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其实应该先了解食物跟胃部酸碱值的关系，不过我们先说结论！吃益生菌最好的时间点是在饭后1小时内，如果是特殊处理的益生菌产品，或者有经过耐胃酸、耐碱测试的菌株，那就不受时间限制了。这个建议时间是有科学根据的，下图棕色线是食物在胃中的总量、红色线是胃中的酸碱值，绿色线则是胃酸分泌的情形。
空腹状态胃中氢离子浓度（虚线左侧的红色线）相当高，进食1小时后，食物中的成分（棕色线）中和了氢离子，因此氢离子浓度（红色线）大幅下降，饭后1~3小时后胃酸（绿色线）会重新分泌，让氢离子浓度（红色线）再重新回升。所以该实验报告的结果是，建议在饭后1小时内服用益生菌。这个时间段，氢离子浓度下降，胃酸还没有重新开始分泌，是最好的时间点。「数据来源：Boron, W. F., & Boulpaep, E. L. (2016). Medical physiology E-book. Elsevier Health Sciences.」
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部分参考文献省略，重要的实验结果来源在文中标注，请参考。
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