当下，酒花在啤酒酿造中得到了前所未有的关注，酵母却总被忽略。实际上，如果没有酵母的催化，麦芽汁不过是一锅糖水，发酵的好坏在某种程度上决定了酿造的成败，甚至酵母的选择还影响着啤酒的风格和风味特征。
15 世纪中期前，发酵被视为一种自然力量，酿造活动大多依赖于酿酒师的经验。野生酵母是当时自发酵过程中的主角，不仅不够稳定，还容易受杂菌感染。每当气温升高，酸性细菌入侵，啤酒就有可能变酸，甚至无法饮用，令酿酒师头疼不已。通过不断的观察总结，酿酒师学会了收集发酵容器中的「沉淀物」，并运用到下一次酿造来稳定啤酒的质量，各个酿造点逐渐驯化出自己的酵母。之后，随着科学和酿造技术突飞猛进，酵母掀开神秘面纱。1680 年，列文虎克首次利用显微镜观察到酵母细胞。
经过近现代的培育，如今酵母的品种数不胜数，根据发酵方式可分为两大类：艾尔酵母（Saccharomyces Cerevisiae，也叫酿酒酵母）和拉格酵母（Saccharomyces Pastorianus）。
大概在中世纪，艾尔酵母就被广泛运用于酒类酿造、面包生产等。艾尔酵母喜暖，工作环境需高于 20℃。在发酵过程中，它不断向上移动，与大量泡沫一起堆积在发酵麦汁的顶层，产生大量酯类。这些酯类是啤酒水果风味的来源，通常被描述为柑橘、苹果、梨和热带水果等味道。传统上，发酵在开放式发酵罐中进行，暴露在外部环境中的艾尔酵母，极容易被污染。同时它的发酵速度很快，过程中产生大量热量。当酿造量过大，热量增加过多时，高温会让发酵液局部变质，很难大规模生产。但得益于较高的发酵温度，使用艾尔酵母制作的啤酒拥有丰富的风味物质，表现出复杂的香气和口感。艾尔啤酒的种类多样，最常见的有淡色艾尔（Pale Ale，旗下包括印度淡色艾尔 IPA）、比利时艾尔（Belgian Ale）、棕色艾尔（Brown Ale）、兰比克（Lambic）、波特（Porter）、世涛（Stout）……从轻盈的果香到浓郁的麦芽香，或者烟熏、酸味等都能在艾尔啤酒中找到。
拉格酵母由艾尔酵母和 Saccharomyces eubayanus 酵母杂交得来，历史可追溯到 15 世纪。Saccharomyces Eubayanus 是一种来自 Patagonia 的野生酵母，抗寒性强，拉格酵母遗传了这一特点，在低温下才能良好运行（约 7～13℃）。不同于自然界中随处可见的艾尔酵母，拉格酵母一般只出现在人类发酵活动相关的场所。在发酵时，拉格酵母会沉到发酵罐底部，发酵速度也更缓慢。使用拉格酵母制作的啤酒包括拉格（Lager）、皮尔森（Pilsner）、美式拉格（American Lager）、德式拉格（包括 Märzen、博克 Bock）等等。拉格啤酒低温发酵后，往往还需要低温保存一段时间。拉格一词来自于德语 Lager，意为储存，指的便是低温储藏的过程。
由于慢速低温发酵，发酵更彻底，产生较少代谢产物，拉格酵母赋予了啤酒更加干净爽口的风味，主要体现水、麦芽和啤酒花的风貌。低温发酵能够抑制细菌和野生酵母的生长，底层发酵也使得拉格酵母不容易被感染。19 世纪，拉格酵母开始广泛运用于酿造，制冷技术的工业化使得拉格啤酒得以大量生产。这也带来了一定的负面影响 —— 啤酒种类的丰富度不断下降，直到 20 世纪中叶，精酿啤酒风潮来袭，才再次迎来辉煌。
为了对抗口味单一的商业啤酒，追求风味的有趣性和丰富性，越来越多的啤酒爱好者和从业者致力于提高啤酒的可玩度。精酿啤酒最先在美国形成崛起的势头，美国拥有先进的农业生产技术，在酵母培养方面拥有较大优势。参与酵母培养的既有专业的酵母生产商，也有大小酒厂，还包括一些硬核的家酿爱好者。
