护送达赖喇嘛的名义出师西藏，让藏人选择支持清军一方而不再支持准噶尔，是清军入藏成功的重要原因。
康熙五十九年四月，清军两路大军正式从西宁、成都出发，向西藏挺进。北路军为主力部队，领军主帅为延信。授护军统领噶尔弼为定西将军，会合云南都统武格所部，由四川巴塘进藏，此为偏师。为了防止策妄阿拉布坦从准噶尔大本营派军入藏支持大策凌敦多布，康熙帝又命靖逆将军富宁安与振武将军傅尔丹，分别于巴里坤、阿尔泰策应进攻准噶尔本土。
大策凌敦多布率军在北路抵抗清军的主力，让四川方向出兵的清军获得了机会。噶尔弼麾下的汉人名将岳钟琪在这次军事行动中大显身手，屡立战功。
岳钟琪率兵突袭三巴桥，收降了藏人六个部落数万户民众，之后又设巧计捉拿了在全歼上次入藏清军康泰部2000人的战斗中立下大功的叛军猛将黑喇嘛。八月份攻下拉萨门户喇哩。正是乘胜进攻的时机，却接到了胤禵从青海传来的勿要轻举妄动的命令。岳钟琪积极向噶尔弼进言，认为“战机稍纵即逝”，希望主帅“相机行事”，速战速决，当长驱直入，直取拉萨。噶尔弼采纳了岳钟琪的意见，命令三军火速进兵拉萨，仍命岳钟琪为先锋。岳钟琪率部马不停蹄，日夜兼程，于八月二十三日攻下拉萨。
噶尔弼召集拉萨大小喇嘛，宣布清朝的政策，截断大策零敦多布的运粮道路，逮捕了101名支持准噶尔的喇嘛，使得清军稳固地控制了拉萨。
清军南路大军攻占拉萨，使得大策凌敦多布进退无据，只能带领残余的部队逃回了伊犁，其军队能够生还的仅仅只有500人，可谓损失惨重。九月初，北路军统帅延信偕同达赖喇嘛格桑嘉措也到达拉萨。格桑嘉措在布达拉宫举行了坐床典礼。
之前和硕特汗国拉藏汗立的六世达赖喇嘛意希嘉措也曾经得到过清廷的承认，但现在只能被废黜了。再加上之前的仓央嘉措，总共有两位六世达赖喇嘛被废黜。
虽然清廷册封格桑嘉措为“六世达赖喇嘛”，但由于之前的仓央嘉措很得藏人喜爱，民意不可违，仓央嘉措仍然得到承认为“六世达赖”，格桑嘉措自动成为七世达赖喇嘛。
由于准噶尔人在西藏的三年统治不得人心，藏族人民三年来受尽准军的蹂躏，对清军的到来表示了热烈的拥护和欢迎。在清军进藏过程中，各地藏族人民纷纷起义抗击准军，其中阿里的康济鼐、后藏的颇罗鼐、工布的阿尔布巴是几支较大的力量。在清军进军沿途的藏族人民，更是积极踊跃地为清军向导、运输，作出了巨大的努力。
康熙六十年春，清朝决定改革西藏的行政体制，废除了和硕特汗和第巴制度，委任数名直接由清廷中央领导的噶伦共同处理政务。“噶伦”意为“发布命令的官员”。当时清朝任命抗击准军有功的康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐等人为噶伦。
清朝对西藏管理体制的改组，标志着清朝正式开始在西藏地区实行行政管辖，使得西藏正式纳入到了清朝的版图。
