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文章标题：Multi-omics analysis identifies CpGs near G6PC2 mediating the effects of genetic variants on fasting glucose
中文标题：多组学分析鉴定出 G6PC2 附近的 CpG 介导遗传变异对空腹血糖的影响
发表期刊：Diabetologia.
发表时间：20210412
影响因子：8.4/Q1
研究背景
该研究聚焦于跨种族的血糖特征遗传学，通过精细定位揭示G6PC2基因附近的CpG位点如何介导遗传变异对空腹血糖的影响。
研究方法
研究者运用多组学分析方法，结合基因组学和流行病学数据，对G6PC2基因附近的CpG位点进行精细定位，以识别影响血糖特征的遗传变异，并探讨其功能特性。
研究结果
1.GWAS 分析
GWAS分析显示，TWB、HALST和SAPPHIRe队列的p值分布不同，TWB研究功效更高。使用ANNOVAR注释重要SNP，827个SNP位于已知基因座，18个独立SNP在TWB2复制成功，解释约7.1%的表型方差。
2.meQTL 评价
评估了18个SNP作为meQTL，发现它们附近至少有一个CpG，表明它们可能参与影响空腹血糖和DNA甲基化。
3.MR 分析
关键SNP-CpG对用于MR分析，7个CpG与G6PC2基因相关，显示与空腹血糖的因果关系。这些CpGs通常位于基因附近，与rs2232326相关，部分甲基化，3个高度相关。
4.MR 分析结果的复制分析
SNP rs2232326在数据中MAF为0.048，但在欧洲人群中罕见，导致MR复制困难。假设CpGs可能介导G6PC2中不同SNP对空腹血糖的影响。从文献SNP中提取G6PC2附近148个SNP，发现两个影响3个CpG的meQTL。双样本MR分析显示，G6PC2中CpGs可能介导不同SNP对不同人群空腹血糖的影响。
文章小结
本研究通过多组学分析揭示了G6PC2基因附近CpG位点与遗传变异对空腹血糖的影响，创新性地识别了影响血糖特征的功能性G6PC2编码变异，并定义了G6PC2-ABCB11位点的效应转录本。研究不仅精细定位了相关遗传标记，还探讨了其对DNA甲基化的影响，为理解血糖调控机制提供了新的视角。对这种思路感兴趣的老师，欢迎联系小编！