一些酒厂开始和研究机构或者酵母制造商合作，探寻酵母菌种的更多可能。法国发酵公司 Lesaffre 旗下负责发酵饮料的品牌 Fermentis 曾和酿酒厂合作，尝试开发能够酿造无酒精或低酒精啤酒的的酵母。这类酵母既要不参与酒精转化，又要能产生类似啤酒的香味物质。最后，研究人员筛选出麦芽糖阴性酵母 Saccharomyces chevalieri。
越来越多酿酒厂尝试通过现有的丰富酵母菌株库，研发出新品种啤酒，在市场获得出人意料的反馈。有的则从自然环境中寻找新的野生酵母，尝试驯化，利用自然多样性和进化的力量为酿酒师不断提供「新灵感」。在啤酒从业者的不断努力下，酵母品种贫瘠化的问题逐渐得到解决。虽然一些酵母从名字看五花八门，但追根溯源，它们可能都来自于同一种酵母，在不同酿酒师手里优化，生出众多变种，就好像树上蔓延出的枝干一样。大多数艾尔酵母菌株都是艾尔酵母的亚株，但为啤酒贡献了不同的风味和香气。即便是同一种菌株， White Labs、Wyeast、Brewing Science Institute 等不同酵母商生产出的产品，在酿造时也会表现出微妙差异。
按照不同的啤酒风格，酵母也可以被分为许多大类。以艾尔酵母为例，可以分为美国艾尔酵母、英国艾尔酵母和比利时艾尔酵母等。美国艾尔酵母以一种相对温和中性的风味闻名，酵母味较淡，带有微妙的果味，如柑橘或热带水果，在酿造美式淡色艾尔啤酒中高频使用。它能让啤酒花和麦芽成为风味的中心，同时增加成品中类似柑橘、菠萝的果味。美式艾尔 II 菌株（American Ale II）、丹尼的最爱（Denny's Favorite）也是酿造美式淡色艾尔时的常客。
英国艾尔酵母的一些菌株如 British Ale II 菌株可以产生类似核果的香气，例如杏、桃子，同时还会伴随表现为麦芽香气的面包味。过去十年新英格兰 IPA 风格越来越受到欢迎，其中柯南（Conan）菌株功不可没，以富有果味和为啤酒增加浑浊感而闻名，这些都是新英格兰 IPA 的标志。伦敦艾尔 III 饱满、柔和又具备苹果、梨以及芒果的风格也为新英格兰 IPA 的风味添砖加瓦。
比利时艾尔酵母为啤酒带来的风味则更为复杂，不仅有明显的酵母味和列斯樱桃、香蕉等果味，还会有酚类物质类似胡椒和丁香的辛辣味。Abbey 和 Trappist 菌株具有标志性的果味，同时帮助产生酚类物质（辛辣味），是让饮用者一口就能认出的比利时特征。
啤酒酿造中一个比较特殊的存在是酸啤，声名远扬的比利时酸啤兰比克（Lambic）大量使用野生酵母和细菌参与发酵。麦芽汁被置于凉爽的容器中，敞口过夜后当地特有的野生酵母和细菌进入麦汁中，呈现风土特色。酒香酵母（Brettanomyces）是酸啤发酵中的常客，能带来皮革、马厩的狂野味道。如今酒香酵母也可以从酵母供应商处购得，常见的有 Brett Brux、Brettanomyces Claussenii、Brettanomyces Lambicus 三种菌株。虽然传统上 Brett Brux 被认定为野生酵母，不过既然能从酵母供应商那里购买，在某种程度上是不是也可以被视为驯化酵母呢？现代微生物技术使得野生酵母和驯化酵母的界限越来越模糊，大自然的魅力和人类的智慧在酵母身上得以结合。
寻找发酵风味、啤酒花、麦芽和水 4 种成分之间的平衡是酿酒师终其一生的功课。培育酵母打开了通往啤酒新世纪的大门，而多样化的酵母品种则为啤酒的风味之路打下了基础。酵母，赋予酿造以自由。
