IF-11/Q1 | 铜死亡相关长链非编码RNA JPX通过miR-193b-3p/PLAU轴调控头颈部鳞状细胞癌中的作用机制

文摘   2024-11-10 22:56   美国  

医学科研新动向

Cuproptosis-related lncRNA JPX regulates malignant cell behavior and epithelial-immune interaction in head and neck squamous cell carcinoma via miR-193b-3p/PLAU axis

Int. J. Oral Sci.

<2024年11月10日>

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是一类起源于鳞状上皮的恶性肿瘤,主要影响口腔、咽喉和喉部,在全球癌症发病率中位列第八位。尽管手术、放疗和化疗为HNSCC患者提供了有效的治疗手段,但由于肿瘤的高度异质性,这些疗法的疗效往往受到限制。近年来,免疫治疗的进展为部分HNSCC患者带来了显著的临床获益,但依然面临多重耐药性机制的挑战。铜死亡(cuproptosis)是一种依赖于铜的细胞死亡方式,与线粒体呼吸密切相关。癌细胞通常表现出对铜的较高需求,而铜代谢异常在多种癌症中被广泛观察到。然而,铜死亡在HNSCC中的具体作用机制仍未明晰。在此背景下,本研究着重探讨了一种与铜死亡相关的长链非编码RNA(cuproptosis-related lncRNA,CRL)JPX在HNSCC中的作用,揭示了JPX通过与miR-193b-3p和PLAU的交互在上皮-免疫相互作用和恶性细胞行为中的调控机制。

研究设计

1. 样本收集与处理:收集了6例HNSCC和相应的健康对照样本,进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析,同时获取了502例HNSCC患者的基因组数据。
2. 铜死亡基因筛选:通过随机森林(RF)模型分析,筛选出与HNSCC相关的关键CRL——JPX,构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络以探讨JPX在细胞间信号传导中的作用。
3. 细胞实验:在HNSCC细胞系CAL27中进行JPX敲低和过表达实验,分析其对细胞增殖、迁移和存活的影响。使用ROS检测、免疫荧光、Ki-67染色等方法评估细胞状态和标志物表达。
4. 生存与亚型分析:通过Kaplan-Meier生存分析评估HNSCC不同CRL亚型的预后差异,进一步分析亚型A和B的免疫细胞图谱。
5. 免疫细胞与上皮细胞相互作用:使用CellChat分析评估上皮细胞与免疫细胞之间的配体-受体相互作用,验证JPX/miR-193b-3p/PLAU轴在HNSCC中调控免疫微环境的潜在机制。

核心结果

1:铜死亡相关基因在HNSCC中的表达差异

  • 活性氧含量:在HNSCC组织中,ROS含量显著高于健康对照,提示HNSCC细胞处于高氧化应激状态。
  • 铜离子含量:两组间的铜离子含量无显著差异。
  • 抗铜死亡蛋白表达:在HNSCC组织中,LIAS和FDX1的表达水平显著上调,表明这些抗铜死亡蛋白在HNSCC中可能具有保护作用。
  • 细胞类型:UMAP图显示,HNSCC组织中的上皮细胞和免疫细胞比例显著增加。
  • 预后CRL基因:Cox回归分析识别了19种与HNSCC预后相关的CRL基因。

2:HNSCC的CRL亚型分析

  • 亚型分类:HNSCC患者被分为亚型A和B。

  • 生存率差异:亚型A的患者生存率显著高于亚型B(P=0.002)。

  • 免疫细胞分布:亚型A富含B细胞和CD4+记忆T细胞,而亚型B中抑制性免疫细胞(如Tregs和MDSC)显著增多。

  • 免疫检查点分子:亚型B中CD276、CD47等免疫检查点分子高表达。

3:JPX在HNSCC上皮细胞中的富集

  • JPX表达位置:JPX主要聚集在HNSCC的恶性上皮细胞,尤其是在Epi 1.4亚群。
  • 细胞增殖影响:在CAL27细胞中,敲低JPX显著增加细胞死亡,并降低Ki-67表达,而过表达则促进细胞增殖。
  • 细胞死亡率:JPX敲低组的细胞死亡率显著高于对照组。

4:JPX通过miR-193b-3p/PLAU轴调控HNSCC

  • JPX与生存率:JPX高表达患者的生存率较低。
  • Cox回归分析:JPX表达水平显著影响HNSCC患者的生存。
  • 药物敏感性:JPX高表达的HNSCC亚群对Tozasertib、Brivanib和Axitinib敏感。
  • ceRNA网络:JPX通过miR-193b-3p调控多个下游基因的表达。

