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文章标题：Single-nucleus sequencing unveils heterogeneity in renal cell carcinomas microenvironment: Insights into pathogenic origins and treatment-responsive cellular subgroups
中文标题：单核测序揭示了肾细胞癌微环境的异质性：了解致病来源和治疗反应性细胞亚群
发表期刊：Cancer Lett
发表时间：2024年9月
影响因子：9.1
研究背景
不同的肾细胞癌（RCC）个体在组织形态学、蛋白质组的遗传改变、免疫细胞浸润模式和临床行为方面表现出很大的异质性。因此本研究旨在揭示RCC患者的致病来源和预后特征。
研究方法
研究对10个临床样本进行snRNA-seq测序，通过使用inferCNV和k-means两种算法探索恶性细胞。此外通过基于汇总数据的孟德尔随机化和共定位方法在基因水平上探索致病因素。随后基于相关恶性标志物，共比较了212个机器学习组合，以开发具有高精度和稳定性的预后特征。
采用单核测序技术检测10个临床样本，获得不同肾癌亚型的细胞和分子特征，保留46,383个细胞和48,363个基因用于分析，将剩余的细胞聚集成22个簇。
通过核密度图可视化恶性肿瘤中高表达的前5个基因的分布，并证明由这5个基因组成的评分标签出现在上皮肾血管细胞中。特异性基因表达模式显示，恶性细胞主要来源于上皮近端肾小管细胞和上皮肾血管细胞，其中上皮肾血管细胞占主导地位。
在ccRCC患者中，PT-A占主导地位，而chRCC患者表现出显著的异质性，主要是PT-B和IC-A。InferCNV显示恶性细胞与正常样本对来自内部数据集和外部来源的恶性细胞进行了projecTIL的两项结果，结果显示恶性细胞最终被投射到这两种类型的细胞中。三维特征图显示，恶性细胞大多高度分化，位于细胞边缘。
4. SMR & coloc分析
采用SMR分析来确定RCC的致病基因。SMR分析结果描述12个基因与RCC患者呈因果关系。SMR分析还提供了特定基因的相关遗传位点以及相应的SMR效应图。随后对这些基因与RCC之间的因果关系进一步研究，采用共定位分析对SNPs基因座并代表TMEM101、BACE2、TMEM116与RCC共享因果变异，还检测到3个重要基因的相应预后意义。
文章小结
本研究确定了两个主要的肿瘤细胞。同时构建并探索了不同亚型RCC患者的最佳恶性特征，以实施精准治疗。为未来肾细胞癌的研究提供正确的参考。（对文章数据库和分析方法感兴趣或需要生信分析服务的老师，欢迎关注小星一起交流）
