JACS|膜锚辅助天然质谱揭示蛋白质-鞘糖脂相互作用

学术   2024-08-06 08:35   北京  

近期,阿尔伯塔大学John Klassen课题组在J. Am. Chem. Soc上发表了题为“Elusive Protein−Glycosphingolipid Interactions Revealed by Membrane Anchor-Assisted Native Mass Spectrometry”的文章,他们开发了一种膜锚辅助天然质谱(MEmbrane ANchor-assisted nMS, MEAN-nMS)和捕获释放策略(catch-and-release, CaR)相结合的方法(MEAN-CaR-nMS),实现了直接从细胞中检测鞘糖脂(glycosphingolipids, GSLs)配体。

GSLs和聚糖结合蛋白(glycan-binding proteins, GBPs)之间的相互作用对许多细胞过程至关重要,并涉及多种病理生理过程,如癌症、神经退行性疾病等,探究这些作用有助于推动疾病诊断与治疗的新策略。然而,GSL-GBP相互作用的研究受到GSLs纯化困难、弱亲和力和膜环境对结合有影响等多方面的限制。

表面等离子体共振光谱与荧光显微镜等分析方法可估测GBP-GSL结合的动力学与热力学参数,但无法直接识别配体种类与数量,且局限于纯化的GSL混合物。基于微阵列的鸟枪法糖组学策略虽能发现新GSL配体,却受限于GSL修饰需求及低亲和力检测局限。nMS通常涉及电喷雾电离(ESI)-质谱法(MS)分析,使用类似天然溶液的条件和保存非共价复合物的仪器参数进行分析,特别适合研究生物分子相互作用。在这个过程中,GSL配体可以直接从气态GBP - GSL络合离子的分子量中识别出来。对于具有多个结合位点的GBPs,可以使用CaR-nMS方法,通过碰撞诱导解离(collision-induced dissociation, CID)释放GSLs,依据分子量及CID产生的诊断离子进行识别。然而,低亲和力配体的检测仍然是具有挑战性的。理论上,提升GSL浓度可增强对微弱相互作用的捕捉能力,但此举往往伴随着膜模拟物稳定性的急剧下降。因此,亟待开发新的方法来探究低亲和力的GSL - GBP相互作用。

已有研究表明,高亲和力GSL配体可以增强GBP与纳米盘(nanodiscs, NDs)中低亲和力配体的结合。受此启发,作者开发了MEAN-CaR-nMS方法来探究GSL - GBP相互作用。在这一策略中,作者首先用含有NHS酯和炔基的功能化试剂DBCO来标记GBP,然后将其与含有叠氮PE (azidoPE)和GSL的NDs一起孵育,通过无铜点击反应在DBCO和azidoPE之间形成共价键(膜锚)。将GBP锚定在NDs表面,可以极大地提升GBP局部环境中GSL的有效浓度,进而促进GSL和GBP结合(图 1)。


图 1 MEAN-(CaR)- nMS分析示意图

为了证明这一方法检测模型膜中GSL配体的可靠性,作者将8种纯化的神经节苷脂掺入含azidoPE的NDs中,并对未标记和DBCO标记的人半乳糖凝集素-7 (GAL-7)和人半乳糖凝集素-3的C端糖识别结构域(GAL-3C)进行配体识别。结果显示,对于这两种蛋白,MEAN-nMS均检测到与6种具有末端或其他可接近的Gal残基的神经节苷脂的结合(图 2a和2b),得到的结果与测量的神经节苷脂寡糖亲和力数据完全一致。在此之前,只有GM1被证明是配体。相比之下,未标记的GAL-7完全检测到任何配体的结合,未标记的GAL-3C没有检测到GM1的结合(假阴性),这表明膜锚的引入显著提高了nMS对GBP-GSL相互作用的检测。



图 2 使用MEAN-nMS增强检测NDs中GBP与GSLs的结合

为验证这一策略在配体发现中的有效性,研究团队采用MEAN-(CaR)-nMS技术,聚焦于人类免疫凝集素Siglec-1与SARS-CoV-2的受体结合结构域(receptor-binding domain, RBD)的GSLs结合特性。通过DBCO标记Siglec-1片段,发现8种测试的神经节苷脂均是配体(图2c),其中,GM3os展现出最高亲和力,与ELISA及亲和力数据吻合。相比之下,未标记Siglec-1则无结合信号,凸显了标记的重要性。进一步,利用猪脑中提取的GSLs混合物组装成的azidoPE-NDs分析,不仅验证了已知结合,还新发现FucGM1与FucGD1的结合(图3a)。同法探究RBD,首次揭示其对FucGD1的结合,拓宽了RBD-GSLs相互作用的认识(图3b)。

图 3 使用MEAN-CaR-nMS和NDs进行鸟枪法糖组学分析


到目前为止,在细胞中直接检测GSL配体仍具挑战。在这里,作者创新性地将20% azidoPE-ND加入到细胞溶液中,经超声处理以破碎细胞,生成膜碎片,并促使azidoPE被细胞吸收,进而使标记的GBP形成膜锚。随后,在HEK 293T和SH-SY5Y细胞中分别检测了GAL-3C和SARS-CoV-2 RBD的配体。在HEK 293T细胞中,DBCO标记的GAL-3C成功检测到GM3的释放(细胞膜上主要的GSL)(图4a),而未标记的GAL-3C则未显示配体结合。对于RBD,DBCO标记的RBD识别出GM3 (C18:1/16:0, C18:1/24:0)和GM2 (C18:1/16:0和C18:1/18:0)配体,而未标记RBD无配体结合(图4b)。在SH-SY5Y细胞中,标记的和未标记的GAL-3C均未检测到任何GSL结合(图4c),在这些细胞中最主要的神经节苷脂是GM2,得到的实验结果与GAL-3C不识别GM2一致。使用未标记的RBD进行分析未检测到配体的结合,而使用DBCO标记的RBD检测到了GM2的结合(图4d)。但是值得注意的是,释放的GM2脂质的相对丰度并没有反映它们在膜中的相对丰度。这提出了一种可能性,即SARS-CoV-2利用宿主神经节苷脂作为附着因子是由它们的神经酰胺调节的。虽然这些结果是初步的,但是首次建立了使用MEAN-CaR-nMS在培养细胞中直接检测GBP-GSL相互作用的可能性。

图 4 使用MEAN-CaR-nMS和培养细胞进行鸟枪法糖组学分析

综上所述,作者建立了一种MEAN-(CaR)-nMS分析技术,成功检测了膜模拟物中可溶性GBP与GSL的低亲和力相互作用,并应用于天然GSL提取物中配体的发现。尤为关键的是,该技术首次实现了细胞中GBP与GSL配体的直接检测,虽然需要进一步优化分析方法,但初步数据凸显了nMS的巨大潜力。


编辑:万巍
审核:乔利鹏


作者信息

John Klassen
Professor, University of Alberta
Research interest:
(1) Develop analytical tools, based on state-of-the-art mass spectrometry, to accelerate the discovery and characterization of biologically-relevant glycan interactions.
(2) Develop powerful new tools to characterize the activity and substrate specificity of carbohydrate-active enzymes (CAZymes) and translate these insights into new diagnostics for diseases such as cancer and neurodegeneration.
(3) Develop mass spectrometry-based tissue imaging tools to uncover the complex relationships between diseases and glycosylation.

瑕瑜课题组
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