IF-21.2/Q1 基于单细胞RNA测序的人类小胶质细胞异质性分析-跨疾病亚型识别及其功能调控潜力

文摘   2024-10-16 19:12   中国澳门  

医学科研新动向

Nature Neuroscience

<小胶质细胞>

小胶质细胞是中枢神经系统的固有免疫细胞,在神经发育及神经病理过程(如阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化)中发挥关键作用。然而,现有研究主要基于小鼠模型或单核RNA测序技术(snRNA-seq),对活体人类小胶质细胞异质性的理解仍不完善。为了弥补这一局限,本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自不同神经退行性疾病患者的活体小胶质细胞,系统性地描绘了其在不同疾病中的转录状态和功能特征,并通过体外模型验证了特定亚型的功能,最终为开发靶向调节小胶质细胞状态的治疗策略提供了基础数据资源。

研究设计

设计与方法:

  1. 样本采集与处理:研究从74名捐赠者的多种神经退行性疾病样本中分离小胶质细胞,覆盖了不同的大脑区域。

  2. 单细胞RNA测序:对分离出的CD45+细胞进行单细胞RNA测序,使用10x Genomics平台分析数据,识别出12个主要的小胶质细胞亚群。

  3. 亚型鉴定与验证:使用MERFISH和RNAscope技术进行亚群验证,并结合模型系统进行体外验证,最终筛选出一些可调控小胶质细胞状态的化合物。

核心结果

1.小胶质细胞亚型的标志基因和共有表达程序

此图通过UMAP投影展示了12种不同的小胶质细胞亚型。标志基因图中,细胞簇根据它们表达的核心标志基因被明确区分开来,如C1QA、AIF1等,这些基因与小胶质细胞的身份密切相关。热图显示了不同亚型的差异表达基因,表明了它们在免疫反应、增殖和抗原呈递等功能上的差异。

2. 小胶质细胞状态转变的复杂轨迹

该图揭示了小胶质细胞不同亚型之间的代谢和功能差异。通过对不同簇的转录组特征进行机器学习分类,显示了代谢途径和免疫功能之间的差异。图中说明了一条主要的代谢分界线,将参与氧化磷酸化和蛋白代谢的亚型与参与含氮代谢的亚型区分开来,突出展示了这些亚型在功能上的分化。

3. 小胶质细胞亚型在不同疾病和脑区中的分布

此图通过堆叠条形图和UMAP展示了小胶质细胞亚型在不同疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、MS等)和脑区(如前额叶皮层、海马等)中的分布。结果显示,不同疾病的样本中虽然微胶质细胞亚型的比例有所不同,但在大多数样本中,簇1到簇6的亚型占主导地位,提示了这些亚型可能与疾病的共性相关。

4. 特定小胶质细胞亚型与疾病易感基因的关联

该图展示了不同小胶质细胞亚型与神经退行性疾病和精神疾病相关基因的富集分析结果。图中显示,簇1和簇6与阿尔茨海默病、帕金森病和抑郁症相关基因显著富集,簇10与多发性硬化和精神分裂症相关基因显著富集,暗示这些亚型在不同疾病中的潜在作用。

5. 通过RNAscope验证体内小胶质细胞亚型

此图结合了免疫荧光染色和RNAscope技术,验证了体内不同的小胶质细胞亚型的存在。通过CD74和CXCR4标志基因的染色,研究在多个大脑切片中识别出了小胶质细胞亚型,并发现簇8和簇10的亚型与抗原呈递和免疫细胞相互作用相关。

6. 将小胶质细胞亚型映射到不同模型系统中

该图展示了研究使用不同模型系统(包括iPS细胞衍生的小胶质细胞和ROSAMP单核RNA测序数据)进行标签转移的结果。通过UMAP投影,不同数据集中的细胞被成功映射到不同的小胶质细胞亚型,证明了这些模型在捕捉人类小胶质细胞异质性方面的有效性。

7. 化学干扰剂在体外重现特定小胶质细胞亚型的转录特征

此图展示了使用Connectivity Map分析预测的化学干扰剂对小胶质细胞亚型的转录调控效果。通过qPCR分析发现,Camptothecin、Torin-2等化合物可以分别上调簇10和簇1/6的标志基因,并通过RNA-seq和蛋白质组学验证了这些化合物在诱导特定小胶质细胞亚型转变中的有效性。


  • 识别小胶质细胞的异质性:通过单细胞RNA测序技术分析了215,680个活体小胶质细胞,来自74名捐赠者的不同神经退行性疾病患者。这些细胞分为12个亚型,每个亚型在功能和代谢方面展现出不同的特征。例如,簇1细胞富含ITPR2和SORL1等基因,表明其在疾病中的功能相关性。

  • 特定疾病相关的小胶质细胞亚型:研究发现簇5和簇6的小胶质细胞与多发性硬化症(MS)基因显著富集(p < 0.01),而簇1和簇6则与阿尔茨海默病(AD)和帕金森病(PD)相关基因显著富集(p < 0.01)。例如,簇1中富含的MEF2A基因与AD病理显著相关。

  • 亚型验证与化合物调控:通过MERFISH和RNAscope技术验证了体内小胶质细胞亚型的存在,发现CXCR4在簇8中显著表达。化合物Camptothecin通过体外实验下调了簇1/6的标志基因(如QKI),同时上调了簇10标志基因(如HLA-C),进一步验证了化学干扰剂对亚型状态的调控效果。

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