“改土归流”是雍正帝的大功绩，对于构造真正团结统一的中国具有至关重要的作用。
“改土归流”就是把西南地区的土司统治模式改为朝廷派任的流官统治模式。
土司制度由来已久。
由于西南地区丛林茂密，地形复杂，中原大军打下西南容易，但占领成本极高，所以朝廷在西南地区不派流官，而是委任世袭的土司在当地统治。唐宋时的土司制度为羁糜制度。土司所控制的州郡被称为羁糜州，土司遵守“世袭其职，世守其土，世长其民”的准则，羁糜州除土司们需要定期至首都朝贡外，普通民众并不需要负担中央政府的赋税。
元明时期，土司制度日趋完善。土司对朝廷主要有“唯贡、唯赋、唯兵”三大义务，即：向朝廷奉献贡品、缴纳赋税、在朝廷有军事行动的情况下出兵襄助朝廷。除了这三大义务之外，朝廷对土司的内部管理完全不干涉，土司在所辖地区就是“土皇帝”，一切军事、财政、人事大权都归土司所有。
土司是世袭的，但每次新土司继任，需要朝廷颁发的册书印信来确认其权力的合法性。土司各安疆界，朝廷保护每位土司的权益。如果内部有土民造反，在土司自己解决不了的情况下，可向朝廷寻求帮助请朝廷派兵镇压。土司之间有争斗攻伐，可以请求朝廷“主持公道”。
每逢改朝换代之际，土司要向新王朝宣誓效忠，得到新王朝的承认和印信，才能延续政权的合法性。新王朝给归顺的土司下发金、银、铜牌，铜印、号纸等凭据，表示该土司已经成为新帝国的边疆官员。所以，改朝换代不影响土司继续做土司，西南地区有的土司家族的统治时间长达上千年。
西南地区的土司跟朝鲜、越南这些藩属国不一样，藩属国不需要向朝廷纳税，土司要纳税。朝廷不对藩属国施政如何进行考核，但明清时期对土司有“考核制度”，虽然朝廷不干涉土司内部事务，但土司也不能做得太过分，搞得内部民不聊生是不行的。
改土归流起始于明代。洪武三年，朝廷将广西庆远南丹安抚司改置庆远府，以流官为知府；永乐十一年明成祖贵州建省，可视为改土归流之始。
明朝有大规模“改土归流”的想法是在万历年间。
万历二十七年，播州宣慰司杨应龙反叛。杨应龙作为播州土司，在率军为朝廷作战期间，屡有战功，被封为骠骑将军，并被授予都指挥使和飞鱼服。但是大明的赏赐并没能满足杨应龙的野心，他看到四川的明军实力孱弱，由此萌发了侵占整个四川的念想。杨家作为播州世袭罔替的土司，其势力错综复杂，极为庞大，整个四川都有杨家的关系和眼线。利用祖辈积下的的财产，杨应龙不断吞并其他土司的领地，渐渐成为了当地的土霸王。
由于杨应龙的侵略行径，当地的土司和官员将杨应龙的恶行尽数上报给中央，明朝政府意识到了问题的严重性，下令改派流官统治播州，并让杨应龙入渝受审。杨应龙不愿束手就擒，因此立即发动了叛乱。
当时，万历“抗日援朝”战争刚刚结束，万历帝派出在朝鲜半岛久经战火考验的军队很快平定了叛乱，杨应龙的土司兵不是朝廷大军的对手，战败之后自杀身亡，其家人被尽数俘虏，纷纷处斩。
播州之役让朝廷的国库花了不少银子。万历帝开始警惕土司叛乱的风险，着手“改土归流”。但万历朝已经是明朝走下坡路的时候了，“万历三大征”的胜利不过是大明的回光返照，万历帝的“改土归流”有心无力，手段相当柔软，只能把犯错、绝嗣的土司取缔，以流官代替；正常运营的土司，朝廷已经无力去动他们了。之后，努尔哈赤在东北崛起，明廷疲于奔命，大明的“改土归流”胎死腹中。
清朝入关之后，顺治年间清军与南明作战，完成统一，朝廷无暇顾及“改土归流”这种事情。康熙帝前期“平三藩”、“收台湾”、“击沙俄”、“战葛尔丹”，“改土归流”这种事也肯定不是值得朝廷重点关注的工作。
到了康熙朝后期，国家安定下来，人口日渐增长，在人口增长的压力下，清廷有向西南移民的需要。
本来西南地区的环境气候是承载不了太多人口的，中原人在那里生活也不适应，但明朝后期从海外传来的番薯、玉米等高产农作物改变了一切。番薯、玉米等作物，产量高，又适合西南地区的山地、湿热的气候，让朝廷在西南地区的占领不再是“入不敷出”，而是“相当划算”，“产出远大于消耗”。
因为云贵地区的土地可以耕种养活人口，内地过多的人口开始自发向西南迁移。朝廷为了缓解内地的人口压力，也鼓励内地多余人口移民西南。但是，西南是土司的地盘，他们阻碍汉人移民进入西南，仇视在西南定居的汉人，甚至发生了暴力流血事件。
土司们的行为显然是与朝廷的大政策相悖的。
雍正四年，云贵总督鄂尔泰给雍正帝上《改土归流疏》，明确提出：“云贵大患，无如苗蛮。欲安民必先制夷，欲制夷必改土归流。而苗疆多与邻省犬牙相错，又必归并事权，始可一劳永逸。”
鄂尔泰指出，由于土司制度的存在，以及土司对汉民的阻碍，“无人敢入土司盘踞之地，云南东川膏腴四百里无人敢垦”，云贵川桂四省相连地带土司势力猖獗，有事诸省相互推诿，治理不易深入；滇南澜沧江内外诸夷“无事近患腹心，有事远通外国，”由元迄明“代为边害”。无论从经济上还是政治上，都有了“改土归流”的必要性和操刀条件。
雍正是个做事雷厉风行的人。立即采纳鄂尔泰的建议，“改土归流”，取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理。
铁腕的雍正帝“恩威并用”，以“计擒为上，兵剿为下”为策略，优先争取土司自愿交出领地，配合朝廷者，委任以官职，赏赐银两；对土司中敢于顽固抗拒者，以武力消灭。
在雍正的决心之下，云南、湖南、广西、贵州、四川等地的土司纷纷主动“配合朝廷”，交出土司印信，只有少数几个土司不自量力，向中央挑战，比如广顺长寨土司等，但是其很快遭到了清军毁灭性的打击。
最后，土司们被雍正帝基本搞定，交出了权力。
之后，土司地区由朝廷统一派驻流官管理，与内地一样。在行政机构改革的同时，朝廷还推动原土司地区的“儒化”，其中主要包括通过设置官学、书院、义学等构建儒家教育体系、给予少数民族士子资助及科举名额优惠、重视对先儒先贤的祭祀、颁令禁止苗民诸多宗教祭祀活动及风俗习惯、推行三纲五常及忠孝节义观念等等途径。实现了从政治结构上和民众思想上建立了西南少数民族地区对中央的“归属感”，让几千年来的羁縻地区成为真正的华夏“王化之地”。
在雍正的努力下，导致西南地区出现一个个“半独立土司王国”的近千年的土司制度终于被彻底废除，从此，西南边疆再也不是半独立的区域，而是完全由中央派遣官员直接进行统治的省份，真正融入华夏。由此也彻底完成了西南地区的“大一统”，并让后任统治者们代代受益。
“改土归流”一直持续到清末，为巩固中华疆域发挥了关键作用。