5:miR-193b-3p过表达对JPX诱导的恶性行为的抑制作用

  • 细胞增殖抑制:过表达miR-193b-3p显著抑制JPX过表达导致的CAL27细胞增殖。
  • 细胞存活率:miR-193b-3p过表达显著增加细胞死亡率。
  • 细胞迁移:miR-193b-3p过表达显著抑制CAL27细胞的迁移能力。
  • 伤口愈合:miR-193b-3p过表达降低了细胞伤口愈合的速率,从45%降至22%。

6:JPX通过miR-193b-3p上调PLAU表达

  • PLAU表达上调:在JPX过表达组中,PLAU表达显著上调,而在miR-193b-3p过表达组中则显著下降。
  • 免疫荧光:PLAU的蛋白表达主要在HNSCC上皮细胞中显著增高。
  • 数据验证:数据库分析显示,PLAU在HNSCC患者中表达显著高于健康对照。

7:JPX/miR-193b-3p/PLAU轴在HNSCC恶性行为和预后中的作用

  • PLAU在肿瘤中的分布:PLAU主要分布在HNSCC的恶性上皮细胞中。
  • PLAU与分期:在HNSCC的T高期患者中,PLAU表达显著升高。
  • Ki-67和PLAU的表达:HNSCC组织中,Ki-67和PLAU的表达显著高于健康对照,表明活跃的细胞增殖和恶性行为。

8:JPX、miR-193b-3p和PLAU表达与HNSCC预后的关系

  • 表达水平与生存率:JPX高表达组中的患者更可能表现出miR-193b-3p低表达和PLAU高表达,且死亡比例较高。
  • 药物敏感性:PLAU高表达的患者对Dasatinib、Midostaurin和Palbociclib较为敏感。

9:HNSCC中上皮-免疫细胞的相互作用

  • 配体-受体交互:上皮细胞和免疫细胞之间的交互在HNSCC中显著增强,尤其是与巨噬细胞的交互。
  • 免疫效应:PLAU调控的基因富集在免疫效应相关通路中,进一步验证了PLAU在免疫调控中的作用。

10:PLAU与免疫细胞中的PLAUR受体交互

  • PLAUR分布:PLAUR主要表达在巨噬细胞中,进一步确认PLAU-PLAUR的相互作用可能促进上皮-免疫交互。
  • 蛋白表达:HNSCC患者中,PLAUR的mRNA和蛋白水平高于健康对照。

11:巨噬细胞中的SPP1在免疫交互中的作用

  • SPP1表达:SPP1在HNSCC中的表达显著升高,患者SPP1高表达与更差的预后相关。
  • 细胞间交互:SPP1的配体SPP1–CD44在巨噬细胞与其他免疫细胞间存在显著交互,表明SPP1可能通过调控免疫细胞间信号增强HNSCC的恶性特征。


该研究的核心发现的简要总结:

1. JPX的高表达促进HNSCC恶性行为:JPX在HNSCC上皮细胞中富集,尤其是在恶性上皮细胞中,显著促进了细胞增殖、存活和迁移等恶性行为。
2. JPX通过miR-193b-3p/PLAU轴调控HNSCC细胞行为:JPX通过抑制miR-193b-3p的表达,进而上调PLAU,形成了一个调控轴,直接影响了HNSCC的肿瘤细胞行为。
3. CRL亚型与患者预后显著相关:基于CRL的亚型划分显示,亚型A患者的生存率显著高于亚型B,两者在免疫细胞组成和免疫抑制水平上存在差异。
4. PLAU在HNSCC中的关键作用:PLAU在HNSCC上皮细胞中高度表达,通过与免疫细胞表面的PLAUR受体结合,可能影响了肿瘤微环境中的上皮-免疫细胞相互作用。
5. JPX/miR-193b-3p/PLAU轴可能作为HNSCC治疗靶点:JPX、PLAU和miR-193b-3p的表达水平与HNSCC患者的预后和药物敏感性相关,提示该轴可能成为HNSCC的潜在治疗靶点。
6. SPP1在巨噬细胞和其他免疫细胞中的交互作用:SPP1在HNSCC患者中的高表达,尤其是巨噬细胞和其他免疫细胞之间的SPP1–CD44交互,进一步加强了HNSCC的免疫微环境复杂性。

-END-

文字丨本人点滴积累,如有补充,下方留言即可

(左下角点击阅读原文”即可获取全文

医学科研新动向
每日分享-相关领域包括:MIMIC、NHANES、SEER、GEO、TCGA、CHARLS等公共数据库最新研究成果解读。深入剖析机器学习、生信分析与临床流行病学研究方法。
 最新文章