公元6世纪中期，佛教从中国和朝鲜半岛传入日本。当时的日本正经历着从古代氏族社会向中央集权国家体制的过渡。在这一过程中，佛教作为从先进大国——中国传来的舶来品，迅速成为了文明进步的象征。这一信仰的引入，也由此拉开了佛教与日本皇权、神权之间长达千年的纠葛序幕。
图为参观镰仓大佛的美国前总统奥巴马。
在佛教里，一直都有「王法」和「佛法」这两种说法。佛法当然不必再作解释，王法指的就是世间一般法则或是国家君王之法，而对佛教团体来说，两者是互立而不冲突的。但这说的也只是「理想状态」，事实上两者互相勾结或互相扯后腿的情形多不胜数。而拥有神道和佛教两大「强权」的宗教国家日本，自然也逃不出这个宿命。
这种情形就像是今天我们看到的一些文化现象，人们往往对舶来品（如进口的奢侈品或外来文化）有着天然的好感。佛教的传入，正是在这样的文化氛围中发生的。日本贵族阶层，尤其是在飞鸟时代的统治者们，往往对佛教的外来身份有一种特殊的青睐，认为它代表着更高层次的文明。
自称为神明子孙的天皇家，从古代就有所谓的「官国币大社」制度。「币」指的是「币帛」，也就是献给神明的供品。「官币」是由中央政府提供祭祀经费的神社，而「国币」则由地方政府负责供奉。平安中期制定的《延喜式》法律规定共50卷，其中10卷都与神道有关。被视为神道最高象征的伊势神宫，过去由未婚的皇族女性担任「斋王」。在日本早期的历史中，「政」这个字在日语中读作「まつりごと」，几乎等同于「祭事」。
后来，佛教传入日本。佛教作为当时东方世界的普世价值，不像现在被简单地定义为「宗教」，而是一个追求真理的科学体系。同时，佛教也是先进技术的综合体系。日本为了在世界上「站起来」，自然动用官方力量系统性地引入这一体系。虽然现在可能难以想象，但佛教在日本一度兴盛到几乎将神道逼到无路可退。毕竟，相较于祭拜自家附近土里土气的王爷或姑娘庙，皈依来自先进国家的舶来品似乎更显得威风些。
过去在各地建造神社，是明治维新后日本政府为天皇家打造「国家神道」中心的结果。以前的日本佛教认为，为了拯救「永为神身而难以解脱」的日本神明，佛祖在神社中设置「神宫寺」，以便让神明们听经修佛。
图为东京浅草寺的三社祭。
为了挽回这种劣势，神道后来发展出了「本地垂迹说」，即认为日本的神明原本都是佛菩萨，为了度化日本信徒而化身为亲民的神明模样。「本地垂迹说」最著名的产物就是日本宗教信仰中的「权现」。所谓「权现」指的是「暂时显现的姿态」，用这种模糊的说法将佛教和神道融合。在中概股比较接近的例子是道教庙宇中有观音大士、关圣帝君成为佛教伽蓝菩萨等。
因为日本佛教是官方导入的，所以奈良时代的佛教建筑和僧侣开支由政府承担。当时的僧侣完全等同于国家公务员，因此出家必须经过国家认证，每个宗派每年都有固定的出家人数限制。这一制度称为「年分度者」，而年分度者的数量决定了宗派的兴衰。当时佛教主要为国家服务，修行内容偏重经典的学术研究。由于中心位于奈良，这一时期的佛教被称为「奈良佛教」，或统称为「南都六宗」。
奈良佛教的辉煌遗产，如今在中国广为人知的，是那些以守护神圣的鹿群而著称的东大寺，以及不远之处，那座以俊美少年正太郎的雕像而被誉为“佛教贵公子”的阿修罗像所在的兴福寺等宏伟的古迹。这些古老的寺庙开创了一个先例，它们在模仿大唐时期土地公有制的同时，与邻近的春日大社等神社一起，以“奉献给神佛”的名义，开始掌握了大量的寺田和神田，这些田地被用于支付寺庙的运营费用。这种初衷在于实现圣俗分离的做法，却意外地引发了寺庙与神社的极端世俗化，并且随着时间的推移，这种世俗化的趋势愈发严重。
