6.0/Q1,南京医科大学利用基因组学与蛋白质组学的综合分析揭秘氧化应激与糖尿病的因果链

文摘   2024-11-04 18:37   陕西  

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文章标题:Causal Effects of Oxidative Stress on Diabetes Mellitus and Microvascular Complications: Insights Integrating Genome-Wide Mendelian Randomization, DNA Methylation, and Proteome

中文标题:氧化应激对糖尿病和微血管并发症的因果影响:整合全基因组孟德尔随机化、DNA 甲基化和蛋白质组的见解

发表期刊:Antioxidants(Basel)

发表时间:20240726

影响因子:6.0/Q1

研究背景

糖尿病及其微血管并发症如糖尿病肾病和视网膜病变严重影响患者生活质量,氧化应激在糖尿病的发病机制中扮演关键角色,但其遗传机制尚未完全阐明。本研究通过整合多组学数据,探索氧化应激相关基因与糖尿病及其微血管并发症之间的遗传联系。

研究方法

研究者采用基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)分析共定位分析,结合DNA甲基化基因表达蛋白质丰度的定量特征位点数据,评估氧化应激相关基因与糖尿病及其微血管并发症之间的相关性,并确定是否共享因果遗传变异。通过这种方法,研究揭示了氧化应激基因与糖尿病风险之间的潜在因果关系。

研究结果

1.Cis-eQTL 和糖尿病结局的 SMR 分析

通过FDR校正控制全基因组错误,应用HEIDI测试,发现TP53INP1基因与2型糖尿病、糖尿病肾病和视网膜病变风险正相关,而CYP2E1和G3BP2基因表达与之负相关。

2.顺式-mQTL 和糖尿病结局的 SMR 分析

控制多重测试后,研究发现T2D、T1D、DN和DR的多个遗传位点与氧化应激基因甲基化水平相关,其中CEBPB与DN风险正相关,而DUSP1的甲基化与T1D风险负相关。

3.mQTL 和 eQTL 数据的 SMR 分析

SMR分析发现甲基化影响氧化应激基因表达,TP53INP1和CHEK1甲基化与糖尿病并发症风险相关,SUOX表达与糖尿病视网膜病变风险降低有关。

4.敏感性分析

敏感性分析验证了CYP2E1、TP53INP1等基因与糖尿病的显著关联,未发现水平多效性,TP53INP1与T2D及SUOX、PRKD2与DR的异质性显著。

文章小结

本研究通过总结数据的孟德尔随机化分析,探讨了氧化应激相关基因糖尿病其微血管并发症之间的因果关系,识别出TP53INP1、CHEK1和SUOX等关键基因。研究揭示了甲基化对基因表达的调控作用,强调了TP53INP1在2型糖尿病和糖尿病肾病中的保护作用,为糖尿病的病理机制和潜在治疗靶点提供了新见解,推动了多组学研究在糖尿病领域的应用。(对这种思路感兴趣的老师,欢迎联系小编!

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