cGAS 抑制剂研发进展

文摘   2024-10-04 07:20   上海  

环 GMP-AMP 合酶 (cGAS, Cyclic GMP-AMP synthase) 是一种胞质 DNA 传感器,充当核苷酸转移酶,催化 ATP 和 GTP 形成环 GMP-AMP (cGAMP),在先天免疫中发挥关键作用。cGAS-STING 信号的过度激活会导致过度炎症反应,因此,cGAS被认为是治疗炎症性疾病的一个有前景的靶点。这里总结cGAS作用机制及抑制剂研究进展。

cGAS 与 dsDNA 复合(PDB:4O6A)

先天免疫系统是一道天然防线,利用模式识别受体 (PRR)识别病原体入侵,其中包括细胞质 DNA 传感器和 cGAS,其作用主要取决于cGAS-STING信号通路。如下所示,cGAS可以识别致病性双链DNA(dsDNA)并与之相互作用,诱导cGAS活性位点发生构象变化,从而催化三磷酸腺苷(ATP)和鸟苷合成cGAMP三磷酸 (GTP)。然后,作为第二信使,cGAMP可以与下游信号分子干扰素基因刺激因子( STING )结合并诱导其构象变化,成为活性聚合物。激活的 STING 从内质网易位至核周囊泡,并招募并激活 TANK 结合激酶 1 (TBK1) 和 IκB 激酶 (IKK),以诱导 I 型干扰素 (IFN) 和促炎细胞因子的表达。

 cGAS 依赖性先天免疫信号通路


cGAS对DNA识别没有核苷酸序列特异性,这意味着它也可以被自身DNA激活。由于核酸泄漏或线粒体损伤而导致自身DNA引起的cGAS-STING信号过度激活,很可能导致自身免疫和炎症性疾病。例如,编码哺乳动物 3'-5'DNA 核酸外切酶的Trex1基因的缺陷或突变会导致细胞质 DNA 积累并随后激活 cGAS-STING 信号通路,从而导致 Aicardi-Goutières 综合征 (AGS) 和系统性红斑狼疮(SLE)。cGAS 的敲除可以挽救Trex1−/− 小鼠的自身免疫和炎症表型。此外,胞浆dsDNA的积累通过cGAS-STING途径导致类风湿性关节炎,而cGAS沉默可抑制促炎细胞因子的产生并缓解类风湿性关节炎。此外, cGAS 还参与炎症性肠病 (IBD) 的发病机制。cGAS 的促炎作用基本上依赖于下游 STING 依赖性炎症通路的激活。肠道共生菌诱导的 cGAS-STING 通路异常激活可导致肠道炎症,而 cGAS 沉默可减轻相关表型。特异性抑制剂 RU.521 抑制 cGAS 可减轻 GSDMD 缺陷小鼠的肠结肠炎。因此,抑制cGAS依赖性先天免疫信号通路对于治疗自身免疫和炎症性疾病至关重要。

cGAS 形成 cGAMP 的催化机制:ATP 和 GTP 同时结合,dsDNA 激活 cGAS,并通过鸟嘌呤碱基的 Thr 211Arg 376选择性定向底物,并通过 Asp 227定向腺嘌呤核糖,同时在 ATP 处引发催化α-磷酸和鸟嘌呤核糖的 2´-OH 形成线性 GTP-2´-3´-AMP 中间体。中间体必须翻转,以允许鸟嘌呤 5'-α-磷酸和腺嘌呤核糖的 3'-OH 之间发生类似的催化事件,从而形成最终的环状二核苷酸 2',3'-cGAMP [ 10.1016/j.cell.2013.04.046 ]。cGAS 可以适应中间体的重排,因为活性位点非常大又具极性,这对高亲和力小分子配体和抑制剂的识别和优化提出了挑战[10.1038/nature12305]。

cGAS、dsDNA 和 ATP 三元复合物的结构

cGAS 作用模型

目前已有的 cGAS抑制剂总结如下图:

已报道的 cGAS 抑制剂的化学结构

报道了通过高通量筛选鉴定出的第一个小鼠 cGAS (mcGAS) 选择性抑制剂 RU.521,它与 mcGAS 的催化口袋结合并选择性抑制小鼠巨噬细胞中 cGAS 介导的信号传导(10.1038/s41467-017-00833-9)。RU.521是目前唯一报道的具有良好细胞活性的mcGAS选择性抑制剂。

cGAS 、 dsDNA 和 RU.365 的晶体结构

RU.365 与其衍生物 RU.521 的结构比较

辉瑞使用STD-NMR 筛选发现了PF-06928215是第一个人类 cGAS (hcGAS) 选择性抑制剂,对催化位点具有高亲和力,但在细胞水平上没有表现出活性 [ 10.1371/journal.pone.0184843]。

化合物 S2 和 S3 是一类新型选择性 hcGAS 抑制剂,在细胞水平上也无活性,类似于 PF-06928215 [ 10.1021/acs.jcim.0c00171]。

h-cGASCD 与 PF-06928215 复合物的晶体结构


通过分子对接揭示了抑制剂(化合物 18、S2 和 S3)与 hcGAS 的结合模式


G150、CU32 和 CU76 被描述为新型小分子 hcGAS 抑制剂,具有高体外结合能力以及良好的细胞活性 [10.1038/s41467-019-08620-4]。

G150 与 h-cGASCD共结晶结构



化合物 25 是 G140 的结构修饰,对 hcGAS 和 mcGAS 的 IC 50值分别为 1.38 μM 和 11.4 μM[10.1021/acs.jmedchem.1c00398]。

化合物 25与 hcGAS 的分子对接结合模式


尽管这些化合物已在体外显示出效力,但模型中的体内验证仍然不足。需要开发更多具有良好体内活性的cGAS抑制剂来研究cGAS在疾病发病机制中的作用。


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References:

1. 10.1038/s41401-022-01002-5

2. 10.1016/j.celrep.2014.01.003

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