图为奈良大佛，以及时候到了要被钜鹿茸的奈良鹿。
奈良时代，佛教的辉煌成就与土地公有制的律令制度紧密相连，但这一制度最终未能满足人们对私有财产的渴望。随着奈良时期寺社的崛起，它们的影响力日益增强，这引起了天皇的警觉，最终导致首都迁至京都，进入了平安时代。在这个时期，律令制度名存实亡，国家难以从中征得税收，而东大寺的公费开支，实际上在兴建之初就因资金不足而转交给了当时的私度僧侣行基负责筹措。
这位行基僧侣，以其广泛的善行和众多的追随者闻名于世，却也因影响力过大而遭到国家的惩处。为了筹集工程资金，他被赋予了“大僧正”的称号，这在一定程度上反映了宗教与世俗权力的交织。
显然，圣俗分离并非易事，实际上，“王法”与“佛法”时而融合，时而对立，但两者始终难以彻底分离。律令制崩溃后，贵族们纷纷以“庄园”之名逃避国家税收，这些庄园作为私人财产，官员不仅无法征税，更无法进行调查，这种权利被称为“不输不入之权”。
镰仓的大船观音寺图。
贵族如此，寺社自然不甘落后。加之国家对佛教传统的支持，许多寺院在皇亲贵族的庇护下，影响力进一步扩大。这种“门迹”传统不仅加强了寺院与当局的联系，对贵族而言，也为他们的后代提供了一条出路，避免了家产的过度消耗。到了镰仓时代后期，各寺社发挥影响力，争夺各种“座”——即商品的垄断专卖权。
随着寺院圣地拥有人力、土地和财源，它们自然警惕外来的干扰。因此，许多寺社招募了一些身体强壮的同修，他们在神社中被称为“神人”，在天台圣地比睿山则被称为“大众”，用更为直接的方式向世人展示神明和佛法的伟大。
这些宗教团体一旦不满，便会以神佛一体之名，由僧侣们抬着神社的神木或神轿，进京示威。这种行为被称为“强诉”，连白河法皇和平清盛这样的权威人物都曾因此受挫。直到战国时代的织田信长和丰臣秀吉，才用“物理方式”使这些宗教团体噤声。
而与国家权力无关、源自民间的净土真宗门徒，在本愿寺壮大后也被列为“准门迹”。在江户时代的“宗门改”制度下，寺院成为幕府掌握户口的机关。这也是现今大多数日本人虽无特定宗教信仰，却拥有各家传统的“宗旨”，并在丧事时由固定寺院办理的原因。明治时代，政府曾试图整合所有佛教宗派，引发了激烈的“废佛毁释”风波。这一尝试最终失败，以各宗尊伊势神宫、奉拜神宫大麻的妥协告终，但政府对宗教团体的控制随着日本军国化而日渐加强，各教派甚至成为日本对外攻略的先锋部队。战后，《宗教法人法》赋予宗教团体极大的自由空间。
然而，90年代的奥姆真理教事件，再次重击了过去由文部科学省主管宗教团体的宗教自由化方针，促使《宗教法人法》经历了一次重大修正。现在的宗教法人必须提交干部名单和财产清单等资料，并接受对宗教团体免税优惠的严格审查，以防宗教洗钱行为的发生。一些较为奇特的宗教团体，也被列入公安警察的监视名单。在政治上，像公明党或幸福实现党这种主体就是创价学会和幸福的科学，为了遵守政教分离原则，在官方资料上，无论是干部还是财政都划清界线，主要目的是为了获得宗教团体的票源支持。
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