一直以来，中方以《瑷珲条约》中关于江东六十四屯的规定作为法律依据，认为中国一直拥有江东六十四屯的权利，包括中国人在那里的永久居住权、中国政府对那里的中国人的管辖权，俄国1900年制造江东六十四屯惨案后一直占据江东六十四屯的行为，违反了《瑷珲条约》相关规定。还有人认为清政府起初不承认《瑷珲条约》，但后来承认了。
实际上，《中俄北京条约》签订后，原本就缺乏合法性的《瑷珲条约》更是完全失效，只有其中关于领土划分的基本理念有参考价值。《中俄北京条约》重新规定了中俄边界，根据其规定，中国没有丧失在江东六十四屯的权利，而且大大增加了拥有同样权利的地域范围。
《瑷珲条约》原本就是非法无效的，1858年入侵中国东北领土的沙俄当局武力迫使地方官员黑龙江将军奕山签订《瑷珲条约》。条约规定黑龙江左岸全部属于俄国，乌苏里江以东到海边的土地为中俄共管地区，面积约十几万平方公里。
黑龙江将军奕山没有获得授权代表清政府签约，而且《瑷珲条约》还将黑龙江将军无权管辖和处置、属于吉林将军管辖的大片土地割让給俄国，或作为中俄共管地区，则更是荒唐。清政府事后也没有承认《瑷珲条约》。
1860年签订的《中俄北京条约》第一条规定，要“详明、明确和解释”《瑷珲条约》中关于中俄领土划分的内容。这一规定并非承认《瑷珲条约》，最多只是要以瑷珲条约的相关规定为参考，以其中关于领土划分的基本理念作为依据，重新划定中俄边界，应理解为割地程度跟《瑷珲条约》差不多。
《中俄北京条约》不但将《瑷珲条约》里的共管地区几乎全部划给俄国，而且还将《瑷珲条约》里没有割让的外东北大片土地也划入俄国，如乌苏里江上游以西、西南的海参崴及周边数万平方公里土地，原本在《瑷珲条约》中明确属于中国。为了符合《中俄北京条约》中要详明、明确和解释《瑷珲条约》的规定，《中俄北京条约》中做了调整，《瑷珲条约》中规定属俄国的黑龙江下游左岸以北土地，在《中俄北京条约》中没有作为俄国领土，而且北京条约规定了俄国不得占中国人居住和渔猎地，这些地区远不止江东六十四屯一地。
并且《中俄北京条约》第三条还规定：以后如果有争议，要以《中俄北京条约》第一、二条规定为准。没有提到《瑷珲条约》，这也说明了《瑷珲条约》不具有法律效力。
所以，《瑷珲条约》规定黑龙江左岸土地全部属俄国的规定失效，而是依照《中俄北京条约》，沿黑龙江一直到黑龙江乌苏里江交汇处这段边界线以北属于俄国，交汇处到黑龙江出海口这段黑龙江的左岸土地则成了没有割让，或者说北京条约没有明确归属的地区。而按照有法律效力的《中俄尼布楚条约》，这里仍属于中国。不能按照《瑷珲条约》来，因为《瑷珲条约》从来就没有法律效力。
根据《中俄北京条约》，《中俄尼布楚条约》规定的乌第河两岸待议区仍没有明确规定其归属，按照之前有法律效力的《中俄尼布楚条约》，这里仍是未确定规定的待议区。
《瑷珲条约》规定的中俄共管地区到底归哪国？《中俄北京条约》规定的属俄的就属俄，没有规定属俄的，也要以之前的尼布楚条约为准。
俄国确实非法强占了江东六十四屯，违反了中俄条约，但违反的不是主流宣传中认为的《瑷珲条约》，而是《中俄北京条约》。《瑷珲条约》规定的江东六十四屯权利无效，而是以《中俄北京条约》规定的权利为准，即江东六十四屯属于俄国不得占的中国人居住和渔猎地之一。
按照《中俄北京条约》，海兰泡的地位跟江东六十四屯一样，也是俄国不得占的中国人居住和渔猎地，俄国在海兰泡不但屠杀中国人，还强占了海兰泡，跟在江东六十四屯做的一样。中国人居住和渔猎地还包括海参崴、双城子、伯力等地。
如果俄国坚持认为《瑷珲条约》有法律效力，《中国北京条约》签订后，整个黑龙江左岸都属于俄国，那么中方就可以主张按照《瑷珲条约》，乌苏里江上游以西、西南的海参崴周边数万平方公里也属于中国。
