药物化学家必看系列!新型生物电子等排体:3,3-二氟氧杂环丁烷的合成和应用!Enamine牛掰!

文摘   2024-08-26 09:02   四川  
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背景介绍
在药物化学及相关领域中,官能团通常扮演几个重要角色,它们不仅负责有机分子的化学转化,还负责建立特定的配体-靶标相互作用,并改善药物设计中的关键理化生物特性。经典官能团的例子包括羧酸衍生物(如酰胺和酯)、醚、胺或卤素。近十年来,由于氟原子的独特性质,药物化学对含氟基团的关注日益增加。这些性质包括增强的抗代谢降解能力、对pKa和LogP的显著影响,或与N–H、C–H和C=O片段建立弱相互作用的能力。氟化模式的类型对含氟取代基的整体效应有深远的影响,因此设计和实施新型氟化基团对现代药物发现具有特别重要的意义。
近年来,对富含sp3杂化碳原子的潜在药物物质的兴趣激增,导致在药物化学中更多地利用小环烷基团及其杂环类似物。直到21世纪初,四元环氧(oxetane),作为环丁烷环的含氧类似物,一直未能受到药物发现活动的青睐,直到它作为亲水性双甲基或代谢稳定的羰基替代物的应用被证明。从那时起,文献中报道了大量以氧杂环丁烷为中心的研究,揭示了这种环作为生物等排体的核心地位。随着对2-取代氧杂环丁烷的兴趣增加,将含氟取代基应用于调节稳定性和/或其他分子属性的方法,可以被视为开发新型基于氧杂环丁烷的官能团的有前景的方法。
本期小编就给大家介绍一种新型的氟代氧杂环丁烷结构:3,3-二氟氧杂环丁烷(3,3-difluorooxetane, 3,3-diFox)它类似于许多常见的官能团(例如,酯或酰胺、缩醛、小(环)烷基等),具有作为生物等排体的巨大潜力。本文实现了多克级合成3,3-diFox片段化合物,并研究了众多的生理化学(即酸/碱度、亲脂性、Hammett常数)、结构和电子属性,以及模型衍生物的化学稳定性和生物活性。该工作目前是在上ChemRxiv,还算不上正式发表。(ttps://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-c9p3f OR

图片来源:ChemRxiv
值得一提的是,该工作是有乌克兰基辅舍夫琴科基辅共和国国立大学和Enamine(很牛掰的公司)共同发表。Dedicated to the people of Ukraine,小编必须给他们点个赞!👍
合成路线
以前,多氟化氧杂环丁烷的制备是通过形式上的[2+2]环加成、分子内自由基环化或氟化烯醇盐和羰基化合物的碱促进反应完成的;所有这些方法都难以扩展到3,3-二氟氧杂环丁烷的合成。目标3,3-二氟氧杂环丁烷核心的构建可以通过2,2-二氟-3-卤代醇6的分子内亲核取代来实现(方案1)。
图片来源ChemRxiv
首先,合成了带有N-Boc保护的胺或芳基溴化物的β-溴代酮5a-e。用NaBH4还原化合物5a-e可以干净地得到醇类6a-e,产率良好至优秀(73-98%)。在评估了关键环化步骤的几种反应条件后,发现t-BuOK在THF中给出了最好的结果(表1)。通过这种方式,N-Boc保护的衍生物4a-d和芳基溴化物4e分别以40-72%的产率在两步合成中被成功合成。化合物4a-d用TFA在CH2Cl2中处理,得到目标胺7a-d,产率为74-95%。如预期,化合物4b4d都以大约1:1的非对映体混合物得到。虽然它们的非对映体分离似乎很困难,但能够在亚克级规模上通过柱色谱分离出(R*,S*)(S*,S*)非对映体。每个产物的相对构型通过2D NMR光谱学确定,并且对(S*,S*)-4d进行了X射线衍射确定了结构。
图片来源ChemRxiv
按照上述合成路线成功合成了以下3,3-二氟氧杂环丁烷结构,合成规模都在20g左右。
图片来源ChemRxiv
芳基溴化物4e的Pd催化插羰反应,然后水解,以63%的总产率得到了羧酸9(下图)。BocNH2与化合物4e的Buchwald-Hartwig胺化,能以88%的产率得到NBoc保护的苯胺10
图片来源ChemRxiv
酸度/碱度
通过标准的酸碱滴定法测量了合成的胺7c(三氟醋酸酯)和羧酸9以及它们的类似物11a-n和12a-n的pKa值。实验数据显示3,3-二氟氧杂环丁烷取代基在pKa值的影响上是中间的,并且可以用作(环)烷基和相对较强的受体的替代品,以必要的方向微调化合物的酸碱性。
亲脂性
使用经典的摇瓶法结合HPLC定量分析,对苯酰胺13a-o(通过在标准反应条件下将胺7c和11a-o进行苯酰化得到)的LogP值进行了测量。实验结果表明,3,3-二氟氧杂环丁烷部分可以被视为用于微调所需方向的化合物亲脂性的替代品。
3,3-二氟氧杂环丁烷部分的稳定性
包括了高度酸性的(TFA和无水HCl)、碱性的(LiOH)、氧化性的(Dess-Martin periodinane和30%水溶液H2O2)、还原剂(H2 - Pd/C和LiAlH4)、辐照(在365和450 nm)和空气。实验包括在低(0°C)、环境(24°C)和高(60°C)温度下(或相应波长的辐照)混合化合物4e和指定的试剂2小时,然后处理反应混合物。接着,通过定量1H NMR对恢复产率进行了测量,与4e的对照样品进行了对比。实验表明,3,3-二氟氧杂环丁烷部分与大多数常见的反应条件在0°C和24°C下兼容。如预期,提升的温度对相对恢复比率(42-88%)不利;在这种情况下,在HCl和LiAlH4(而不是LiOH)存在下观察到显著的分解。值得注意的是,在还原剂存在下,脱卤化物是主要的分解途径:虽然氧杂环丁烷片段几乎保持完整,但检测到大量脱氟产品(对于催化氢化高达11%,对于LiAlH4高达80%)。最后,3,3-二氟氧杂环丁烷片段的稳定性通过五年的货架储存得到了证明,没有检测到样品质量的损失。
结构和电子属性
通过X射线衍射研究(S*,S*)-4d,并将其结果与氧杂环丁烷、环丁烷和3,3-二氟环丁烷衍生物的CCDC数据进行比较,揭示了3,3-二氟氧杂环丁烷部分的几个结构特征(图9,A)。虽然丙烯-CF2或O片段与环丁烷骨架相比的价角φ1和φ2的影响较小(1-2°差异),但环弯曲角θ受到显著影响。因此,向环丁烷环中引入氧原子导致其显著变平(环丁烷和氧杂环丁烷的θ分别为26.9°和6.9°),而双氟化则略微增加了弯曲(分别为26.9°和29.7°)。对于氧杂环丁烷核心,双氟化对环弯曲的这种影响更加显著:θ值增加了10°。为了更深入地了解所研究片段的结构和电子特性,对2-甲基-3,3-二氟氧杂环丁烷(15a)、2-甲基氧杂环丁烷(15b)、1,1-二氟-2-甲基环丁烷(15c)和甲基环丁烷(15d)进行了DFT研究。计算得到的亲本环丁烷16a及其氟化和/或氧化类似物16b-d的偶极矩显示了丙烯-CF2片段对3,3-二氟氧杂环丁烷部分整体极化的更高影响,这补偿了氧杂环丁烷环中氧原子的效应(图9,D)。考虑到其相对较低的偶极矩(0.39 D),3,3-二氟氧杂环丁烷基团可以被视为比相应的简单双氟化或含氧对应物更好的非极性环烷基团的模仿。

