故事要从卫拉特蒙古准噶尔部首领僧格在公元1670年被杀时说起。
当时，僧格的长子策妄阿拉布坦只有五岁，区区孩童，完全无法掌控局面。危机之下，僧格的弟弟葛尔丹脱下僧袍，告别活佛的职业生涯，坐上了准噶尔部首领的大位。
按照卫拉特蒙古的习俗，僧格死后的首领位子应该是策妄阿拉布坦的。所以，葛尔丹声明：“因为侄儿年幼无法掌控局面，暂且由我葛尔丹担任首领。等侄儿成年了，我再把首领的位子还给他。”
至于僧格的妻子阿努夫人，按照蒙古“收继婚”的传统，也被葛尔丹收为妻室，从“嫂夫人”变成了葛尔丹的“夫人”。
葛尔丹雄才大略，坐上汗位之后，励精图治，富国强兵，东征西讨，一个强大的草原帝国迅速崛起。
葛尔丹本人也在内政、外交、军事等一系列成功中迅速积累了威望。
权力的滋味一旦尝过之后，就不想再放手了。本来当活佛的时候对俗世权力“清心寡欲”的葛尔丹，坐上汗位之后，就再也不想下来了。虽然他登位之初有承诺“等侄子策妄阿拉布坦成年，就会把汗位还给侄子”，但很明显，他并不想把汗位还给侄子。恰恰相反，他还在想方设法削弱策妄阿拉布坦的影响力和实力。葛尔丹所发布的一系列命令，初期都以葛尔丹、策妄阿拉布坦二人的名义共同发布。不过，当葛尔丹统一了准噶尔、征服了叶尔羌之后，就不再与侄儿联名发布诏令了，诏令上的名字只有葛尔丹一人。
在策妄阿拉布坦的心目中，叔叔葛尔丹的形象也是一个“英雄”。他是看着叔叔当上首领之后带着部落一步步走向辉煌的，他在叔叔麾下南征北战，积累了丰富的作战经验，学到了很多东西，对叔叔的能力非常钦佩。虽然从风俗上来讲他才是准噶尔汗位的继承人，但他之前并未当过大汗，没有感受过权力的滋味。既然没有得到过，也就感受不到失去的痛苦。
但很快，他将感受到一种“失去”的痛苦。
公元1679年，十四岁的策妄阿拉布坦准备娶妻了。他的妻子是鄂齐尔图的孙女阿海，二人早已定下婚约。虽然鄂齐尔图此时已被打败，可他无比的名望、显赫的家世，使草原上的任何部落头领，都愿意争先恐后来迎娶他的家族女性。阿海身份高贵，人也长得漂亮，正是青春年少的策妄阿拉布坦早就盼望着娶亲这一天的来临。
终于，到了准噶尔部派出迎亲队伍迎娶阿海的这一天，但策妄阿拉布坦却没能高兴起来，反而感觉到伤心和被严重羞辱。因为准噶尔部的迎亲队伍直接把阿海接到葛尔丹的帐篷里去了。葛尔丹也看上了这个身份高贵且貌美的姑娘，不顾她与侄儿之间已有婚约，把姑娘抢到了自己手中。
策妄阿拉布坦第一次感觉到执掌大权的叔叔竟然如此可恨。他与弟弟索诺木阿拉布坦提了刀剑闯入叔父葛尔丹的帐中责问。一番冲突之中，葛尔丹伤了策妄阿拉布坦的一只眼睛，这只眼睛永久失明了。
一只眼睛失明，对策妄阿拉布坦的打击是非常大的。他本来是草原上健壮英俊的帅小伙，现在却成了“独眼龙”。他的身体受到严重的创伤，心灵也跟着受伤，他的世界变得冷酷起来。
见到哥哥被叔叔弄瞎一只眼睛，索诺木阿拉布坦建议哥哥离开叔叔，独立出去，恢复父亲之位。但在失去一只眼睛后，遭受生活沉重打击的策妄阿拉布坦一瞬间变得成熟起来、厚黑起来。他知道，此时的葛尔丹如日中天，自己离开叔叔不光混不好，还可能让叔叔意识到自己已经对叔叔产生了怨恨，一旦叔叔对自己下手，自己肯定小命不保。策妄阿拉布坦选择“装出忘掉仇恨的样子”，继续为叔叔效力。1684年，策妄阿拉布坦奉葛尔丹命令领兵远征哈萨克，攻克了名城赛里木，擒获了哈萨克头克汗的儿子，并将他拘禁在自己的营帐内，圆满完成了葛尔丹布置的任务。
侄儿被自己弄瞎一只眼睛，却不怨恨自己，还接着给自己效忠做自己的左膀右臂，葛尔丹觉得很对不起侄儿，何况葛尔丹自己的汗位本来就该是侄儿的。愧疚之心让葛尔丹把水草肥美的牧场博尔塔拉赐给侄儿，又将吐鲁番、哈密给了侄儿作为领地，作为自己伤害了侄儿的“补偿”。
策妄阿拉布坦的亲妈就是此刻已经嫁给葛尔丹的阿努夫人。阿努夫人与葛尔丹朝夕相处，目睹葛尔丹的雄才大略，已经打心底里爱上了这位英雄；但当娘的也心疼儿子。为了消除丈夫和儿子之间的仇恨，阿努夫人替儿子重新定了门亲事，女方是青海和硕特蒙古固始汗之孙女。
不过，随着策妄阿拉布坦的年龄逐渐长大，军功逐渐积累，声望越来越高，部落内部关于“葛尔丹要在策妄阿拉布坦成年后将汗位还给策妄阿拉布坦”的声音也越来越大。在亲情和汗位面前，葛尔丹最终还是选择了汗位。
