现代研究，普遍认为艾滋病的源头是在非洲，通过病毒的跨物种传播由一些灵长类动物传播给了人类。
艾滋病的罪魁祸首是人类免疫缺陷病毒（HIV）。现代科学研究发现，HIV的前身是一种在灵长类动物中较广泛传播的病毒——猿猴免疫缺陷病毒（SIV） 。
2003年6月13日，美国科研人员在《科学》杂志上发表了一篇题为《黑猩猩 SIV 病毒的混合起源》的论文，科学家们推测：HIV-1的前身最可能来自于非洲中部的黑猩猩（SIVcpz），HIV-2最可能起源于非洲西部的白顶白眉猴（SIVsm）。
跨物种的“关键事件”
猿猴免疫缺陷病毒（SIV）被认为早在19世纪末至20世纪就已跨物种传播至人类。中非的刚果地区（现称刚果民主共和国）被认为是艾滋病病毒跨物种传播，并在人际间传播发生的“核心地带”。
最开始，非洲部落为了生存，经常会猎杀黑猩猩等猿猴类动物作为重要的食物来源。
当地猎人们在捕猎和食用黑猩猩的过程中，因为遭遇了黑猩猩的猛烈反抗，难免会出现各种外伤，黑猩猩血液中的SIV（猴免疫缺陷病毒）正是通过人类的皮肤伤口首先传播给了猎人，导致猎人和食用黑猩猩肉的一些人最先感染了SIV病毒。
接下来，SIV病毒进入人体后又发生了一系列突变。最终，SIV病毒逐渐的适应了新的宿主——人类，最终演变成了新的病毒：HIV（人免疫缺陷病毒），并逐渐开始在人类中流行起来。
在人类定义艾滋病之前，被发现的最早的HIV感染病例，可以追溯到1959年，科学家从非洲中部的金沙萨（现刚果民主共和国境内)的一位已去世的成年男性血浆样品分离出来了HIV病毒，这是目前已知的最早感染人类艾滋病毒的证据。
然而通过对HIV病毒的基因序列进行分析，科学家确认最早的HIV感染事件可能早在1908年左右。
因为非洲当时的“淘金热”，非洲中部的金沙萨成为了淘金者的聚集地，这里交通便利，大量的流动人口聚集也导致了艾滋病得以迅速向外传播。
关于艾滋病的“零号病人”的争议
零号病人的误解
1980年代，美国疾控中心（CDC）在研究早期艾滋病疫情时，将一位名叫盖坦·杜加斯（Gaétan Dugas）的加拿大空乘人员误称为“零号病人（Patient Zero）”，他因广泛的男男同性性接触，被误认为是艾滋病在美国的“零号”传播者。
但后续研究证实，这完全是个误会，盖坦·杜加斯只是一位“热心的”艾滋病感染者。
当时，艾滋病毒在北美已经传播多年，盖坦·杜加斯并不是最早的感染者，只是最早被详细记录的艾滋病感染病例之一。
真正的艾滋病“零号病人”是谁？
实际上，并不存在明确的艾滋病感染“第一个人”。
HIV在人群中的传播是一个缓慢、渐进的过程，最初的感染者根本无法得到具体确诊。
现在，真正的艾滋病“零号患者”是谁，早已经无从考证了。
HIV何时开始大规模传播的？
1920-60年代：艾滋病传播初期
艾滋病最开始在非洲中部爆发，当时非洲聚集了很多来自世界各地的流动人口。大量的流动人口，不洁性行为高发，毒品泛滥，医疗卫生条件差导致HIV病毒在人群中慢慢扩散。
1960-1970年代：艾滋病向世界各地蔓延
1960年，刚果民主共和国独立，联合国教科文组织派遣几千名海地人到刚果援助。一些人在当地有性行为，一些人甚至在当地结婚。
几年后，一些感染艾滋病的年轻人又返回了海地，HIV病毒也随着这批人进入了北美。
20世纪60年代左右，包含海地在内的加勒比地区曾是美国原料血等重要提供地。艾滋病通过跨国的血液买卖，和不洁性行为（性旅游），由加勒比海东南部蔓延到了美国东部。
1970-1990年代：艾滋病全球快速爆发
随着全球化进程的发展，HIV病毒随着全球的人口流动，通过性行为，毒品，不安全的血液和血液制品，迅速传播到了欧洲和亚洲。
早期医疗机构重复使用未消毒的针头，进一步推动了病毒传播。
1970 年代末，全球各主要发达国家都发现了疑似艾滋病病例
此时，美国和欧洲出现大量不明原因的免疫缺陷病例，引发关注。
1981年：美国疾控中心正式将这种疾病命名为艾滋病（AIDS）。
1983年：法国科学家首次分离出HIV病毒。
截止到今天，全球范围内仍有超过4000万人感染艾滋病。
自艾滋病疫情爆发以来，全球已有超过 8840 万人（7130 万至 1.128 亿人）感染艾滋病毒。
自艾滋病疫情爆发以来，全球已有超过 4230 万人（3570 万至 5110 万人）死于艾滋病相关疾病
艾滋病的起源“故事”提醒我们，艾滋病的传播、爆发和人类的行为息息相关。
从艾滋病的跨物种感染到全球大流行，人类活动（如肆意猎杀野生动物、流动人口，不洁性行为，毒品泛滥，医疗设备的不规范使用）都为HIV病毒提供了传播的“摇篮”。
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