图片来源ChemRxiv

生物学评估
为了证明3,3-二氟氧杂环丁烷在药物化学中作为生物电子等排体的潜力,作者合成了Tenovin-6(17g)的3,3-二氟氧杂环丁烷取代类似物17c,Tenovin-6是一种已知的选择性组蛋白去乙酰化酶SirT1和SirT2的抑制剂(表1)。在这种情况下,3,3-二氟氧杂环丁烷基团被引入,取代了叔丁基基团。实验数据表明:这种修饰保留了化合物的大部分生物活性,增加了亲水性,并减少了P-糖蛋白的亲和力,并且具有良好的代谢稳定性。说明3,3-二氟氧杂环丁烷确实可以用作叔丁基(可能还有其他)基团的生物电子等排体,以改善优化化合物的药代动力学属性。

图片来源ChemRxiv

结论
可以看出,3,3-二氟氧杂环丁烷-2-基(3,3-diFOx)是一个有前景的氟化取代基和众多官能团的非经典电子等排体。本文展示了其官能化的衍生物,3,3-diFOx部分可以安装在芳香环或饱和杂环上,并以多克量级(单次运行高达64克规模)合成。
  1. pKa值的测量表明,3,3-diFOx片段是一个弱受体,可以用来通过替代给电子烷基团或更强的受体如CF3、CO2Me或C(O)NH2来微调酸碱性。线性自由能关系研究证实,Hammett常数值(σ = 0.24)接近氯(σ = 0.29)。
  2. 亲脂性测量显示,3,3-diFOx基团在引入到亲本分子中时略微增加了化合物的亲脂性(ΔLogP = +0.5)。同样,这种效果介于(环)烷基团和极性片段如酰胺、酯、1,3-二氧杂环己烷或非氟化氧杂环丁烷之间,因此表明有潜力作为这两类取代基的等排替代物。
  3. 在三维结构方面,3,3-diFOx片段在氧杂环丁烷和环丁烷/双氟环丁烷之间显示出中间的环弯曲,并且是这些片段中第二小的。
  4. 分子电势(MEP)图分析表明,3,3-diFOx基团呈现出X形的电势图,对角环原子具有相反的电势符号。3,3-二氟氧杂环丁烷的整体偶极矩相对较低(0.39 D),表明所提出的基团可以比更简单的双氟化或含氧对应物更好地模仿(环)烷基团。
  5. 3,3-diFOx基团对常见化学试剂具有合理的稳定性,优异的货架储存稳定性(超过5年)。
  6. 将3,3-diFOx官能团代替叔丁基基团引入已知的去乙酰化酶抑制剂Tenovin-6分子中,这种修饰保留了化合物的大部分生物活性,增加了亲水性,并减少了P-糖蛋白的亲和力,并且具有良好的代谢稳定性。这些数据证实了3,3-diFOx基团在特例研究中的生物等排替代兼容性。
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