TOLO智库 | 基于线粒体DNA突变诱导药物释放系统的基因型特异性精准肿瘤治疗

学术   科学   2024-03-01 16:52   上海  

精准肿瘤细胞杀伤是解决癌症临床治疗问题的关键。基因组不稳定性和突变是癌症的重要特征。特征性基因突变已成为理想的肿瘤特异性治疗靶点,为精确肿瘤治疗提供了基因型特异性方法。那么如何利用CRISPR技术实现基因特异性地杀伤肿瘤细胞呢?带着这个问题,随小编一起来看看下面的文章吧~

线粒体DNA (mtDNA)是一种环状双链DNA (dsDNA),根据细胞类型,其拷贝数从数百到数千不等,并控制氧化磷酸化的生物发生。mtDNA突变是肿瘤中最常见的遗传事件之一,与各种癌症类型的进展和转移有关,可直接影响代谢稳态。随着测序技术的发展,mtDNA中的单碱基突变(SNV)被认为是肿瘤发生和肿瘤进展的重要分子特征,因此可以作为基因型特异性肿瘤治疗的理想靶点。此外,线粒体是细胞的能量工厂,执行与细胞代谢相关的各种功能),它们被认为是抗癌治疗的有效靶点。因此,靶向mtDNA中的SNV产生双链断裂,并结合mtDNA突变触发的药物释放,有望增强对肿瘤细胞的杀伤作用。

为了将mtDNA中的单碱基突变转化为药物释放的开关,有必要设计一种分子识别和信号转换的创新工具。Cas12a是一种V型CRISPR系统,与工程CRISPR RNA (crRNA)具有高效的序列靶向结合和单碱基分辨率特异性。其由靶DNA发起的单链DNA (ssDNA)的非特异性切割已被广泛用于体外和体内核酸信息的识别和感知,从而实现mtDNA响应性药物释放。然而,线粒体靶向递送Cas12a/crRNA复合物并有效激活其细胞内反式切割活性是Cas12a系统控制细胞内药物释放的主要瓶颈。

01
突变诱导药物释放系统(mutation-induced drug release system,MIDRS)的构建


利用核酸滚环扩增反应合成多功能DNA纳米载体,其序列包含具有肿瘤细胞靶向性的Sgc8核酸适体和线粒体膜靶向的细胞色素C核酸适体,通过碱基互补高效装载光敏剂和Cas12a/crRNA复合体(图1)。在Cyt C apt的介导下,MIDRS可以将Cas12a/crRNA复合物、Ce6-Q和Mg2+共同引入线粒体。在靶向线粒体后,MIDRS识别并切割肿瘤细胞特异性mtDNA,随后Cas12a反式切割活性降解核酸纳米载体,从而释放Ce6光敏活性,精准杀伤肿瘤细胞。

图1.MIDRS通过识别mtDNA中肿瘤细胞特异性SNV精确杀伤肿瘤细胞
电泳及电镜结果表明了MIDRS的成功制备。作者使用SOSG测试了其在特定基因激活下释放光敏剂活性的可行性及动力学。

图2.MIDRS的制备与表征

02
MIDRS可响应mtDNA精准杀伤肿瘤细胞


作者系统地考察了MIDRS被细胞摄取后的亚细胞器分布(图3)。共聚焦,WB及流式实验结果均表明DNA纳米载体可将Cas12a/crRNA复合体递送至线粒体中。共聚焦实验结果表明MIDRSMT可在B16细胞中响应特征基因产生活性氧,进而使线粒体膜电位下降。活死细胞染色和CCK8实验结果均表明MIDRS可高效响应线粒体基因突变损伤肿瘤细胞(图4)。

