IF-14.7/Q1 多组学整合揭示脓毒性休克亚群差异:开发基于蛋白组学的个体化液体管理策略预测模型

文摘   2024-10-23 19:03   美国  

医学科研新动向

Nature Communications

<脓毒性休克>

脓毒性休克是一种高度异质性的危重症,其管理难点之一是液体复苏策略的选择。自由液体复苏可能导致液体过载,引发组织水肿、肺水肿和器官功能不全,而过度限制性液体管理可能引发低灌注,进一步加剧脏器损伤。现有的临床试验未能明确两种策略的优劣,原因可能在于脓毒症患者的异质性导致对液体复苏反应的个体差异。因此,个体化的液体管理策略成为未来研究的重点。多组学研究结合转录组学、蛋白组学和代谢组学等多层次数据,有助于揭示脓毒症患者对不同液体管理策略的异质性反应,进而开发用于指导个体化液体复苏策略的分子标志物和预测模型。本研究通过多组学数据整合分析,旨在识别对不同液体管理策略反应不同的脓毒症患者亚群,并开发基于蛋白组学的预测模型,以优化液体复苏管理。

研究设计

  • 研究对象本研究共纳入494名符合脓毒性休克诊断标准的患者根据不同医院的标准治疗方案,将患者分为限制性液体管理组和自由液体管理组研究分为训练组(352名患者)和验证组(142名患者),确保数据的独立性和结果的可推广性。

  • 组学数据获取与处理:

  1. 转录组学数据:通过高通量RNA测序,分析所有样本中61,792个基因的表达水平。过滤掉表达量低于100的基因,确保数据的统计学效力。采用LASSO回归筛选与液体管理策略相关的基因
  2. 蛋白组学数据:通过Olink®炎症面板对363种血浆蛋白进行定量,结合LASSO模型筛选与液体策略相关的蛋白标志物。
  • 亚群识别与受益评分构建:

  1. 利用LASSO回归结合交叉验证,识别出13个与液体策略相互作用的关键基因。基于这些基因,开发出限制性液体管理策略的受益评分。评分高的患者更可能从限制性液体策略中获益。
  2. 使用PAM聚类方法,将患者划分为两个亚型:炎症高反应亚型和炎症低反应亚型。研究进一步分析了不同亚型对液体管理策略的响应差异。
  • 统计分析与模型验证:生存分析使用Cox比例风险模型,结合时间依赖协变量,评估不同液体策略对患者生存时间的影响。模型的准确性通过ROC曲线下面积(AUC)评估,验证组数据用于模型外部验证。

  • 功能富集分析:对差异表达的基因和蛋白进行基因本体(GO)和KEGG通路富集分析,揭示其在炎症、免疫反应、代谢等生物学过程中的作用。

核心结果

1生存曲线分析

本研究将患者根据实际接受的液体策略与推荐策略的一致性分为四组,生存曲线显示了各组患者的生存差异。推荐和实际策略一致的患者生存率最高,尤其是限制性液体策略的患者生存效果较好(HR = 0.91, 95% CI: 0.82-1.53)。推荐自由液体但实际采用限制性液体管理的患者生存率最低,死亡风险显著增加,HR为5.00(95% CI: 2.40-10.44)。图2中的生存曲线表明,限制性液体策略对于部分患者可能具有保护作用,特别是在炎症反应较为严重的患者中。

2.  临床和转录组特征对比

在临床特征方面,限制性液体和自由液体策略组患者两组之间无显著差异,如年龄、性别和SOFA评分等。然而,转录组数据揭示了两组患者在基因表达上的显著差异。尤其是CLDN8(参与血管内皮通透性调控)、TPO(与血小板生成相关)和DIO2(甲状腺激素代谢相关)等基因在限制性液体策略组中表达显著上调,提示限制性液体策略可能通过调节血管功能和代谢途径改善患者预后。

3. 差异表达基因分析

差异表达基因分析显示,限制性液体策略组中的患者在多个关键基因的表达上显著高于自由液体策略组。图4展示了差异表达基因的火山图,限制性液体组基因CLDN8、IYD、DIO2的表达显著上调(p < 0.05),这些基因与血管内皮功能、炎症反应以及代谢调控密切相关。进一步的基因本体(GO)富集分析表明,这些基因主要参与细胞间黏附、血管通透性、炎症反应及甲状腺激素代谢通路,提示限制性液体管理通过多种生物学途径影响患者预后。

4. 脓毒症亚型识别

通过转录组数据的PAM聚类分析,研究识别了两种脓毒症亚型:亚型1表现出较高的炎症反应,IL-6等促炎基因显著上调,而亚型2则呈现较低的炎症反应。图5展示了两种亚型的基因表达特征以及不同亚型患者在限制性液体管理下的生存获益差异。Cluster 2患者更可能从限制性液体策略中获益,其生存时间较Cluster 1显著延长(p < 0.05)。

5. 蛋白质表达主成分分析

蛋白组学分析显示,限制性液体策略组的患者在多个蛋白质表达上与自由液体策略组存在显著差异。图6的主成分分析(PCA)表明,蛋白质表达模式能够区分不同液体策略的患者,其中GAL、CSF3和NFASC等蛋白在限制性液体策略组中表达显著上调。蛋白质表达谱的变化与SOFA评分的高低密切相关,表明这些蛋白在患者病情严重程度中的作用。

6. 基于蛋白组学的预测模型

通过LASSO回归模型,研究筛选出6种与液体策略反应相关的关键蛋白(CSF3、GAL、MICB_MICA、NFASC等),并基于这些蛋白构建了预测模型。图7展示了该模型的受益评分和ROC曲线,预测患者从限制性液体策略中获益的AUC为0.802(95% CI: 0.752-0.846)。该模型在预测患者对液体策略反应方面表现出较高的精度,有望用于临床指导个体化液体复苏策略。


  • 研究目标明确
    本研究通过多组学数据整合,旨在识别脓毒性休克患者中对不同液体管理策略反应的亚群,探索个体化液体复苏策略的可行性。

  • 多组学数据整合分析
    研究结合了转录组学和蛋白组学数据,通过LASSO回归模型筛选出与限制性液体策略相关的基因和蛋白,揭示了限制性液体管理对特定亚群患者的潜在保护作用。

  • 蛋白组学预测模型开发
    通过蛋白组学分析,研究开发了一个由6种蛋白组成的预测模型(如CSF3、GAL等),该模型能够准确预测患者是否从限制性液体策略中获益,AUC达到0.802。

  • 亚群识别与临床应用潜力
    研究通过PAM聚类分析,识别出两种不同的脓毒症亚型。结果显示,炎症反应较低的亚型患者更可能从限制性液体管理中获益,提示个体化液体管理策略的潜在应用价值。

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