1689年，策妄阿拉布坦二十四岁，去年他刚刚娶妻。阿努夫人知道葛尔丹好色，担心这次葛尔丹再抢了儿子的美貌媳妇，于是亲自领兵千人，前去迎接新娘。
葛尔丹则趁侄儿沉浸在新婚之喜当中疏于防备时策划了一场针对策妄阿拉布坦的刺杀。策妄阿拉布坦侥幸逃过一劫，放了毒物的饮品被弟弟索诺木阿拉布坦喝下。
葛尔丹告诉策妄阿拉布坦：“你弟弟暴病身亡了。”策妄阿拉布坦伤心之余，却未曾提防葛尔丹。直到一名叫阿朗扎巴的喇嘛偷偷告诉策妄阿拉布坦说“你弟弟是被葛尔丹秘密毒死了，你若不逃，也必死无疑”，策妄阿拉布坦才知道真相，赶紧带了七名父亲僧格的旧臣与阿朗扎巴一起出走，沿途大批的准噶尔人追随他，很快就集结了五千人。
葛尔丹立刻带了两千兵马一路追击。在乌兰乌苏，葛尔丹追上了侄儿，问他：“你这是要干什么？”策妄阿拉布坦见叔叔还在装糊涂，将多年的怨气倾诉而出：“我原议婚之妻，你抢去了。我亲弟，被你毒死了。你现在仍然要计划杀我，你说我这是要干什么？难道要我等死吗？”
叔侄二人在乌兰乌苏展开一场大战，侄儿赢了叔叔。葛尔丹只好退兵，策妄阿拉布坦获得了立足的机会。
策妄阿拉布坦回到领地博尔塔拉，在博尔塔拉休养生息，招募父亲僧格的旧部，等待机会，好给叔父以沉重一击。但此时的策妄阿拉布坦与风头正劲的葛尔丹相比，实力差距太大，根本不是葛尔丹的对手。
好在葛尔丹也没把策妄阿拉布坦看在眼里，不认为策妄阿拉布坦是威胁。葛尔丹的野心很大，他要率兵东进，征服喀尔喀，统一蒙古，重现昔日成吉思汗的荣光。
如此一来，葛尔丹就成了大清的敌人。
葛尔丹成为大清的敌人，策妄阿拉布坦敏锐地发现了自己对大清的价值：可以牵制葛尔丹，让葛尔丹腹背受敌。于是，策妄阿拉布坦与大清展开“合作”。
对清廷来讲，策妄阿拉布坦的实力弱小，葛尔丹实力强劲，如果要想让策妄阿拉布坦有实力牵制强大的葛尔丹，必须得把他“培养起来”，因此扶持策妄阿拉布坦。
策妄阿拉布坦羽翼渐丰。葛尔丹不知道是没把策妄阿拉布坦看在眼里还是没想到策妄阿拉布坦竟然会偷袭他的后路，在1689年底，带了两万人离开科布多大营，东征喀尔喀蒙古。在葛尔丹于东方激战时，策妄阿拉布坦偷袭了葛尔丹的科布多老营，将葛尔丹将士的家属和牛羊牲畜掳掠一空，把阿奴夫人也带走了。
老天也不站在葛尔丹一边。在乌兰布通之战后班师的葛尔丹的部队感染了瘟疫，损失大半，再也不是策妄阿拉布坦的对手。是在桑结嘉措以五世达赖喇嘛的名义的协调下，策妄阿拉布坦才放回葛尔丹的人口和牲畜。从此以后，策妄阿拉布坦的实力正式超过了叔叔葛尔丹，在叔侄之间打交道时开始占据主动。
由于葛尔丹的领地夹在策妄阿拉布坦和大清之间，在葛尔丹没有覆灭之前，策妄阿拉布坦一直维持与大清之间的“友好关系”。
但策妄阿拉布坦也是个有野心的人，他不甘心做大清的小弟，也有一个建立蒙古帝国的梦想。
1697年，葛尔丹死后，三十岁的策妄阿拉布坦正式坐上准噶尔汗国的汗位。此年六世达赖喇嘛赐给他“珲台吉”的称号，并铸铁印赐给策妄阿拉布坦。
坐上汗位之后，策妄阿拉布坦开始大展拳脚，发挥他治国理政的才能。其内政、外交、军事、经济等方面能力不在葛尔丹之下。策妄阿拉布坦相对于葛尔丹更难对付的一点是：葛尔丹是活佛出身，做人不够阴，做事更有底线；而策妄阿拉布坦由于其成长经历，比葛尔丹多了一分阴险毒辣。
准噶尔人以往不重视农业，在策妄阿拉布坦的鼓励下，准噶尔部也开始从事农耕。他们栽培小麦、大麦、黍、南瓜、西瓜、葡萄、苹果等作物。在策妄阿拉布坦的统治下，被征服者得到善待，除了供奉寺庙外不用缴纳其他赋税。汗国的人民休养生息，经济实力迅速发展。
发展经济的同时，策妄阿拉布坦也非常注意加强军事实力。他命令准噶尔人开采铁矿，冶铁铸造刀矛、盔甲。当时的准噶尔人中负责铁器制造的有五千多户，负责制炮的则有一千多户。瑞典炮兵中尉列纳特在俄瑞战争中被俄国俘虏，因为擅长造炮被俄国留用。后来列纳特在对中亚进行考察时，又被准噶尔人俘获，并得到了策妄阿拉布坦的信任。列纳特发挥特长，帮助策妄阿拉布坦制造了各种型号的大炮，并成立了炮队，由他亲自指挥。
一个比葛尔丹当政时期实力更雄厚的准噶尔汗国出现了。
不久之后，野心勃勃的策妄阿拉布坦将再次吹响战争的号角。