图3.MIDRS靶向线粒体,通过识别mtDNA诱导癌细胞死亡

图4.MIDRS通过识别mtDNA中的特定SNVs来精确杀死肿瘤细胞


03
MIDRS精准杀伤肿瘤细胞的机制探索


根据之前的线粒体膜电位的变化,作者进一步考察了其对线粒体稳态的影响。如图所示,线粒体呼吸链复合物1、2的活性均降低,线粒体通透性也有所上升。此外,Cas12a的基因编辑和ROS共同使得突变型mtDNA受损。文献调研表明,部分受损的mtDNA可从线粒体中释放,在胞质中降解或激活胞质DNA感受器。作者随后通过免疫荧光和荧光定量PCR表征了胞质中mtDNA。并通过转录组学和WB实验确认了cGAS-STING通路的激活(图5)。ELISA和流式实验结果也表明B16可释放1型干扰素激活DC细胞。这些结果表明MIDRS基因型特异性地损伤线粒体促进mtDNA释放,从而激活先天性免疫(图6)。

5. MIDRS促进mtDNA释放到细胞质中,激活细胞质DNA传感器

6. 在对mtDNA中的SNV产生应答后,MIDRS激活cGAS-STING通路


04
MIDRS在体内精准杀伤肿瘤细胞


接下来,作者评估了MIDRS在体内靶向肿瘤细胞的能力(图7)。从b16荷瘤小鼠和双侧异种移植瘤模型的小动物活体成像,组织离体器官及肿瘤组织切片的结果中可以看出,MIDRS可特异靶向体内携带基因突变的肿瘤组织,响应突变型线粒体DNA产生荧光信号。此外,在异质性小鼠荷瘤模型中,MIDRSMT只在肿瘤组织中产生荧光信号,肿瘤组织免疫荧光切片和流式分析结果显示,MIDRS产生的荧光信号与B16肿瘤细胞高度相关。这表明MIDRS可在体内实现细胞分辨率的药物精准释放。

图7. 利用MIDRS技术在体内鉴定肿瘤特异性mtDNA突变细胞

因此,在体内,MIDRS能够识别并杀死线粒体中携带特异性mtDNA SNVs的肿瘤细胞(约82.6%),并同时激活ICD和先天性免疫,从而产生更强的抗肿瘤免疫应答。利用MIDRS激活的全身免疫反应,有效抑制肺转移瘤的生长(图8-9)。

图8. MIDRSMT对B16荷瘤模型小鼠的抗肿瘤作用

图9. MIDRSMT对B16转移瘤模型小鼠的抗转移作用

除了光动力疗法外,化疗是临床上广泛应用的肿瘤治疗方法。为了证明MIDRS的普遍性,作者制备了负载阿霉素(DOX)的MIDRS,命名为MIDRSDOX。结果表明,MIDRS可以识别特定基因型的DNA并自我降解释放包封的DOX。MIDRSDOX-MT诱导了68.8%的B16细胞凋亡,而对野生型细胞无明显影响。与光动力治疗不同,化疗药物不需要激光照射,这使得MIDRSDOX更适合肿瘤转移的治疗。因此,作者通过构建B16肺转移动物模型,探索了MIDRSDOX在体内的肿瘤特异性杀伤能力。如图所示,MIDRSDOX-MT治疗有效地减少了肺转移。综上所述,MIDRS可精准释放化疗药物,抑制转移型肿瘤(图10)。

图10. MIDRS通过识别mtDNA中的特异性SNVs,释放化疗药物,精确杀伤肿瘤细胞


总的来说,作者将肿瘤细胞固有的基因突变信息与智能化药物控释结合,实现肿瘤基因突变调控的特异性药物释放。丰富药物控释体系设计理论,有望实现原发及转移型肿瘤的精准治疗,拓展了基因突变特异性个体化肿瘤治疗方案。

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参考文献:

[1].Li Y, Xu R, Wu Y, Guo J, Quan F, Pei Y, Huang D, Zhao X, Gao H, Liu J, Zhang Z, Shi J, Zhang K. Genotype-specific precision tumor therapy using mitochondrial DNA mutation-induced drug release system. Sci Adv. 2023 Sep 29;9(39):eadi1965. doi: 10.1126/sciadv.adi1965. Epub 2023 Sep 27. PMID: 37756407; PMCID: PMC10530102.


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吐露港生物科技致力于提供基于CRISPR诊断技术的生命科学整体解决方案!公司首次鉴定Cas12蛋白具备高效的ssDNA反式切割活性,并自主研发了名为HOLMES的CRISPR诊断系统。公司目前正联合行业伙伴积极推动CRISPR诊断的产业化!
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